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微量試料からの高効率クロマチンプルダウン法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21770251
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 発生生物学
研究機関京都大学 (2010-2011)
独立行政法人理化学研究所 (2009)

研究代表者

栗本 一基  京都大学, 医学研究科, 助教 (20415152)

研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2011年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2009年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード生殖細胞 / エピジェネティクス / ChIP / 次世代シークエンサー / 転写因子 / Blimp1 / Oct3/4 / 始原生殖細胞 / 転写制御因子 / 免疫沈降 / Oct3 / 4
研究概要

本研究の目的は、哺乳類(マウス)の、始原生殖細胞をはじめとする少数の細胞における転写制御因子の結合部位を決定するための手法を開発することである。特定の転写因子に結合したゲノムDNAを効率よく精製するため、その転写因子に目印(タグ)をつけた遺伝子改変マウスや細胞を作成した。転写因子に結合したゲノムDNAを増幅する手法を開発し、定量的な増幅が行われる条件を見出した。これらを総合し、10, 000個の細胞において転写因子に結合したゲノム部位を決定できるようになった。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2012 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (2件) 図書 (5件)

  • [雑誌論文] Epigenetic reprogramming in mouse pre-implantation development and primordial germ cells2012

    • 著者名/発表者名
      Saitou, M., Kagiwada, S., Kurimoto, K.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 139 号: 1 ページ: 15-31

    • DOI

      10.1242/dev.050849

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A global single-cell cDNA amplification method for quantitative micro array analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto, K., and Saitou, M.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 687 ページ: 91-111

    • DOI

      10.1007/978-1-60761-944-4_7

    • ISBN
      9781607619437, 9781607619444
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Reconstitution of the mouse germ cell specification pathway in culture by pluripotent stem cells2011

    • 著者名/発表者名
      林克彦, 栗本一基, 大田浩, 荒牧伸弥, 斎藤通紀
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 146 号: 4 ページ: 519-532

    • DOI

      10.1016/j.cell.2011.06.052

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TDRD5 is required for retrotransposon silencing, chromatoid body assembly and spermiogenesis in mice2011

    • 著者名/発表者名
      Yabuta, Y., Ohta, H., Abe, T., Kurimoro, K., Chuma, S., and Saitou, M
    • 雑誌名

      The Journal of Cell Biology

      巻: 192 号: 5 ページ: 781-795

    • DOI

      10.1083/jcb.201009043

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TDRD5 is required for retrotransposon silencing, chromatoid body assembly, and spermiogenesis in mice2011

    • 著者名/発表者名
      Yabuta, Y Ohta, H.Abe, T., Kurimoto, K.Chuma, S, Saitou, M.
    • 雑誌名

      J Cell Biol

      巻: 192 ページ: 781-95

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A global single-cell cDNA amplification method for quantitative microarray analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto, K., Saitou, M.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 687 ページ: 91-111

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Single-cell cDNA micro array profiling of complex biological processes of differentiation2010

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto, K., and Saitou, M.
    • 雑誌名

      Curr Opin Genet Dev

      巻: 20 号: 5 ページ: 470-477

    • DOI

      10.1016/j.gde.2010.06.003

    • NAID

      120002647326

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Single-cell cDNA microarray profiling of complex biological processes of differentiation2010

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto, K., Saitou, M.
    • 雑誌名

      Curr Opin Genet Dev

      巻: 20 ページ: 470-477

    • NAID

      120002647326

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Conditional knockdown of Nanog induces apoptotic cell death in mouse migrating primordial germ cells2009

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, S., Kurimoto, K., Yabuta, Y., Sasaki, H., Nakatsuji, N., Saitou, M. & Tada, T
    • 雑誌名

      Development

      巻: 136 号: 23 ページ: 4011-4020

    • DOI

      10.1242/dev.041160

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Global transcription profiling of complex biological processes of cellular differentiation at the single-cell resolution2010

    • 著者名/発表者名
      Saitou, M., Kurimoto, K.
    • 学会等名
      Pacific hem 2010, Recent Advances in Bioanalysis : Ultra-Small Volumes
    • 発表場所
      Honolulu, Hawaii, USA
    • 年月日
      2010-12-19
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Global transcription profiling of complex biological processes of cellular differentiation at the single-cell resolution2010

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto, K., Saitou, M.
    • 学会等名
      Pacifichem 2010, Recent Advances in Bioanalysis : Ultra-Small Volumes, Global Metabolite Profiling and Single Cells (#56)[4A]
    • 発表場所
      Room 305A, Convention Center, Honolulu, Hawaii, USA
    • 年月日
      2010-12-19
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 卵子学第I章卵子の発生と新生/3生殖系列の決定機構とその特性2011

    • 著者名/発表者名
      栗本一基、斎藤通紀
    • 総ページ数
      1195
    • 出版者
      京都大学学術出版
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 卵子学/第I章卵子の発生と新生/3生殖系列の決定機構とその特性(栗本一基/斎藤通紀)2011

    • 著者名/発表者名
      栗本一基/斎藤通紀
    • 総ページ数
      15
    • 出版者
      京都大学学術出版会
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 単一細胞cDNA増幅法実験医学別冊・新遺伝子工学ハンドブック2010

    • 著者名/発表者名
      栗本一基, 斎藤通紀
    • 総ページ数
      365
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 新遺伝子工学ハンドブック(改訂第5版)2010

    • 著者名/発表者名
      栗本一基、斎藤通紀
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 哺乳類の生殖細胞形成を制御する分子機構実験医学Vol.27No.3(2月号)2009

    • 著者名/発表者名
      栗本一基, 山路剛史, 関由行, 斎藤通紀
    • 総ページ数
      480
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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