ヒトゲノム上のAlu配列の二次構造進化

• 研究課題/領域番号: 21700330
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 木立 尚孝 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円); 2010年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: 進化系統樹 / Alu配列 / RNA二次構造

研究概要

RNA二次構造アルゴリズム使い、RNA配列から多種多様な構造情報を抽出するための基礎技術の開発を行った。また、進化系統樹の理論を応用して、これまでに計測されたことがない進化的保存度を計算するアルゴリズムの開発を行なった。

研究成果

• [雑誌論文] Rchange : Algorithms for computing the energy changes of RNA secondary structures in response to base mutations (2012)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu and Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28(8) 号: 8 ページ: 1093-1101
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts097
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sufficient statistics and expectation maximization algorithms in phylogenetic tree models (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27(17) ページ: 2346-2353
  • 査読あり
• [雑誌論文] A detailed investigation of accessibilities around target sites of siRNAs and miRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu、Goro Terai, Osamu Imamura, Hiroyuki Yoneyama, Kenji Suzuki, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27(13) ページ: 1788-1797
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized Centroid Estimators in Bioinformatics (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6(2) 号: 2 ページ: e16450-e16450
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0016450
  • 査読あり
• [雑誌論文] A detailed investigation of accessibilities around target sites of siRNAs and miRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu; Goro Terai; Osamu Imamura; Hiroyuki Yoneyama; Kenji Suzuki; Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 1788-1797
  • 査読あり
• [雑誌論文] CentroidAlign : Fast and Accurate Aligner for Structured RNAs by Maximizing Expected Sum-of-pairs Score (2009)
  • 著者名/発表者名: Hamada M, Sato K, Kiryu H, Mituyama T, Asai K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 25(24) 号: 24 ページ: 3236-3243
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btp580
  • 査読あり
• [学会発表] On algorithms for computing thermodynamic entropy of RNA secondary structureｓ (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu and Kiyoshi Asai
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] On algorithms for computing thermodynamic entropy of RNA secondary structures (2011)
  • 著者名/発表者名: Kiyoshi Asai
  • 学会等名: CBI/JSBI2011合同大会
  • 発表場所: 兵庫県神戸市神戸国際会議場(poster presentation)
  • 年月日: 2011-11-09
• [学会発表] SEQUENCE ANALYSIS AROUND TARGET SITES OF siRNAs AND miRNAs(ポスター) (2010)
  • 著者名/発表者名: 木立尚孝
  • 学会等名: CBRC2010
  • 発表場所: 産総研・生命情報工学研究センター
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] siRNAとmiRNAのターゲット領域の配列解析(ポスター発表) (2010)
  • 著者名/発表者名: 木立尚孝
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 国立情報学研究所 学術総合センター
  • 年月日: 2010-07-27
• [備考] Rchange 塩基置換にともなうRNA の二次構造的なエネルギー変化を計算するプログラム(2011)
  • URL: http://www.ncrna.org/software/rchange/
• [備考] Rentropy RNA の二次構造的なエントロピーを計算するプログラム(2011)
  • URL: http://www.ncrna.org/software/rentropy/
• [備考] Fdur 系統樹の十分統計量を計算するプログラム(2011)
  • URL: http://www.ncrna.org/software/fdur/
• [備考] Raccess RNA の二次構造的アクセシビリティを計算するプログラム(2010)
  • URL: http://www.ncrna.org/software/Raccess/
• [備考]
  • URL: http://www.ncrna.org/software/Raccess/
• [備考]
  • URL: http://www.ncrna.org/software/fdur/
• [備考]
  • URL: http://www.ncrna.org/software/rentropy/
• [備考]
  • URL: http://www.ncrna.org/software/rchange/