遺伝子ノックインによる体細胞内在性mRNP複合体動態の解析

• 研究課題/領域番号: 21790289
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 医化学一般
• 研究機関: 横浜市立大学
• 研究代表者: 山下 暁朗 横浜市立大学, 医学研究科, 講師 (20405020)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2010年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2009年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: 細胞医化学 / 遺伝情報複製 / 転写装置 / 再編 / 制御

研究概要

VEGF,IL6,IL5,IFNbeta,IFNgamma遺伝子のノックイン用領域(終止コドン周辺2-2.5kbp)をクローニングした。さらに、IFNbeta遺伝子についてノックインベクターを構築した。続いて、数十kbpの遺伝子の導入が可能なFRT siteを1コピー持つHeLa TetOff, HeLaTetOnAdvanced, HCT116、N2A,MDCKII,BEAS-2B TetOff FRT細胞を作成した。また、BoxB配列を含む・含まないIL-6, IFNbeta,IL28B,IL-5遺伝子全体をpTRETight-FRTベクターに導入した。

研究成果

• [雑誌論文] Nonsense-Mediated mRNA Decay SMG-1 kinase is regulated by large-scale conformational changes controlled by SMG-8. (2011)
  • 著者名/発表者名: Arias-Palomo E, Yamashita A (co-first author), Fernandez IS, Nunez-Ramirez R, Bamba Y, Izumi N, Ohno S, Llorca S
  • 雑誌名: Genes and Development.Genes Dev. 25(2) ページ: 153-164
• [雑誌論文] Methylmercury-induced relative selenium deficiency causese oxidative stress through its post-transcriptional effect. (2011)
  • 著者名/発表者名: Usuki F, Yamashita A, Fujimura M
  • 雑誌名: J Biol Chem. 286(8) ページ: 6641-6649
• [雑誌論文] Characterization of SMG-9, an essential component of the nonsense-mediated mRNA decay SMG1C complex. (2011)
  • 著者名/発表者名: Fernandez1 SI, Yamashita A (co-first author), Arias-Palomo E, Bamba Y, Bartolome RA, Canales MA, Teixido J, Ohno S, Llorca O
  • 雑誌名: Nucleic acid research. 39(1) ページ: 347-358
• [雑誌論文] Nonsense-Mediated mRNA Decay SMG-1 kinase is regulated by large-scale conformational changes controlled by SMG-8. (2011)
  • 著者名/発表者名: Arias-Palomo E, Yamashita A (co-first author), Fernandez IS, Nunez-Ramirez R, Bamba Y, Izumi N, Ohno S, Llorca S
  • 雑誌名: Genes and Development 巻: 25 ページ: 153-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] Methylmercury-induced relative selenium deficiency causese oxidative stress through its post-transcriptional effect. (2011)
  • 著者名/発表者名: Usuki F, Yamashita A, Fujimura M
  • 雑誌名: Journal of biological chemistry 巻: 286 ページ: 6641-6649
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of SMG-9, an essential component of the nonsense-mediated mRNA decay SMG1C complex. (2011)
  • 著者名/発表者名: Fernandezl SI, Yamashita A (co-first author), Arias-Palomo E, Bamba Y, Bartolome RA, Canales MA, Teixido J, Ohno S, Llorca O
  • 雑誌名: Nucleic acid research 巻: 39 ページ: 347-358
  • 査読あり
• [雑誌論文] ASPP2 regulates epithelial cell polarity through the PAR complex. (2010)
  • 著者名/発表者名: Cong W, Hirose T, Harita Y, Yamashita A, Mizuno K, Hirano H, Ohno S
  • 雑誌名: Curr Biol. 20(15) ページ: 1408-1414
• [雑誌論文] AAA+ family ATPases, RUVBL1 and RUVBL2, coordinate PIKK family and play critical roles in Nonsense-mediated mRNA decay. (2010)
  • 著者名/発表者名: Izumi N, Yamashita A (corresponding author), Iwamatsu A, Kurata R, Nakamura H, Saari B, Hirano H, Anderson P, Ohno S
  • 雑誌名: Science signaling (Science姉妹誌). (3) ページ: 27-27
• [雑誌論文] Analysis of Nonsense-mediated mRNA decay by the monitoring of mRNA half lives in mammalian cells. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A (corresponding author), Ohno S.
  • 雑誌名: CSH protocol. (2) ページ: 5386-5386
• [雑誌論文] ASPP2 regulates epithelial cell polarity through the PAR complex. (2010)
  • 著者名/発表者名: Cong W, Hirose T, Harita Y, Yamashita A, Mizuno K, Hirano H, Ohno S
  • 雑誌名: Current biology 巻: 20 ページ: 1408-1414
  • 査読あり
• [雑誌論文] AAA+ proteins RUVBL1 and RUVBL2 coordinate PIKK activity and function in nonsense-mediated mRNA decay. (2010)
  • 著者名/発表者名: Izumi N, Yamashita A (Corresponding Author), Iwamatsu A, Kurata R, Nakamura H, Saari B, Hirano H, Anderson P, Ohno S.
  • 雑誌名: Science signaling 3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of Nonsense-mediated mRNA decay by the monitoring of mRNA half lives in mammalian cells. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A (Corresponding Author), Ohno S
  • 雑誌名: CSH protocol 2(pdb.prot) ページ: 5386-5386
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMDと疾患 (2010)
  • 著者名/発表者名: 臼杵扶佐子, 山下暁朗
  • 雑誌名: 細胞工学 29 ページ: 155-160
• [雑誌論文] SMG-8 and SMG-9, two novel subunits of the SMG-1 complex, regulate remodeling of the mRNA surveillance complex during nonsense-mediated mRNA decay. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A (corresponding author), Izumi N, Kashima I, Ohnishi T, Saari B, Katsuhata Y, Muramatsu R, Morita T, Iwamatsu A, Kurata R, Hachiya T, Hirano H, Anderson P, Ohno S.
  • 雑誌名: Genes and Development. 23(9) ページ: 1091-1105
• [雑誌論文] SMG-8 and SMG-9, two novel subunits of the SMG-1 complex, regulate remodeling of the mRNA surveillance complex during nonsense-mediated mRNA decay. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A (Corresponding Author), Izumi N, Kashima I, Ohnishi T, Saari B, Katsuhata Y, Muramatsu R, Morita T, Iwamatsu A, Kurata R, Hachiya T, Hirano H, Anderson P, Ohno S
  • 雑誌名: Genes and development 23 ページ: 1091-1105
  • 査読あり
• [雑誌論文] mRNA品質管理システムと疾患 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗, 臼杵扶佐子
  • 雑誌名: タンパク質核酸酵素 54 ページ: 2219-2225
• [学会発表] 微量RNAからの次世代シークエンサーライブラリー構築法の改善 (2010)
  • 著者名/発表者名: 馬場しほ、山下暁朗、大野茂男
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸、ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-10
• [学会発表] mRNA監視機構制御因子SMG-1の構造と生理機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸、ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] IL-6遺伝子発現におけるmRNA転写後制御機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 安部開人、山下暁朗、馬場しほ、岡田一平、石上友章、梁明秀
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸、ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] mRNA監視機構と疾患 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗
  • 学会等名: 日本環境変異原学会第39回大会
  • 発表場所: 筑波、つくば国際会議場(招待講演)
  • 年月日: 2010-11-17
• [学会発表] HSP90 regulates PIKK family together with the conserved protein complexes. (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗、泉奈津子、大野茂男
  • 学会等名: Cold spring harbor laboratory meeting translational control
  • 発表場所: New York, USA
  • 年月日: 2010-09-15
• [学会発表] RUVBL1/RUVBL2複合体によるNMD制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗、泉奈津子、岩松明彦、平野久、大野茂男
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 東京、一橋記念講堂
  • 年月日: 2010-07-27
• [学会発表] RNAポリメラーゼサブニットRPB5はNMDに関与する (2010)
  • 著者名/発表者名: 泉奈津子、山下暁朗、倉田理恵、平野久、大野茂男
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 東京、一橋記念講堂
  • 年月日: 2010-07-27
• [学会発表] mRNA監視機構制御因子SMG-1の構造と生理機能. (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗.
  • 学会等名: BMB2010.
• [学会発表] IL-6遺伝子発現におけるmRNA転写後制御機構の解析. (2010)
  • 著者名/発表者名: 安部開人、山下暁朗、馬場しほ、岡田一平、石上友章、梁明秀.
  • 学会等名: BMB2010.
• [学会発表] 微量RNAからの次世代シークエンサーライブラリー構築法の改善. (2010)
  • 著者名/発表者名: 馬場しほ、山下暁朗、大野茂男.
  • 学会等名: BMB2010.
• [学会発表] mRNA監視機構と疾患. (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗.
  • 学会等名: 日本環境変異原学会第39回大会
  • 発表場所: (招待講演)
• [学会発表] HSP90 regulates PIKK family together with the conserved protein complexes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A, Izumi N, Ohno S.
  • 学会等名: Cold spring harbor laboratory meeting 2010 translational control.
• [学会発表] RUVBL1/RUVBL2複合体によるNMD制御. (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗、泉奈津子、岩松明彦、平野久、大野茂男.
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会.第12回日本RNA学会年会.
• [学会発表] RNAポリメラーゼサブニットRPB5はNMDに関与する. (2010)
  • 著者名/発表者名: 泉奈津子、山下暁朗、倉田理恵、平野久、大野茂男.
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会.第12回日本RNA学会年会.
• [学会発表] THE REMODELING OF MRNA SURVEILLANCE COMPLEX DURING NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A, Izumi N, Okada-Katsuhata Y, Kutsuzawa K, Muramatsu R, Sarri B, Iwamatsu A, Hirano H, Hirahata F, Anderson P, Ohno S.
  • 学会等名: Cold spring harbor laboratory meeting 2009mRNA processing
  • 発表場所: New York。 USA
  • 年月日: 2009-08-20
• [学会発表] 異常終止コドン認識複合体とその制御メカニズム. (2009)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗, 泉奈津子, 勝畑有紀子, 沓沢慧, 番場由美, 大野茂男.
  • 学会等名: 第11回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 新潟
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] THE REMODELING OF MRNA SURVEILLANCE COMPLEX DURING NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamashita A, Izumi N, Okada-Katsuhata Y, Kutsuzawa K, Muramatsu R, Sarri B, Iwamatsu A, Hirano H, Hirahata F, Anderson P, Ohno S.
  • 学会等名: Cold spring harbor laboratory meeting 2009 mRNA processing
  • 発表場所: New York
• [学会発表] 異常終止コドン認識複合体とその制御メカニズム. (2009)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗, 泉奈津子, 勝畑有紀子, 沓沢慧, 番場由美, 大野茂男.
  • 学会等名: 第11回日本RNA学会年会.
• [図書] 疾患との関わり.(mRNA surveillanceの分子機構と生命現象.) 28(10) (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗, 臼杵扶佐子.
  • 出版者: 実験医学.
• [図書] 実験医学 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗、臼杵扶佐子
  • 出版者: mRNA surveillanceの分子機構と生命現象、疾患との関わり
• [図書] NMDと疾患.29(2) (2009)
  • 著者名/発表者名: 臼杵扶佐子, 山下暁朗.
  • 出版者: 細胞工学.
• [図書] 54(16) (2009)
  • 著者名/発表者名: 山下暁朗, 臼杵扶佐子.
  • 出版者: タンパク質核酸酵素.(mRNA品質管理システムと疾患)
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~saikin/index.html
• [備考]
  • URL: http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~saikin/index.html
• [備考]
  • URL: http://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/ohno2010_4.html
• [備考]
  • URL: http://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/0501ohno.html
• [備考]
  • URL: http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~saikin/index.html
• [備考]
  • URL: http://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/ohno2010_4.html
• [備考]
  • URL: http://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/0501ohno.html