木構造データに対する汎用性の高い類似度計算技術の開発

• 研究課題/領域番号: 21700178
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 知能情報学
• 研究機関: 同志社大学 (2010-2012); 国立情報学研究所 (2009)
• 研究代表者: 深川 大路 同志社大学, 文化情報学部, 助教 (10442518)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円); 2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2010年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
• キーワード: 木構造 / 類似度 / 近似パターン照合 / アルゴリズム / 類似度計算

研究概要

本研究では,文字列データと比較してより複雑な木構造データに対して,距離の計算や近似マッチングを行うための汎用的な方法を開発することを目的として,順序木および無順序木に対する高速近似アルゴリズム,動的計画法を用いた厳密アルゴリズム,および,最大クリーク問題への帰着と高速な専用ソルバーを利用したプログラム,木構造のマッチングに応用可能な確率的生成モデルの提案および学習アルゴリズムなどの開発および理論的解析を行った.

研究成果

• [雑誌論文] Approximation and parameterized algorithms for common subtrees and edit distance between unordered trees (2013)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Daiji Fukagawa, Magnus M. Halldorsson, Atsuhiro Takasu, Keisuke Tanaka
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science 巻: 470 ページ: 10-22
  • NAID: 120005241356
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoya Mori, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita, Tatsuya Akutsu
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology 巻: 19(10) 号: 10 ページ: 1089-1104
  • DOI: 10.1089/cmb.2012.0133
  • NAID: 120004920413
  • 査読あり
• [雑誌論文] A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures (2011)
  • 著者名/発表者名: Daiji Fukagawa, Takeyuki Tamura, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita, Tatsuya Akutsu
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 12(S-1): S13 号: S1
  • DOI: 10.1186/1471-2105-12-s1-s13
  • NAID: 120003517915
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees (2011)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Takeyuki Tamura
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science 巻: 412(4-5) 号: 4-5 ページ: 352-364
  • DOI: 10.1016/j.tcs.2010.10.002
  • NAID: 120003517914
  • 査読あり
• [雑誌論文] A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures. (2011)
  • 著者名/発表者名: D.Fukagawa, T.Tamura, A.Takasu, E.Tomita, T.Akutsu
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics (Suppl.for APBC 2011) 巻: 12, Suppl 1
  • NAID: 120003517915
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact algorithms for computing tree edit distance between unordered trees. (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Akutsu, D.Fukagawa, A.Takasu, T.Tamura
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science 巻: 421 ページ: 352-364
  • NAID: 120003517914
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating Tree Edit Distance through String Edit Distance (2010)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu
  • 雑誌名: Algorithmica 巻: 57(2) 号: 2 ページ: 325-348
  • DOI: 10.1007/s00453-008-9213-z
  • NAID: 120002141662
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance. (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Akutsu, D.Fukagawa, A.Takasu
  • 雑誌名: Algorithmica 巻: 57 ページ: 325-348
  • NAID: 120002141662
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Akutsu, D.Fukagawa, A.Takasu
  • 雑誌名: Algorithmica 57 ページ: 325-348
  • NAID: 120002141662
  • 査読あり
• [学会発表] 無順序木の編集距離の指数時間厳密アルゴリズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 阿久津達也, 田村武幸, 深川大路, 高須淳宏
  • 学会等名: 電子情報通信学会コンピュテーション研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2012-06-21
• [学会発表] Efficient Exponential Time Algorithms for Edit Distance between Unordered Trees. Proc. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu
  • 学会等名: 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012)
  • 発表場所: Helsinki, Finland
• [学会発表] Efficient Exponential Time Algorithms for Edit Distance between Unordered Trees (2012)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu
  • 学会等名: 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012)
  • 発表場所: Helsinki, Finland
• [学会発表] An Improved Clique-Based Method for Computing Edit Distance between Rooted Unordered Trees (2011)
  • 著者名/発表者名: Tomoya Mori, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: 情報処理学会第26回バイオ情報学研究発表会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2011-09-13
• [学会発表] An Improved Clique-Based Method for Computing Edit Distance between Rooted Unordered Trees",研究報告.SIG-BIO,バイオ情報学2011(3)pp.1-6 2011年9月 (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Mori, T.Tamura, D.Fukagawa, A.Takasu, E.Tomita, T.Akutsu
  • 学会等名: 情報処理学会第26回バイオ情報学研究発表会
  • 発表場所: 神戸大学・自然科学総合研究棟(兵庫県)
  • 年月日: 2011-09-13
• [学会発表] An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Akutsu, T.Mori, T.Tamura, D.Fukagawa, A.Takasu, E.Tomita
  • 学会等名: 4th International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine (IIBM 2011)
  • 発表場所: Korean Bible University (Seoul, Korea)
  • 年月日: 2011-06-30
• [学会発表] An Improved Clique-Based Method for Computing Edit Distance between Unordered Trees and Its Application to Comparison of Glycan Structures (2011)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Akutsu, Tomoya Mori, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita
  • 学会等名: International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems (CISIS 2011)
  • 発表場所: Korean Bible University (Seoul, Korea)
• [学会発表] A variational Bayesian EM algorithm for tree similarity (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Takasu, D.Fukagawa, T.Akutsu
  • 学会等名: Proc.20th International Conference on Pattern Recognition (ICPR 2010)
  • 発表場所: Istanbul Convention & Exhibition Centre, Istanbul, Turkey
  • 年月日: 2010-08-24
• [学会発表] 無順序木の編集距離を計算する実用的アルゴリズムについて (2010)
  • 著者名/発表者名: 深川大路, 田村武幸, 高須淳宏
  • 学会等名: 人工知能学会 第78回 人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(神戸キャンパス)
  • 年月日: 2010-08-01
• [学会発表] 高さ制約付き無順序木の高速類似検索アルゴリズムについて (2010)
  • 著者名/発表者名: 深川大路, 阿久津達也, 高須淳宏, 安達淳
  • 学会等名: 情報処理学会第72回全国大会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2010-03-09
• [学会発表] 無順序木の編集距離計算のための厳密アルゴリズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿久津達也, 深川大路, 高須淳宏, 田村武幸
  • 学会等名: 情報処理学会アルゴリズム研究会
  • 発表場所: 東芝科学館(東京)
  • 年月日: 2010-03-05
• [学会発表] 無順序木の編集距離計算のための厳密アルゴリズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿久津達也, 深川大路, 高須淳宏, 田村武幸
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告ALアルゴリズム研究会
  • 発表場所: 東芝科学館(東京)
  • 年月日: 2010-03-05
• [学会発表] A Variational Bayesian EM Algorithm for Tree Similarity. Proc. (2010)
  • 著者名/発表者名: Atsuhiro Takasu, Daiji Fukagawa, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: 20th International Conference on Pattern Recognition (ICPR 2010)
  • 発表場所: Istanbul, Turkey
• [学会発表] Constant factor approximation of edit distance of bounded height unordered trees (2009)
  • 著者名/発表者名: 深川大路, 阿久津達也, 高須淳宏
  • 学会等名: Proc.16th International Symposium on String Processing and Information Retrieval(SPIRE 2009)
  • 発表場所: Saariselka, Finland
  • 年月日: 2009-08-25
• [学会発表] 高さの制限された無順序木の編集距離問題に対する近似アルゴリズム (2009)
  • 著者名/発表者名: 深川大路, 阿久津達也, 高須淳宏
  • 学会等名: 電子情報通信学会コンピュテーション研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2009-06-29
• [学会発表] Constant Factor Approximation of Edit Distance of Bounded Height Unordered Trees (2009)
  • 著者名/発表者名: Daiji Fukagawa, Tatsuya Akutsu, Atsuhiro Takasu
  • 学会等名: 16th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2009)
  • 発表場所: Saariselka, Finland