複雑な大規模生命科学データを用いた進化解析のための情報処理技術開発

• 研究課題/領域番号: 21810005
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 岩崎 渉 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (50545019)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 2,756千円 (直接経費: 2,120千円、間接経費: 636千円); 2010年度: 1,313千円 (直接経費: 1,010千円、間接経費: 303千円); 2009年度: 1,443千円 (直接経費: 1,110千円、間接経費: 333千円)
• キーワード: 車輪樹法 / 系統樹 / 進化 / NaviCluster / 可視化 / グラフクラスタリング / ネットワーク / 文献情報処理 / バイオインフォマティクス / 進化・系統 / ネットワーク生物学 / データ可視化 / 巡回セールスマン問題 / セントロイド / テキストマイニング

研究概要

グラフや自然言語などの形で情報を記述する複雑かつ大規模な生命科学データが蓄積されつつあることを背景に,これらのデータを系統関係を考慮した生物種横断的な解析に用いるための基盤技術を開発した.具体的には,系統トポロジーの曖昧性を考慮した進化系統表現法である車輪樹法,複雑なグラフ構造をマルチスケールかつインタラクティブに解析するためのツールNaviCluster,および遺伝子と表現型を網羅的に結びつけるための基盤となるデータベースの開発を行った.

研究成果

• [雑誌論文] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. (2011)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki
  • 雑誌名: Bioinformatics 27 ページ: 1121-1127
  • NAID: 110007990852
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized Centroid Estimators in Bioinformatics. (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai.
  • 雑誌名: PLoS ONE 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized Centroid Estimators in Bioinformatics. (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. (2011)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 1121-1127
  • NAID: 110007990852
  • 査読あり
• [雑誌論文] TogoDoc Server/Client System : Smart Recommendation and Efficient Management of Life Science Literature. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, Toshihisa Takagi
  • 雑誌名: PLoS ONE 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Intuitive, Informative, and Most Balanced Representation of Phylogenetic Topologies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 雑誌名: Systematic Biology 59 ページ: 584-593
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Intuitive, Informative, and Most Balanced Representation of Phylogenetic Topologies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi.
  • 雑誌名: Systematic Biology 巻: 59 ページ: 584-593
  • 査読あり
• [雑誌論文] TogoDoc Server/Client System : Smart Recommendation and Efficient Management of Life Science Literature. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, Toshihisa Takagi.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Intuitive, Informative, and Most Balanced Representation of Phylogenetic Topologies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 雑誌名: Systematic Biology 1((印刷中)掲載確定)
  • 査読あり
• [学会発表] 誰もが分子進化解析をする時代のための系統関係表現 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉,高木利久
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会(BMB2010)
  • 発表場所: ポートアイランド,神戸
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 誰もが分子進化解析をする時代のための系統関係表現 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉, 高木利久
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2010)
  • 発表場所: ポートアイランド,神戸
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] A Travelling Salesman Approach to Phylogenetic Trees. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB), Biopolis, Singapore
  • 発表場所: Singapore.
  • 年月日: 2010-12-02
• [学会発表] A Travelling Salesman Approach to Phylogenetic Trees. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi.
  • 学会等名: 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB)
  • 発表場所: Biopolis, Singapore, Singapore
  • 年月日: 2010-12-02
• [学会発表] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第2回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所,三島
  • 年月日: 2010-10-10
• [学会発表] 車輪樹法:系統樹を超えて (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第2回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所,三島
  • 年月日: 2010-10-10
• [学会発表] 車輸樹法:系統樹を超えて (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第2回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所,三島
  • 年月日: 2010-10-10
• [学会発表] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki.
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第2回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所,三島
  • 年月日: 2010-10-10
• [学会発表] 系統推定結果の表現と認識 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 第147回農林交流センターワークショップ,
  • 発表場所: 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,つくば
  • 年月日: 2010-08-24
• [学会発表] 系統推定結果の表現と認識 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 第147回農林交流センターワークショップ
  • 発表場所: 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,つくば
  • 年月日: 2010-08-24
• [学会発表] 車輪樹法:曖昧な進化系統解析結果をどう認識するか (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 日本進化学会 第12回 東京大会,
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス,東京
  • 年月日: 2010-08-04
• [学会発表] 車輪樹法:曖昧な進化系統解析結果をどう認識するか (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 日本進化学会第12回東京大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス,東京
  • 年月日: 2010-08-04
• [学会発表] 膨大な細菌ゲノム情報が可能にする代謝ネットワーク進化の俯瞰的解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 第83回日本細菌学会総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 1000ゲノム時代に進化を読み解く:分子系統樹では物足りないときどうするか (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 第37回駒場進化セミナー
  • 発表場所: 東京大学駒場キャンパス,東京
  • 年月日: 2010-03-08
• [学会発表] Wheel Tree : Overlooked Information in Phylogenetic Analysis. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Kyushu University School of Medicine, Fukuoka, Japan
• [学会発表] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics,
  • 発表場所: AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan
• [学会発表] Centroid Representation of Phylogenetic Trees Solved as a Travelling Salesman Problem. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics,
  • 発表場所: AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan.
• [学会発表] Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering. (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology
  • 発表場所: National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan.
• [学会発表] Updated Phylogenetic Tree for the Era of 1000 Genomes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology
  • 発表場所: National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan.
• [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム/研究者の論文フォルダには何が埋もれているか. (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉,山本泰智,高木利久
  • 学会等名: 第43回人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)/第13回オープンバイオ研究会
  • 発表場所: 北陸先端科学技術大学院大学,能美
• [学会発表] Centroid Representation of Phylogenetic Trees Solved as a Travelling Salesman Problem. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi.
  • 学会等名: The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics
  • 発表場所: 産総研臨海副都心センター,東京
• [学会発表] Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics
  • 発表場所: 産総研臨海副都心センター,東京
• [学会発表] Wheel Tree : Overlooked Information in Phylogenetic Analysis. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi.
  • 学会等名: The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Kyushu University School of Medicine, Fukuoka
• [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム/研究者の論文フォルダには何が埋もれているか (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉, 山本泰智, 高木利久
  • 学会等名: 第43回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)/第13回オープンバイオ研究会
  • 発表場所: 北陸先端科学技術大学院大学,能美
• [学会発表] Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering (2010)
  • 著者名/発表者名: Thanet Prancenararat, 岩崎渉, 高木利久
  • 学会等名: 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology
  • 発表場所: National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
• [学会発表] Updated Phylogenetic Tree for the Era of 1000 Genomes (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉, 高木利久
  • 学会等名: 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology
  • 発表場所: National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
• [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉,山本泰智,高木利久
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉, 山本泰智, 高木利久
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: パシフィコ横浜, 横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 複数遺伝子を必要とするシステムの獲得はどのようにして可能になったのか (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 情報生命科学若手の会第1回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所,三島
  • 年月日: 2009-04-25
• [学会発表] Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering. (2009)
  • 著者名/発表者名: Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
• [学会発表] Large-scale genome evolution analysis across the tree of life. (2009)
  • 著者名/発表者名: Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi
  • 学会等名: Global COE Workshop on Bioinformatics in the Era of Genome Information Big Bang
  • 発表場所: BGI-Shenzhen, Shenzhen, China.
• [学会発表] Large-scale genome evolution analysis across the tree of life (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉, 高木利久
  • 学会等名: Global COE Workshop on Bioinformatics in the Era of Genome Information Big Bang
  • 発表場所: BGI-Shenzhen, Shenzhen, China
• [学会発表] Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering (2009)
  • 著者名/発表者名: Thanet Prancenararat, 岩崎渉, 高木利久
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
• [備考] 系統関係可視化のための車輪樹法公開ウェブサイト
  • URL: http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] 生命ネットワークナビゲーションのためのNaviCluster公開ウェブサイト
  • URL: http://navicluster.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] 文献管理・推薦システムTogoDoc Client公開ウェブサイト
  • URL: http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] 車輪樹法ソフトウェア配布ページ
  • URL: http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/