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遺伝子発現解析によるキャッサバの環境応答機構の理解および情報基盤整備

研究課題

研究課題/領域番号 21710205
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

櫻井 哲也  独立行政法人理化学研究所, ゲノム情報統合化ユニット, ユニットリーダー (90415167)

研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2010年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード植物 / 作物 / ゲノム / トランスクリプトーム / 環境応答 / データベース / ゲノミクス
研究概要

公共データベースGenBank(NCBI)および理研キャッサバ完全長cDNAの配列データを用いて、約22,000の目標遺伝子配列から各々60塩基プローブ配列を選んだキャッサバオリゴマイクロアレイチップを開発した。この開発したマイクロアレイチップを用いて、キャッサバの3品種、2ストレス条件についてのマイクロアレイ実験を行い、各品種、ストレス条件についての異なる遺伝子発現プロファイルを獲得できた。CAGE法についても、同様に各条件の遺伝子発現解析を行い、2つの解析手法による遺伝子概観を獲得した。

報告書

(3件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2010 その他

すべて 学会発表 (2件) 備考 (2件)

  • [学会発表] RIKEN's activities toward cassava functional genomics2010

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Sakurai
    • 学会等名
      Special Seminar on Adavanced Molecular Breeding Technologies and Functional Genomics Study for Plant Improvement
    • 発表場所
      Mahidol University, Bangkok, Thailand
    • 年月日
      2010-02-01
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] Development of Cassava Database : Cassava.psc.riken.jp2010

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Sakurai, Takuhiro Yoshida, Kenji Akiyama, Kazuo Shinozaki, Manabu Ishitani
    • 学会等名
      Plant & Animal Genomes XVIII Conference
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2010-01-11
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://cassava.psc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://cassava.psc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

URL: 

公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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