新型シークエンサーを用いたCHIP-seq解析のための情報解析基盤の研究開発

• 研究課題/領域番号: 21687001
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 伊藤 武彦 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (90501106)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 27,430千円 (直接経費: 21,100千円、間接経費: 6,330千円); 2011年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円); 2010年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円); 2009年度: 12,870千円 (直接経費: 9,900千円、間接経費: 2,970千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / ChIP-seq解析 / ChIP-seq法

研究概要

Solexa/SOLiDなどの次世代新型シークエンサーとクロマチン免疫沈降法(ChIP)を組み合わせた免疫沈降シークエンシング(ChIP-Seq)解析において、実験により得られたタグ配列情報と、対象とするゲノム情報とを組み合わせることにより、網羅的かつ定量的なタンパク質等結合情報を抽出するためのChIP-Seqに特化した情報解析プロトコルを導出することに成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S phase checkpoint kinases (2012)
  • 著者名/発表者名: De Piccoli G, Katou Y, Itoh T, et al
  • 雑誌名: Mol Cell 巻: 45(5) ページ: 696-704
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S phase checkpoint kinases (2012)
  • 著者名/発表者名: De Piccoli G, 他
  • 雑誌名: Mol Cell. 巻: 45 ページ: 696-704
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chromosome length influences replication-induced topological stress Nature (2011)
  • 著者名/発表者名: A. Kegel, H. B. Lindroos, T. Kanno, K. Jeppsson, L. Strom, Y. Katou, T. Itoh, K. Shirahige, et al
  • 巻: 471(7338)
  • ページ: 392-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATP Hydrolysis Is Required for Relocating Cohesin from Sites Occupied by Its Scc2/4 Loading Complex Curr (2011)
  • 著者名/発表者名: B. Hu, T. Itoh, A. Mishra, Y. Katoh, K-L. Chan, W. Upcher, C. Godlee, M. B. Roig, K. Shirahige, and K. Nasmyth
  • 雑誌名: Biol 巻: 21(1) ページ: 12-24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chromosome length influences replication-induced topological stress. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kegel A, Betts-Lindroos H, Kanno T, Jeppsson K, Strom L, Katou Y, Itoh T, Shirahige K, Sjogren C.
  • 雑誌名: Nature 巻: 471(7338) ページ: 392-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Histone and TK0471/TrmBL2 form a novel heterogeneous genome architecture in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis (2010)
  • 著者名/発表者名: H. Maruyama, M. Shin, T. Oda, R. Matsumi, R. L. Ohniwa, T. Itoh, K. Shirahige, T. Imanaka, H. Atomi, S. H. Yoshimura, and K. Takeyasu
  • 雑誌名: Mol Biol Cell
  • NAID: 120002871160
  • 査読あり
• [雑誌論文] A positively charged channel within the Smc1/Smc3 hinge required for sister chromatid cohesion EMBO (2010)
  • 著者名/発表者名: A. Kurze, K. A. Michie, S. E. Dixon, A. Mishra, T. Itoh, S. Khalid, L. Strmecki, K. Shirahige, C. H. Hearing, J. Lowe, and K Nasmyth
  • 査読あり