トランスクリプトーム解析によるファイロティピック段階の実体解明

• 研究課題/領域番号: 21710195
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 入江 直樹 独立行政法人理化学研究所, 形態進化研究グループ, 研究員 (10536121)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2010年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2009年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: システムゲノム / ゲノム調節 / 進化発生学 / トランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / EvoDevo / ファイロティピック段階

研究概要

脊椎動物の個体発生と系統発生(=進化)の関係性については150年以上の大問題として残されてきた。今回の解析では、ニワトリ、マウス、アフリカツメガエル、ゼブラフィッシュの胚発生と互いの保存性の関係性を解析、咽頭胚期の胚を最も保存性の高い時期とした発生砂時計モデルが妥当であることが示された。

研究成果

• [雑誌論文] Comparative transcriptome analysis reveals vertebrate phylotypic period during organogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Irie,N., Kuratani,S
  • 雑誌名: Nature Communications Mar.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative transcriptome analysis reveals vertebrate phylotypic period during organogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 雑誌名: Nature Communications
  • 査読あり
• [学会発表] The Developmental hourglass model and phylotype of the vertebrates. (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: Joint meeting of the GFE and JSDB
  • 発表場所: Dresden, Germany
• [学会発表] Molecular identification of vertebrate phylotypic stage and epigenetic insights of vertebrate embryogenesis, CDB Symposium 2011 (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: Epigenetic Landscape in Development and Disease
  • 発表場所: Kobe
• [学会発表] Molecular identification of the vertebrate phylotypic stage, 20th CDB Meeting (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: Molecular Bases for Evolution of Complex Traits
  • 発表場所: Kobe
• [学会発表] The Developmental hourglass model and phylotype of the vertebrates (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: Joint meeting of the GFE and JSDB
  • 発表場所: Dresden, Germany
• [学会発表] Molecular identification of vertebrate phylotypic stage and epigenetic insights of vertebrate embryogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: CDB Symposium 2011 "Epigenetic Landscape in Development and Disease"
  • 発表場所: Kobe
• [学会発表] Molecular identification of the vertebrate phylotypic stage. (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: 20th CDB Meeting "Molecular Bases for Evolution of Complex Traits"
  • 発表場所: Kobe
• [学会発表] Testing phylotype hypothesis and structural insights of vertebrate embryogenesis. (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹、倉谷滋
  • 学会等名: BMB 2010(1T7-8 & 1P-1139)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Testing phylotype hypothesis and structural insights of vertebrate embryogenesis (2010)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: BMB 2010
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 脊椎動物ファイロタイプ仮説検証と発生学的構造特性の示唆 (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹、倉谷滋
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第2回研究会
  • 発表場所: 三島
  • 年月日: 2010-10-09
• [学会発表] カメの甲の新規形態パターンをもたらした発生機構の解明にむけて公開シンポジウム「複合適応形質の進化」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹、倉谷滋
  • 学会等名: 領域会議
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] カメの甲の新規形態パターンをもたらした発生機構の解明にむけて (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹, 倉谷滋
  • 学会等名: 公開シンポジウム「複合適応形質の進化」
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] 脊椎動物ファイロタイプは原形論的な幻想か? (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹、倉谷滋
  • 学会等名: 日本進化学会第12回大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 脊椎動物ファイロタイプは原形論的な幻想か? (2010)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹, 倉谷滋
  • 学会等名: 日本進化学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Ontogeny and phylogeny of the vertebrates : testing the developmental hourglass model by transcriptome dynamycs comparisons. (2010)
  • 著者名/発表者名: Naoki Irie, Shigeru Kuratani
  • 学会等名: Joint meeting of the SFBD and JSDB
  • 発表場所: Paris
• [学会発表] Is earlier developmental stage more conserved than later stages?～analysis of zebrafish transcriptome during embryogenesis～ (2009)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹
  • 学会等名: 第42回発生生物学会
  • 発表場所: 新潟市
• [図書] 実験医学 (2011)
  • 著者名/発表者名: 八谷剛史、入江直樹、荒川和晴
  • 出版者: Close Up実験法<羊土社>次世代シークエンサー活用術
• [図書] 実験医学 (2011)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹、連利博
  • 出版者: 母児間マイクロキメリズムが問いかける自己と他者免疫学・再生医学・臨床医学への展開,Update Review <羊土社>29(6)
• [図書] 母児間マイクロキメリズムが問いかける自己と他者(実験医学) (2011)
  • 著者名/発表者名: 入江直樹
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社 実験医学
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.cdb.riken.jp/emo/mem/NI_web/NI_index.html