| 研究課題/領域番号 |
21700333
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
合田 祥子 (日向寺祥子 / 日向寺 祥子 / 合田 祥子(日向寺祥子)) 東海大学, 情報教育センター, 講師 (70317824)
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| 研究期間 (年度) |
2009-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2010年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | 分子軌道法 / 糖鎖 / 生体分子間相互作用 / フラグメント分子軌道法 / 分子認識 / 糖構造 / 分子間相互作用 / 生体高分子 / 高精度量子化学計算 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、構造未知であるヒト型単鎖抗体（５Ａ３）と抗原（マンノトリオース：Ｍａｎ３）の間の相互作用について、バイオインフォマティクスおよび計算化学的手法を用いて精密に解析を行った。
まずは、ホモロジーモデリングにより得られた多数のヒト単鎖抗体の３次元構造から絞り込んだ６構造と、１４１のＭａｎ３のコンフォーマーの間でInduced-Fitドッキングシミュレーションを実施した。得られた多数の複合体構造の中から絞り込んだ構造に対して、フラグメント分子軌道法（ＦＭＯ法）による相互作用計算を実施し、抗原認識に関与する抗体のアミノ酸残基を予測することができた。
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