チャルメルソウ属の送粉様式を支配する「種分化遺伝子」の単離および進化生態学的解析

• 研究課題/領域番号: 21870051
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 独立行政法人国立科学博物館
• 研究代表者: 奥山 雄大 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (40522529)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 2,756千円 (直接経費: 2,120千円、間接経費: 636千円); 2010年度: 1,313千円 (直接経費: 1,010千円、間接経費: 303千円); 2009年度: 1,443千円 (直接経費: 1,110千円、間接経費: 333千円)
• キーワード: 種分化 / SuperSAGE法 / トランスクリプトーム / 次世代DNAシーケンサー / 遺伝マーカー / 花香成分 / 遣伝マーカー

研究概要

チャルメルソウ節を構成する種の大部分である10種において、SuperSAGE法により今まさに匂いを放出している花についてトランスクリプトーム解析を行った。得られたタグ配列を、Perlを用いたバイオインフォマティクスの手法で解析した。その結果、近縁な別種間でのゲノムワイドかつ網羅的なトランスクリプトーム比較にはじめて成功した。さらなる解析により、遺伝子配列と遺伝子発現の両面から実際にチャルメルソウ節の送粉様式を支配する『種分化遺伝子』である可能性が高い遺伝子を特定した。

研究成果

• [雑誌論文] A multi-faceted genomics approach allows the isolation of rice Pia-blast resistance gene consisting of two adjacent NBS-LRR protein genes. (2011)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Hiroyuki Kanzaki, Akira Abe, Kentaro Yoshida, Muluneh Tamiru, Hiromasa Saitoh, Takahiro Fujibe, Hideo Matsumura, Matt Shenton, Dominique Clark Galam, Jerwin Undan, Akiko Ito, Teruo Sone, Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: The Plant Journal 巻: 66 ページ: 467-479
  • 査読あり
• [雑誌論文] A multi-faceted genomics approach allows the isolation of rice Pia-blast resistance gene consisting of two adjacent NBS-LRR protein genes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Hiroyuki Kanzaki, Akira Abe, Kentaro Yoshida, Muluneh Tamiru, Hiromasa Saitoh, Takahiro Fujibe, Hideo Matsumura, Matt Shenton, Dominique Clark Galam, Jerwin Undan, Akiko Ito, Teruo Sone, Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: The Plant Journal 66 ページ: 467-479
  • 査読あり
• [雑誌論文] Arabidopsis Qa-SNARE SYP2 proteins localized to different subcellular regions function redundantly in vacuolar protein sorting and plant development. (2010)
  • 著者名/発表者名: Makoto Shirakawa, Haruko Ueda, Tomoo Shimada, Yasuko Koumoto, Takashi L., Shimada, Maki Kondo, Taku Takahashi, Yudai Okuyama, Mikio Nishimura, Ikuko Hara-Nishimura
  • 雑誌名: The Plant Journal 64 ページ: 924-935
  • NAID: 130006994888
  • 査読あり
• [雑誌論文] Which genus to study? In search of plant genera underrepresented or overrepresented in the research from the flora of Japan. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 雑誌名: Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany 36 ページ: 82-89
  • NAID: 40018735083
  • 査読あり
• [雑誌論文] Which genus to study? In search of plant genera underrepresented or overrepresented in the research from the flora of Japan. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 雑誌名: Bulletin of the National Museum of Nature and Science.Series B, Botany 巻: 36 ページ: 82-89
  • NAID: 40018735083
  • 査読あり
• [雑誌論文] Arabidopsis Qa-SNARE SYP2 proteins localized to different subcellular regions function redundantly in vacuolar protein sorting and plant development. (2010)
  • 著者名/発表者名: Makoto Shirakawa, Haruko Ueda, Tomoo Shimada, Yasuko Koumoto, Takashi L.Shimada, Maki Kondo, Taku Takahashi, Yudai Okuyama, Mikio Nishimura, Ikuko Hara-Nishimura
  • 雑誌名: The Plant Journal 巻: 64 ページ: 924-935
  • NAID: 130006994888
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unveiling cryptic species diversity of flowering plants : successful biological species identification of Asian Mitella using nuclear ribosomal DNA sequences. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Makoto Kato
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 9 ページ: 105-105
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unveiling cryptic species diversity of flowering plants : successful biological species identification of Asian Mitella using nuclear ribosomal DNA sequences. (2009)
  • 著者名/発表者名: Okuyama Yudai, Makoto Kato
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 9 ページ: 105-105
  • 査読あり
• [学会発表] 形質、遺伝子、適応をつなぐ-新しい多様性生物学への挑戦- (2011)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌市札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2011-03-10
• [学会発表] 多様な生活史形質を決定する遺伝子の探索:非モデル生物で行う多種間比較オミクス (2011)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本分類学会連合第10回公開シンポジウム
  • 発表場所: 国立科学博物館新宿分館
  • 年月日: 2011-01-09
• [学会発表] Use of phylogenetic-based multi-species comparison to identify the key determinants in plant-pollinator interactions. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Tomoko Okamoto, Ryutaro Goto, Makoto Kato
  • 学会等名: Memorial Symposium for the 26th International Prize for Biology "Biology of Symbiosis" -Celebrating Dr. Nancy A. Moran-
  • 発表場所: 茨城県つくば市エポカルつくば
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Use of phylogenetic-based multi-species comparison to identify the key determinants in plant pollinator interactions. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Tomoko Okamoto, Ryutaro Goto, Makoto Kato
  • 学会等名: Memorial Symposium for the 26th International Prize for Biology"Biology of Symbiosis"-Celebrating Dr.Nancy A.Moran-
  • 発表場所: 茨城県つくば市エポカルつくば
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 分子系統樹を用いた比較法と祖先形質復元:膨大な生物多様性情報を活用するために 進化学・夏の学校 (2010)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本進化学会第12回東京大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-02
• [学会発表] 分子系統樹を用いた比較法と祖先形質復元:膨大な生物多様性情報を活用する.ため.に(進化学・夏の学校) (2010)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本進化学会第12回東京大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-02
• [学会発表] ゲノム時代の多様性生物学:チャルメルソウ属の進化・自然史研究からの展望 (2010)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第35回駒場進化セミナー
  • 発表場所: 東京大学駒場キャンパス
  • 年月日: 2010-02-22
• [学会発表] ゲノム時代の多様性生物学:チャルメルソウ属の進化・自然史研究からの展望. (2010)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第35回駒場進化セミナー
  • 発表場所: 東京大学駒場キャンパス
  • 年月日: 2010-02-22
• [学会発表] モデル生物からの脱却:次世代シーケンサー/SuperSAGE法の応用によるゲノム系統学の試み (2009)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第41回種生物シンポジウム
  • 発表場所: 八王子セミナーハウス
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] モデル生物からの脱却:次世代シーケンサー/SuperSAGEの応用によるゲノム系統学の試み. (2009)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第41回種生物シンポジウム
  • 発表場所: 八王子セミナーハウス
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] Speciation at a single chemical : an extensive multi-species comparison revealed a key floral volatile for pollinator isolation in Asian Mitella. (2009)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: National Museum of Nature and Science, International Symposium 2009.
  • 発表場所: 国立科学博物館新宿分館
  • 年月日: 2009-11-22
• [学会発表] Speciation at a single chemical : an extensive multi-species comparison revealed a key floral volatile for pollinator isolation in Asian Mitella. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 学会等名: National Museum of Nature and Science, International Symposium 2009.
  • 発表場所: 国立科学博物館
  • 年月日: 2009-11-22
• [学会発表] Phylogenetic dissection of pollination syndrome of floral volatiles in Asian Mitella. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Tomoko Okamoto, Makoto Kato
  • 学会等名: Evolution 2009 American Society of Naturalists, Society for the Study of Evolution, and Society of Systematic Biologists, Annual Meetings.
  • 発表場所: University of Idaho, Moscow, ID USA
  • 年月日: 2009-06-15
• [学会発表] Phylogenetic dissection of pollination syndrome of floral volatiles in Asian Mitella. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Tomoko Okamoto, Makoto Kato
  • 学会等名: Evolution 2009 American Society of Naturalists, Society for the Study of Evolution, and Society of Systematic Biologists, Annual Meetings
  • 発表場所: University of Idaho, Moscow, ID
  • 年月日: 2009-06-15
• [図書] 日本の固有植物 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤雅啓、海老原淳 編(共著)
  • 総ページ数: 503
  • 出版者: 東海大学出版会
• [図書] The Handbook of Plant Mutation Screening : Mining of Natural and Induced Alleles.Chapter 11.Use of TILLING for Reverse and Forward Genetics of Rice. (2011)
  • 著者名/発表者名: Sujay Rakshit, Hiroyuki Kanzaki, Hideo Matsumura, Arunita Rakshit, Takahiro Fujibe, Yudai Okuyama, Kentaro Yoshida, Muluneh Oli, Matt Shenton, Hiroe Utsushi, Chikako Mitsuoka, Akira Abe, Yutaka Kiuchi, Ryohei Terauchi
  • 出版者: Wiley-VCH Verlag GmbH & Co.KGaA, Weinheim, Germany.
• [図書] 日本の固有植物(加藤雅啓、海老原淳編) (2010)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大, 他共著
  • 総ページ数: 503
  • 出版者: 東海大学出版会
• [図書] The Handbook of Plant Mutation Screening : Mining of Natural and Induced Alleles. Chapter 11. Use of TILLING for Reverse and Forward Genetics of Rice. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sujay Rakshit, Hiroyuki Kanzaki, Hideo Matsumura, Arunita Rakshit, Takahiro Fujibe, Yudai Okuyama, Kentaro Yoshida, Muluneh Oli, Matt Shenton, Hiroe Utsushi, Chikako Mitsuoka, Akira Abe, Yutaka Kiuchi, Ryohei Terauchi.
  • 総ページ数: 460
  • 出版者: Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, Germany
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.kahaku.go.jp/research/researcher/researcher.php?d=yokuyama
• [備考]
  • URL: https://sites.google.com/site/okuyamanokenkyuupeji/home
• [備考]
  • URL: http://www.kahaku.go.jp/research/researcher/researcher.php?d=yokuyama
• [備考]
  • URL: https://sites.google.com/site/okuyamanokenkyuupeji/home
• [備考]
  • URL: http://www.kahaku.go.jp/research/researcher/researcher.php?d=yokuyama