| 研究課題/領域番号 |
21710210
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
ゲノム情報科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
山下 理宇 東京大学, 医科学研究所, 特任助教 (10401259)
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| 研究期間 (年度) |
2009 – 2010
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| 研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2010年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2009年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | ゲノム / 転写制御 / プロモータ / データベース / DBTSS / 次世代シークエンサー / 大規模データ / 転写開始点 / 比較ゲノム / トランスクリプトーム |
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| 研究概要 |
研究者らは、オリゴキャッピング法によって作られたcDNAに基づき転写開始点が決められている転写開始点データベースDBTSSを構築してきた。本研究では、まず大規模シークエンサーによって配列決定されたデータを約3億配列追加することにより、DBTSSの拡充を試みた。また、これらの転写開始点とRNA polymerase・ヒストン修飾のChIP-seq情報、MNasaeIによるヌクレオソーム情報、ポリソーム分画によるRNA-seq情報などと比較を行った。この結果、転写開始点付近には特徴的なヌクレオソーム構造、ヒストンのH3K4me3修飾、RNA polmeraseの集積が観察され、その傾向は発現量の多いものほど強かった。以上のことから、本研究で作成したデータベースDBTSSが転写制御解析に非常に有用であることが示唆された。
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