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比較ゲノムリンクによる穀物ゲノム情報の育種活用基盤の構築

研究課題

研究課題/領域番号 21780011
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 育種学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

持田 恵一  独立行政法人理化学研究所, バイオマス研究基盤チーム, 上級研究員 (90387960)

研究協力者 櫻井 哲也  独立行政法人理化学研究所, ゲノム情報統合化研究ユニット, ユニットリーダー (90415167)
吉田 拓広  独立行政法人理化学研究所, ゲノム情報統合化研究ユニット, テクニカルスタッフ
上原 由紀子  独立行政法人理化学研究所, バイオマス研究基盤チーム, テクニカルスタッフ
研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2010年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードイネ科植物 / 遺伝子共発現 / 比較ゲノム / ゲノムデータベース / データベース / トランスクリプトーム
研究概要

本研究では、穀物の遺伝子発現ネットワークの情報学的な解析と関連データベース群の体系的な統合を行い、穀物での有用遺伝子探索とその育種利用に向けたゲノム知識基盤の構築を行った。特に、オオムギ遺伝子共発現解析を行い、ムギ類での有用遺伝子探索のための知識基盤を構築した(Mochida et al.2011)。また、比較ゲノム情報基盤に基づいた、イネ科6植物の転写因子データベースを構築し、イネ科穀物での遺伝子制御ネットワークを理解するための知識基盤を整備した(Mochida et al.provisionally accepted)。

報告書

(3件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (7件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] Global landscape of a co-expressed gene network in barley and its application to gene discovery in triticeae crops.2011

    • 著者名/発表者名
      Mochida K, Uehara-Yamaguchi Y, Yoshida T, Sakurai T, Shinozaki K
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 52(5)

      ページ: 785-803

    • NAID

      10029710925

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Global landscape of a co-expressed gene network in barley and its application to gene discovery in Triticeae crops2011

    • 著者名/発表者名
      Keiichi Mochida, Yukiko Uehara-Yamaguchi, Takuhiro Yoshida, Tetsuya Sakurai, Kazuo Shinozaki
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

    • NAID

      10029710925

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of two-component systems and prediction of stress-responsive two-component system members in soybean.2010

    • 著者名/発表者名
      Mochida K, Yoshida T, Sakurai T, Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K, Tran LS.
    • 雑誌名

      DNA Res. 17(5)

      ページ: 303-324

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Genome-Wide Analysis of Two-Component Systems and Prediction of Stress-Responsive Two-Component System Members in Soybean2010

    • 著者名/発表者名
      Keiichi Mochida, Takuhiro Yoshida, Tetsuya Sakurai1, Kazuko Yamaguchi-Shinozaki, Kazuo Shinozaki1, Lam-Son Phan Tran1
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 17 ページ: 303-324

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In silico analysis of transcription factor repertoires and prediction of stress-responsive transcription factors from six major Gramineae plants.

    • 著者名/発表者名
      Mochida K, Yoshida T, Sakurai T, Yamaguchi-Shinozaki, K, Shinozaki K, Tran LS
    • 雑誌名

      DNA Res. ((accepted after minor revision))

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] オオムギの遺伝子共発現ネットワーク解析2011

    • 著者名/発表者名
      持田恵一, 上原由紀子, 吉田拓広, 櫻井哲也, 篠崎一雄
    • 学会等名
      第52回日本植物生理学会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2011-03-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] マメ科植物転写因子の統合データベースLegumeTFDB2011

    • 著者名/発表者名
      Mochida K, Yoshida T, Sakurai T, Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K, Tran LS
    • 学会等名
      第52回日本植物生理学会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2011-03-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] イネ科植物転写因子の統合データベースGramineaeTFDB2011

    • 著者名/発表者名
      持田恵一、吉田拓広、櫻井哲也、篠崎和子、篠崎一、チャンファンラムソン
    • 学会等名
      第52回日本植物生理学会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2011-03-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] イネ科植物転写因子の統合データベースGramineaeTFDB2011

    • 著者名/発表者名
      持田恵一, 吉田拓広, 櫻井哲也, 篠崎和子, 篠崎一雄, チャンファンラムソン
    • 学会等名
      第52回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] オオムギの遺伝子共発現ネットワーク解析2011

    • 著者名/発表者名
      持田恵一, 上原由紀子, 吉田拓広, 櫻井哲也, 篠崎一雄
    • 学会等名
      第52回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] TriMEDB、TriFLDBの紹介2009

    • 著者名/発表者名
      持田恵一
    • 学会等名
      日本育種学会 第116回講演会 グループ研究集会
    • 発表場所
      北海道札幌市
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] イネ科作物ゲノム情報の統合化とその利用2009

    • 著者名/発表者名
      持田恵一、篠崎一雄
    • 学会等名
      日本育種学会 第116回講演会 シンポジウム
    • 発表場所
      北海道札幌市
    • 年月日
      2009-09-25
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://gramineaetfdb.psc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://coexpression.psc.riken.jp/barley/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://coexpression.psc.riken.jp/barley/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://tri1db.psc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://trimedb.psc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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