| 研究課題/領域番号 |
21710209
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
ゲノム情報科学
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| 研究機関 | 独立行政法人海洋研究開発機構 (2010)
基礎生物学研究所 (2009) |
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研究代表者 |
河合 幹彦 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, ポストドクトラル研究員 (80451904)
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| 研究期間 (年度) |
2009 – 2010
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| 研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2010年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2009年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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| キーワード | 機能予測 / ゲノム多型 / ゲノム進化 / ゲノム比較 / 系統プロファイル / 機能推定 / ゲノム多型検索 / 系統プロファイル法 / 代謝経路 / 酸化還元 / 制限酵素 / 遺伝子の水平移動 / メタゲノム / 有用遺伝子 |
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| 研究概要 |
相同性検索結果から挿入欠失・置換といった多型を選び出す、データベース検索対応型のゲノム多型検索手法を作成した。相同領域をブロックとして検出し、そのブロック同士の位置関係の組み合わせで、多型のパターンを判定した。多型領域に機能既知遺伝子と対をなしている機能未知遺伝子を探索した。この検索手法により、完全ゲノム配列以外の配列情報に加えメタゲノム配列データも対象とした多型検索や、特定の近縁ゲノムの組み合わせ(多対多)にとどまらない多対配列データベースレベルの比較ができるようになった。
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