マイクロアレイ解析の再現性・感度・特異度を飛躍的に向上させるデータ解析手法の開発

• 研究課題/領域番号: 21710208
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 門田 幸二 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円); 2011年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円); 2010年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2009年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / マイクロアレイ / 遺伝子発現

研究概要

実験によって得られたマイクロアレイデータから比較する二群間で発現変動遺伝子(DEG)を効率的に検出するためには、(1)正規化と(2)検出法の組合せが重要であることを明らかにした。また、研究代表者らが開発したDEG検出法であるWAD法を取り入れることが感度・特異度だけでなく再現性の観点からも重要であることを示した。

研究成果

• [雑誌論文] Evaluating methods for ranking differentially expressed genes applied to MicroArray Quality Control data (2011)
  • 著者名/発表者名: Kadota K and Shimizu K
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 12 号: 1 ページ: 227-227
  • DOI: 10.1186/1471-2105-12-227
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa K, Yoshida S, Kadota K, Nakamura T, Niiro H, Arakawa S, Yoshida A, Akashi K, Ishibashi T
  • 雑誌名: Investigative Ophthalmology & Visual Science 巻: 51(8) 号: 8 ページ: 4307-4319
  • DOI: 10.1167/iovs.09-4605
• [雑誌論文] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption (2010)
  • 著者名/発表者名: Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N
  • 雑誌名: Journal of Biochemistry 巻: 147(2) 号: 2 ページ: 175-184
  • DOI: 10.1093/jb/mvp160
  • NAID: 10027873640
• [雑誌論文] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa, K.
  • 雑誌名: Investigative Ophthalmology and Visual Science 巻: 51 ページ: 4307-4319
  • 査読あり
• [雑誌論文] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption (2010)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T.
  • 雑誌名: Journal of Biochemistry 147 ページ: 175-184
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ketogenic diet disrupts the circadian clock and increases hypofibrinolytic risk by inducing expression of plasminogen activator inhibitor-1 (2009)
  • 著者名/発表者名: Oishi K, Uchida D, Ohkura N, Doi R, Ishida N, Kadota K, Horie S
  • 雑誌名: Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology 巻: 29 号: 10 ページ: 1571
  • DOI: 10.1161/atvbaha.109.190140
• [雑誌論文] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishii S, Kadota K, Senoo K
  • 雑誌名: Journal of Microbiological Methods 巻: 78(3) 号: 3 ページ: 344-350
  • DOI: 10.1016/j.mimet.2009.07.005
• [雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity (2009)
  • 著者名/発表者名: Kadota K, Nakai Y, Shimizu K
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 巻: 4 号: 1 ページ: 7-7
  • DOI: 10.1186/1748-7188-4-7
• [雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity (2009)
  • 著者名/発表者名: Kadota, K.
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 4 ページ: 7-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishii, S.
  • 雑誌名: Journal of Microbiological Methods 78 ページ: 344-350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ketogenic Diet Disrupts the Circadian Clock and Increases Hypofibrinolytic Risk by Inducing Expression of Plasminogen Activator Inhibitor-1 (2009)
  • 著者名/発表者名: Oishi, K.
  • 雑誌名: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology 29 ページ: 1571-1577
  • 査読あり
• [学会発表] Rでトランスクリプトーム解析, 2011年度HPCIチュートリアルセミナー (2012)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 生命情報工学研究センター
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-03-09
• [学会発表] Rでトランスクリプトーム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 2011年度HPCIチュートリアルセミナー
  • 発表場所: 生命情報工学研究センター(東京都)
  • 年月日: 2012-03-09
• [学会発表] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～ (2012)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
  • 発表場所: 理化学研究所横浜研究所(神奈川)
  • 年月日: 2012-02-22
• [学会発表] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～ (2012)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
  • 発表場所: 理化学研究所横浜研究所(神奈川県)
  • 年月日: 2012-02-22
• [学会発表] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較,新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
  • 発表場所: 金沢大学(石川)
  • 年月日: 2010-12-28
• [学会発表] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較 (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」・複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
  • 発表場所: 金沢大学(石川)
  • 年月日: 2010-12-28
• [学会発表] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術～私の相場観～,日本バイオインフォマティクス学会 (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第1部
  • 発表場所: 琉球大学(沖縄)
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術-私の相場観- (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会・第2回アグリバイオインフォマティクス研究会
  • 発表場所: 琉球大学(沖縄)
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺 (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
  • 発表場所: 東京大学(東京)
  • 年月日: 2009-10-21
• [学会発表] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺 (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-10-21
• [学会発表] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 東京大学ILSI Japan寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
  • 発表場所: 東京大学(東京)
  • 年月日: 2009-05-13
• [学会発表] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 東京大学ILSI Japan 寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-05-13
• [学会発表] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について,東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: マイクロアレイデータ解析講習会
  • 発表場所: 東京大学(東京)
• [学会発表] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 基礎生物学研究所 バイオインフォマティクス・トレーニングコース 2009
  • 発表場所: 岡崎
• [学会発表] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?! 解釈について (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム・マイクロアレイデータ解析講習会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 基礎生物学研究所バイオインフォマティクス・トレーニングコース2009
  • 発表場所: 基礎生物学研究所(愛知)
• [図書] Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I : Metagenomics and complementary approaches (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishii S, Kadota K, Senoo K
  • 出版者: Wiley-Blackwell
• [図書] データ解析総論,バイオチップ実用化ハンドブック (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 出版者: NTS
• [図書] バイオチップ実用化ハンドブック (2010)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 出版者: NTS
• [備考] 研究代表者ホームページ
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [備考]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [備考]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html
• [備考]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/