| 研究課題/領域番号 |
21700326
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 独立行政法人産業技術総合研究所 (2010-2011)
九州大学 (2009) |
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研究代表者 |
加藤 和貴 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 招聘研究員 (70378868)
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| 研究期間 (年度) |
2009 – 2011
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| 研究課題ステータス |
完了 (2011年度)
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| 配分額 *注記 |
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2011年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | 配列アラインメント / 構造アライメント / タンパク質 / 並列計算 / バイオインフォマティクス / 配列アライメント / タンパク質立体構造 / 生体生命情報学 / 構造アラインメント / 分子系統樹 / 生態生命情報学 / 最節約法 / 最尤法 / 多重アラインメント |
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| 研究概要 |
多重アラインメントは、基本的な配列解析技術の一つであり、広い応用範囲をもつ。系統樹推定、構造予測などに用いられる。本研究の目的は、研究代表者がこれまでに開発した配列多重アラインメントプログラムMAFFTを拡張して、(1)タンパク質やRNAの構造情報を利用した多重アラインメントを計算可能にすること、および、(2)より使いやすいものにして配列解析に関連する研究に広く貢献すること、である。大阪大学と産総研CBRCにおいて計算サービスとプログラム配布を開始し、その結果MAFFTプログラムは広く普及した。また、並列化、既存のアラインメントの拡張といった新規機能を追加した。
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