DNAメチル化を介したセンス・アンチセンスRNA発現制御機構の解析

• 研究課題/領域番号: 21710196
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 奈良先端科学技術大学院大学
• 研究代表者: 柴 博史 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教 (20294283)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2010年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円); 2009年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: DNAメチル化 / アンチセンス転写産物 / メチローム / ゲノムタイリングアレイ / aberrant RNA / 次世代シークエンサー

研究概要

本研究では、筆者が明らかにした遺伝子コード領域内で見られるDNAメチル化(bodyメチル化)とセンス-アンチセンス対遺伝子の発現様態を詳細に調べ、bodyメチル化に連動して発現変動が見られる遺伝子の存在を複数明らかにした。また次世代シークエンサーを用いてsmall RNAの発現を解析し、当該遺伝子との関係を調べた。

研究成果

• [雑誌論文] Trans-acting small RNA determines dominance relationships in Brassica self-incompatibility (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Tarutan, Hiroshi Shiba, Megumi Iwano, Tomohiro Kakizaki, Go Suzuki, Masao Watanabe, Akira Isogai, Seiji Takayama.
  • 雑誌名: Nature 466 ページ: 983-986
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetic control of dominance relationships among self-incompatibilityalleles by DNA methylation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shiba, Yoshiaki Tarutani, Seiji Takayama.
  • 雑誌名: Plant Morphology 22 ページ: 3-8
• [雑誌論文] Trans-acting small RNA determines dominance relationships in Brassica self-incompatibility (2010)
  • 著者名/発表者名: Tarutani, Y.
  • 雑誌名: Nature 巻: 466 ページ: 983-986
  • 査読あり
• [雑誌論文] pigenetic control of dominance relationships among self-incompatibilityal leles by DNA methylation (2010)
  • 著者名/発表者名: Shiba, H.
  • 雑誌名: Plant Morphology 巻: 22 ページ: 3-8
• [雑誌論文] Epigenetic control of dominance relationships among self-incompatibilityalleles by DNA methylation (2010)
  • 著者名/発表者名: Shiba, H.
  • 雑誌名: Plant Morphology (in press)
• [雑誌論文] Novel self-compatible lines of Brassica rapa L.isolated from the Japanese bulk-populations (2010)
  • 著者名/発表者名: Isokawa, S.
  • 雑誌名: Genes Genet.Syst. (in npress)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fine-tuning of the cytoplasmic Ca^<2+> concentration is essential for pollen tube growth (2009)
  • 著者名/発表者名: Iwano, M.
  • 雑誌名: Plant Physiol. 150 ページ: 1322-1334
  • 査読あり
• [学会発表] トランス作用性small RNAを介したアブラナ科植物でみられる優劣性の制御機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 樽谷芳明, 柴博史, 岩野恵, 柿崎智博, 鈴木剛, 渡辺正夫, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 京都(震災の影響で大会は中止)
  • 年月日: 2011-03-26
• [学会発表] レーザーマイクロダイセクションを利用したシロイヌナズナ葯タペート組織における遺伝子発現様態の網羅的解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木本剛彰, 柴博史, 岩野恵, 藤田雅丈, 高橋宏和, 倉田のり, 中園幹生, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 日本植物生理学会
  • 発表場所: 仙台(震災の影響で大会は中止)
  • 年月日: 2011-03-22
• [学会発表] トランス作用性small RNAによるアブラナ科植物自家不和合性における優劣性の制御 (2011)
  • 著者名/発表者名: 樽谷芳明, 柴博史, 岩野恵, 柿崎智博, 鈴木剛, 渡辺正夫, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 日本植物生理学会
  • 発表場所: 仙台(震災の影響で大会は中止)
  • 年月日: 2011-03-20
• [学会発表] アブラナ科植物の自家不和合性対立遺伝子でみられるエピジェネティックな遺伝子発現制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: 樽谷芳明, 柴博史, 岩野恵, 柿崎智博, 鈴木剛, 渡辺正夫, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] Regulation of dominance relationships in Brassica self-incompatibility alleles. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Tarutani, Hiroshi Shiba, Megumi Iwano, Tomohiro Kakizaki, Go Suzuki, Masao Watanabe, Akira Isogai, Seiji Takayama.
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Asia Conference.
  • 発表場所: Suzhou (China)
  • 年月日: 2010-11-02
• [学会発表] アブラナ科植物の自家不和合性でみられるエピジェネティックな遺伝子発現制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shiba, Taketo Kayabe, Kentaro Yanol, Junshi Yazaki, Huaming Chen, Yutaka Suzuki, Masahiro Fujita, Nori Kurata, Akira Isogai, Joseph R.Ecker, Seiji Takayama.
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] Genome-wide analyses of allele-specific expression and DNA methylation in Arabidopsis thaliana (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史, 栢部健人, Kentaro Yanol, 矢崎潤史, Huaming Chen, 鈴木剛, 藤田雅丈, 倉田のり, 磯貝彰, Joseph R.Ecker, 高山誠司
  • 学会等名: 21st International Conference on Arabidopsis Research
  • 発表場所: Yokohama
  • 年月日: 2010-06-08
• [学会発表] Genome-wide analyses of allele-specific expression and DNA methylation in Arabidopsis thaliana (2010)
  • 著者名/発表者名: Shiba, H.
  • 学会等名: 21st International Conference on Arabidopsis Research
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2010-06-07
• [学会発表] シロイヌナズナ種内雑種を利用した対立遺伝子間の優劣に関わるDNAメチル化機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史, 栢部健人, 樽谷芳明, 藤田雅丈, 倉田のり, 矢崎潤史, Joseph R.Ecker, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] アブラナの自他認識におけるDNAメチル化の役割 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: 第18回農芸化学Frontiersシンポジウム
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史, 栢部健人, 樽谷芳明, 藤田雅丈, 倉田のり, 矢崎潤史, Joseph R.Ecker, 磯貝彰, 高山誠司
  • 学会等名: 第51回日本植物生理学会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2010-03-18
• [学会発表] Regulation of dominance relationships between self-incompatibility alleles in Brassica via de novo DNA methylation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Tarutani, Hiroshi Shiba, Megumi Iwano, Tomohiro Kakizaki, Masao Watanabe, Akira Isogai, Seiji Takayama.
  • 学会等名: International Symposium of Cell-Cell Communicatiion in Plant Reproduction
  • 発表場所: Nara
  • 年月日: 2010-03-11
• [学会発表] Genome-wide analyses of allele-specific expression and DNA methylation in Arabidopsis species. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shiba, Taketo Kayabe, Kentaro Yano, Junshi Yazaki, Huaming Chen, Akira Isogai, Jpseph R. Ecker, Seiji Takayama.
  • 学会等名: Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology "RNA Silencing Mechanisms in Plants"
  • 発表場所: Santa Fe
  • 年月日: 2010-02-22
• [学会発表] シロイヌナズナ種内雑種を利用した対立遺伝子間の優劣に関わるDNAメチル化機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 駒場(東京)
• [学会発表] アブラナの自他認識におけるDNAメチル化の役割 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: 第18回農芸化学Frontiersシンポジウム
  • 発表場所: 千葉市
• [学会発表] 2種のシロイヌナズナエコタイプ間のメチローム・トランスクリプトーム比較解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: 第51回日本植物生理学会
  • 発表場所: 熊本市
• [学会発表] Genome-wide analyses of allele-specific expression and DNA methylationin Arabidopsis species (2010)
  • 著者名/発表者名: Shiba, H.
  • 学会等名: Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biolog "RNA Silencing Mechanisms in Plants"
  • 発表場所: Santa Fe, NM, USA
• [学会発表] アブラナ科の自他認識機構～DNAメチル化の役割～ (2009)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: (財)バイオインダストリー協会 「未来へのバイオ技術」勉強会月例会-植物エピジェネティクスの応用を展望する
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-10-29
• [学会発表] アブラナ科の自他認識機構～DNAメチル化の役割～ (2009)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: (財)バイオインダストリー協会「未来へのバイオ技術」勉強会月例会-植物エピジェネティクスの応用を展望する
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-10-29
• [学会発表] Regulation of dominance relationships between self-incompatibility alleles via de novo DNA methylation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Tarutani, Hiroshi Shiba, Megumi Iwano, Tomohiro Kakizaki, Masao Watanabe, Akira Isogai, Seiji Takayama.
  • 学会等名: 9th International Plant Molecular Biology (IPMB)
  • 発表場所: St.Louis
  • 年月日: 2009-10-28
• [学会発表] シンポジウム「高等植物の生殖および初期発生研究の最前線」S対立遺伝子の発現制御機構の解析からメンデルの優性の法則に迫る (2009)
  • 著者名/発表者名: 柴博史, 樽谷芳明, 岩野恵, 磯貝彰, 柿崎智博, 渡辺正夫, 高山誠司
  • 学会等名: 第73回日本植物学会
  • 発表場所: 山形
  • 年月日: 2009-09-19
• [学会発表] S対立遺伝子の発現制御機構の解析からメンデルの優性の法則に迫る (2009)
  • 著者名/発表者名: 柴博史
  • 学会等名: 第73回日本植物学会シンポジウム「高等植物の生殖および初期発生研究の最前線」
  • 発表場所: 山形市
  • 年月日: 2009-09-19
• [学会発表] シロイヌナズナで見られるde novo DNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 柴博史, 矢崎潤史, 磯貝彰, Joseph R Ecker, 高山誠司
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-03-29