ポリユビキチン鎖認識の構造生物学

• 研究課題/領域番号: 21687009
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 深井 周也 東京大学, 放射光連携研究機構, 准教授 (10361792)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 27,300千円 (直接経費: 21,000千円、間接経費: 6,300千円); 2011年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2010年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2009年度: 17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
• キーワード: X線結晶構造解析 / ユビキチン / 分子間相互作用 / 炎症シグナル / DNA損傷応答 / シグナル伝達 / 生体分子 / 蛋白質 / 分子認識

研究概要

ユビキチンは,タンパク質分解の目印としてよく知られているが,近年の研究の進展に伴い,分解以外にも多様な細胞機能を制御する目印であることが明らかになってきた.本研究では,ユビキチンが様々な認識タンパク質に結合した複合体の三次元構造解析を行い, DNAの損傷に対する応答や炎症に対する応答の際に,ユビキチンの目印がどのように認識されているのかを原子の解像度で明らかにした.

研究成果

• [雑誌論文] Specific recognition of linear ubiquitin chains by the Npl4 zinc finger(NZF) domain of the HOIL-1L subunit of the linear ubiquitin chain assembly complex (2011)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Fujita, H., Yoshikawa, A., Yamashita, M., Yamagata, A., Kaiser, S. E., Iwai, K., Fukai, S
  • 雑誌名: Proceedings of National Academy of Science United States of America 巻: 108巻 号: 51 ページ: 20520-20525
  • DOI: 10.1073/pnas.1109088108
  • 査読あり
• [雑誌論文] tructure and function of SecDF, a protein export-enhancing membrane component (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsukazaki, T., et al
  • 雑誌名: Nature 巻: 475 号: 7350 ページ: 235-238
  • DOI: 10.1038/nature09980
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural insight into the membrane insertion of tail-anchored proteins by Get3 (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamagata, A., Mimura, H., Sato, Y., Yamashita, M., Yoshikawa, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: Genes to Cells 15 ページ: 29-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for the Rho-and phosphoinositide-dependent localization of the exocyst subunit Sec3 (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, M., Kurokawa, K., Sato, Y., Yamagata, A., Mimura, H., Yoshikawa, A., Sato, K., Nakano. A.. Fukai. S.
  • 雑誌名: Nature Structural & Molecular Biology 17 ページ: 180-186
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by NZF domains of TAB2 and TAB3 (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: The EMBO Journal 巻: 28巻 号: 24 ページ: 3903-3909
  • DOI: 10.1038/emboj.2009.345
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of the NEMO ubiquitin-binding domain in complex with Lys 63-linked di-ubiquitin (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, A., Sato, Y., Yamashita, M., Mimura, H., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: FEBS Letters. 巻: 583巻 号: 20 ページ: 3317-3322
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2009.09.028
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by tandem UIMs of RAP80 (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Mimura, H., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: The EMBO Journal 巻: 28巻 号: 16 ページ: 2461-2468
  • DOI: 10.1038/emboj.2009.160
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tuberous sclerosis tumor suppressor complex-like complexes act as GTPase-activating proteins for Ral GTPases (2009)
  • 著者名/発表者名: Shirakawa, R., Fukai, S., Kawato, M., Higashi, T., Kondo, H., Ikeda, T., Nakayama, E., Okawa, K., Nureki, O., Kimura, T., Kita, T., Horiuchi. H.
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 284 ページ: 21580-21588
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by tandem UIMs of RAP80 (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Mimura, H., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: The EMBO Journal 28 ページ: 2461-2468
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanism for the definition of elongation and termination by the class 11 CCA-adding enzyme (2009)
  • 著者名/発表者名: Toh, Y., Takeshita, D., Numata, T., Fukai, S., Nureki, O., Tomita, K.
  • 雑誌名: The EMBO Journal 28 ページ: 3353-3365
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of the NEMO ubiquitin-binding domain in complex with Lys 63-linked di-ubiquitin (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, A., Sato, Y., Yamashita, M., Mimura, H., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: FEBS Letters 583 ページ: 3317-3322
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by NZF domains of TAB2 and TAB3 (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
  • 雑誌名: The EMBO Journal 28 ページ: 3903-3909
  • 査読あり
• [学会発表] 構造解析のためのユビキチン鎖の大量合成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] 構造解析のためのユビキチン鎖の大量合成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府吹田市)(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] Structural basis of ubiquitinchain recognition by NZF domains for NF-κB activation (2011)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: TNF2011
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場
  • 年月日: 2011-05-18
• [学会発表] Structural basis of ubiquitin chain recognition by NZF domains for NF-κB activation (2011)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: TNF2011(第13回国際TNF会議)
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)(招待講演)
  • 年月日: 2011-05-18
• [学会発表] Mechanisms for recognitionof K63-linked polyubiquitin chains (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: Pacifichem2010
  • 発表場所: ハワイコンベンションセンター
  • 年月日: 2010-12-19
• [学会発表] Mechanisms for recognition of K63-linked polyubiquitin chains (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: Pacifichem2010
  • 発表場所: 大阪大学コンベンションセンター(吹田キャンパス)
  • 年月日: 2010-12-19
• [学会発表] 繋留複合体による膜融合制御の構造基盤 (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸ポートピアランド
  • 年月日: 2010-12-10
• [学会発表] Znフィンガーによるユビキチン鎖識別のメカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 平成22年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-12-05
• [学会発表] Znフィンガーによるユビキチン鎖識別のメカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 平成22年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 大阪大学コンベンションセンター(吹田キャンパス)
  • 年月日: 2010-12-05
• [学会発表] ユビキチン化シグナルを読み解くユビキチン受容体の構造生物学 (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 文部科学省科研費特定領域研究「タンパク質分解」公開シンポジウム
  • 発表場所: 東京ガーデンパレス
  • 年月日: 2010-08-21
• [学会発表] Lys63結合型ポリユビキチン鎖認識のメカニズム (2009)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 低分子量GTPaseによる開口放出制御の構造基盤 (2009)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ
  • 年月日: 2009-05-22
• [図書] 細胞工学29巻[特集]ユビキチン修飾系の多彩な機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] 日本結晶学会誌52巻特集構造生物学研究の新展開 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐藤裕介,深井周也
  • 出版者: 日本結晶学会
• [図書] 細胞工学 29巻[特集]ユビキチン修飾系の多彩な機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] 日本結晶学会誌52巻特集構造生物学研究の新展開 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐藤裕介, 深井周也
  • 出版者: 日本結晶学会
• [図書] 生体の科学60巻[特集]ユビキチン化による生体機能の調節 (2009)
  • 著者名/発表者名: 佐藤裕介,深井周也
  • 出版者: 金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院
• [図書] 生化学 (2009)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 出版者: 日本生化学会
• [図書] 生化学81巻みにれびゅう (2009)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 出版者: 日本生化学会
• [図書] 生体の科学60巻[特集]ユビキチン化による生体機能の調節 (2009)
  • 著者名/発表者名: 佐藤裕介, 深井周也
  • 出版者: 金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院
• [備考]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/srro/