研究課題/領域番号 |
21790124
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研究種目 |
若手研究(B)
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配分区分 | 補助金 |
研究分野 |
創薬化学
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研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
研究代表者 |
沖本 憲明 独立行政法人理化学研究所, 計算分子設計研究グループ, 上級研究員 (30333321)
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研究期間 (年度) |
2009 – 2010
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研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
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配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2010年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2009年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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キーワード | ドラッグデザイン / 分子動力学 / 量子化学 / 結合親和性 / リード最適化 / 分子動力学計算 / 量子化学計算 / QM / MM法 / FMO法 / MM-PB / SA法 / MP-CAFEE法 |
研究概要 |
医薬品開発におけるリード最適化プロセスの合理化を図るため、主に4種の分子シミュレーションの技法(FMO法、QM/MM法、MM-PB/SA法、MP-CAFEE法等)を用いてタンパク質-薬剤間の結合親和性の予測精度と計算コストを評価することを試みた。ターゲットタンパク質としては、FK506-binding protein(FKBP)、キナーゼタンパク質(CDK2、ABL)を対象として評価を行ったところ、タンパク質によっては結合親和性の予測能が十分でない場合があることが明らかとなった。この問題点を改善するためには、更なる計算手法の修正が必要であることがわかった。
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