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遺伝子重複によるゲノム進化の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21770003
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 遺伝・ゲノム動態
研究機関九州大学 (2010-2011)
総合研究大学院大学 (2009)

研究代表者

手島 康介  九州大学, 理学研究院, 学術研究員 (20447593)

研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2010年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワードゲノム進化 / 自然選択 / 遺伝子変換 / 遺伝子重複 / 集団遺伝学 / 遺伝子系図 / 適応進化 / 機能獲得 / Coalescent simulation / coalescent simulation / シミュレーション / 遺伝的変異
研究概要

生物は非常に長い時間をかけて進化し、複雑なシステムを作り上げてきた。複雑なシステムを生み出すメカニズムとして、遺伝子重複が有力なプロセスの一つであると考えられてきた。遺伝子が重複し新規機能を獲得するプロセスの理解は、生物進化のまさに根源部分の理解につながる。本研究では、集団遺伝学の理論およびゲノムデータ解析を用い、新規機能遺伝子誕生のメカニズムを研究した。重複した遺伝子に働く遺伝子変換や自然選択の効果を取り入れることのできるシミュレーションプログラムを開発し、重複遺伝子およびその周辺領域の遺伝的変異パターンと自然選択の検出方法について研究を行った。特に自然選択に関しては、重複遺伝子内部よりも周辺領域の変異パターンを利用した方が検出しやすいことを明らかにした。本研究の結果は、今後の更なるゲノムデータ解析に応用されることが期待される。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2012 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (6件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Innan, The coalescent with selection on copy number variants2012

    • 著者名/発表者名
      Teshima KM and H.
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: vol.190 ページ: 1077-1086

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The coalescent with selection on copy number variants2012

    • 著者名/発表者名
      KM. Teshima, H.Innan
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: 190 号: 3 ページ: 1077-1086

    • DOI

      10.1534/genetics.111.135343

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] modifying Hudson' s ins software to generate samples of D NA sequences with a biallelic site under selection2009

    • 著者名/発表者名
      Teshima KM, mbs
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      ページ: 166-166

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehdl expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice. Proc2009

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Y, Teshima KM, Yokoi S, Innan H, Shimamoto K
    • 雑誌名

      Natl. Acad. Sci. USA

      巻: vol.106 ページ: 4555-4560

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] mbs : modifying Hudson's ms software to generate samples of DNA sequences with a biallelic site under selection.2009

    • 著者名/発表者名
      Teshima KM
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 10

      ページ: 166-166

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice.2009

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Y
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 106

      ページ: 4555-4560

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 重複遺伝子とその周辺領域の遺伝的変異に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会第82回大会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 重複遺伝子とその周辺領域の遺伝的変異に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子重複の進化における遺伝子変換の影響2010

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2010-08-04
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子重複の進化における遺伝子変換の影響2010

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2010-08-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 自然選択の影響をうけたDNA配列を生成するCoalescentシミュレーションプログラムの開発2009

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会第81回大会
    • 発表場所
      信州大学
    • 年月日
      2009-09-18
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 自然選択の影響をうけたDNA配列を生成するCoalescentシミュレーションプエログラムの開発2009

    • 著者名/発表者名
      手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      信州大学理学部
    • 年月日
      2009-09-18
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.sendou.sokenn.ac.jp/esb/innan/InnanLab/

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.sendou.soken.ac.jp/esb/innan/InnanLab/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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