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DNAオリガミを用いたエピジェネティック遺伝子発現の1分子可視化

研究課題

研究課題/領域番号 21H02057
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関関西大学

研究代表者

遠藤 政幸  関西大学, 研究推進部, 特別任命教授 (70335389)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2021年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワードDNAオリガミ / 遺伝子発現 / エピジェネティクス / 高速原子間力顕微鏡 / 1分子観察 / ヌクレオソーム / 細胞内遺伝子発現制御 / 1分子観察 / 原子間力顕微鏡 / エピジェネティックズ
研究開始時の研究の概要

本研究では、「ヌクレオソーム多量体の高次構造とクロマチン構造への形態変化」及び「ヌクレオソーム多量体の遺伝子発現制御への連動」について1分子可視化とその反応機構の解明を行う。遺伝子発現の制御に連動する配列化されたヌクレオソーム多量体の高次構造について、これらをDNAオリガミ構造体に集積し、高速原子間力顕微鏡(AFM)により動的な状態で1分子可視化する。これにより、遺伝子発現に必要な転写因子との複合化、複数のヌクレオソーム多量体からクロマチン構造形成と相分離まで至る機構を動的に可視化・解析する。さらに、転写活性化まで含めたエピジェネティックな遺伝子発現を可視化しその反応機構を解明する。

研究成果の概要

本研究では、遺伝子発現の制御に連動する配列化されたヌクレオソーム間の相互作用と高次構造について、これらをDNAオリガミ構造体に集積し、DNAオリガミの持つ空間を使って、高速原子間力顕微鏡(高速AFM)により動的な状態で一分子の解像度で可視化する技術を開発した。また、ヌクレオソームの安定化を指向したDNA鎖間の任意の配列に結合するDNA結合分子を開発した。一方、外部刺激による細胞内での遺伝子発現の変化について、光に応答して収縮するDNAナノ構造体を開発し、細胞外マトリックスとして力学的な刺激によって細胞形態の変化の可逆的な操作と遺伝子群の発現の操作に成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、配列化されたヌクレオソーム多量体の相互作用と高次構造、及びヒストンのエピジェネティック修飾による相互作用の変化をDNAオリガミ構造体と高速原子間力顕微鏡で可視化する方法を開発した。この方法は分子レベルの解像度での遺伝子発現機構の解明に貢献できる。また、細胞の形態変化と遺伝子発現の制御を行う刺激応答性のDNA構造体の開発に成功した。これらの開発した手法は分子レベルでのエピジェネティックな遺伝子発現の制御機構や細胞制御への応用に知見を与える技術となる。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 6件、 査読あり 20件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (6件)

  • [国際共同研究] Kent State University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Isothermal self-assembly of multicomponent and evolutive DNA nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Rossi-Gendron Caroline、El Fakih Farah、Bourdon Laura、Nakazawa Koyomi、Finkel Julie、Triomphe Nicolas、Chocron Lea、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Bellot Ga?tan、Morel Mathieu、Rudiuk Sergii、Baigl Damien
    • 雑誌名

      Nature Nanotechnology

      巻: 18 号: 11 ページ: 1311-1318

    • DOI

      10.1038/s41565-023-01468-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural Expansion of Catalytic RNA Nanostructures through Oligomerization of a Cyclic Trimer of Engineered Ribozymes2023

    • 著者名/発表者名
      Siddika Mst. Ayesha、Oi Hiroki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 28 号: 18 ページ: 6465-6465

    • DOI

      10.3390/molecules28186465

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Two-Dimensional DNA Origami Lattices Assembled on Lipid Bilayer Membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2639 ページ: 83-90

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3028-0_5

    • ISBN
      9781071630273, 9781071630280
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocontrolled DNA nanotubes as stiffness tunable matrices for controlling cellular behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 15 号: 6 ページ: 2904-2910

    • DOI

      10.1039/d2nr05202d

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Visualization of B-Z Transition in DNA Origami Using High-Speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2651 ページ: 241-250

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3084-6_17

    • ISBN
      9781071630839, 9781071630846
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dissection of nanoconfinement and proximity effects on the binding events in DNA origami nanocavity2022

    • 著者名/発表者名
      Jonchhe Sagun、Pandey Shankar、Beneze Christian、Emura Tomoko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 号: 2 ページ: 697-703

    • DOI

      10.1093/nar/gkab1298

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Hexameric Ribozyme Nanostructure Formed by Double‐Decker Assembly of a Pair of Triangular Ribozyme Trimers2022

    • 著者名/発表者名
      Yu Kai、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 23 号: 6

    • DOI

      10.1002/cbic.202100573

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Box-shaped ribozyme octamer formed by face-to-face dimerization of a pair of square-shaped ribozyme tetramers2022

    • 著者名/発表者名
      Islam Md Dobirul、Hidaka Kumi、Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 134 号: 3 ページ: 195-202

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.06.008

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biomimetic DNA Nanotechnology to Understand and Control Cellular Responses2022

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 23 号: 6

    • DOI

      10.1002/cbic.202100446

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA-Based Daisy Chain Rotaxane Nanocomposite Hydrogels as Dual-Programmable Dynamic Scaffolds for Stem Cell Adhesion2022

    • 著者名/発表者名
      Yao Shengtao、Chang Yongyun、Zhai Zanjing、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Zhu Weiping、Xu Yufang、Yang Yangyang、Qian Xuhong
    • 雑誌名

      ACS Applied Materials & Interfaces

      巻: 14 号: 18 ページ: 20739-20748

    • DOI

      10.1021/acsami.2c03265

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Surface Assembly of DNA Origami on a Lipid Bilayer Observed Using High-Speed Atomic Force Microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 13 ページ: 4224-4224

    • DOI

      10.3390/molecules27134224

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Zeptoliter DNA Origami Reactor to Reveal Cosolute Effects on Nanoconfined G-Quadruplexes2022

    • 著者名/発表者名
      Pandey Shankar、Jonchhe Sagun、Mishra Shubham、Emura Tomoko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 37 ページ: 8692-8698

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c02253

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Nanoscopic observation of a DNA crystal surface and its dynamic formation and degradation using atomic force microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Eki Haruhiko、Abe Katsuhiko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 13 ページ: 1651-1654

    • DOI

      10.1039/d0cc07458f

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of an optically controllable CRISPR-Cas9 system using a DNA origami nanostructure2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Katsuhiko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 45 ページ: 5594-5596

    • DOI

      10.1039/d1cc00876e

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Short intrinsically disordered polypeptide-oligonucleotide conjugates for programmed self-assembly of nanospheres with temperature-dependent size controllability2021

    • 著者名/発表者名
      Wang Bin、Pan Rizhao、Zhu Weiping、Xu Yufang、Tian Ye、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Yang Yangyang、Qian Xuhong
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 17 号: 5 ページ: 1184-1188

    • DOI

      10.1039/d0sm01817a

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Micro-homology intermediates: RecA’s transient sampling revealed at the single molecule level2021

    • 著者名/発表者名
      Lee Andrew J、Endo Masayuki、Hobbs Jamie K、Davies A Giles、Walti Christoph
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 3 ページ: 1426-1435

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1258

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An RNA Triangle with Six Ribozyme Units Can Promote a Trans-Splicing Reaction through Trimerization of Unit Ribozyme Dimers2021

    • 著者名/発表者名
      Akagi Junya、Yamada Takahiro、Hidaka Kumi、Fujita Yoshihiko、Saito Hirohide、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 11 号: 6 ページ: 2583-2583

    • DOI

      10.3390/app11062583

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flexible Assembly of Engineered Tetrahymena Ribozymes Forming Polygonal RNA Nanostructures with Catalytic Ability2021

    • 著者名/発表者名
      Yuki Mori, Hiroki Oi, Yuki Suzuki, Kumi Hidaka, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo, Shigeyoshi Matsumura, Yoshiya Ikawa
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 号: 12 ページ: 2168-2176

    • DOI

      10.1002/cbic.202100109

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HBD1 protein with a tandem repeat of two HMG-box domains is a DNA clip to organize chloroplast nucleoids in <i>Chlamydomonas reinhardtii</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Takusagawa Mari、Kobayashi Yusuke、Fukao Yoichiro、Hidaka Kumi、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Hamaji Takashi、Kato Yoshinobu、Miyakawa Isamu、Misumi Osami、Shikanai Toshiharu、Nishimura Yoshiki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 号: 20 ページ: 463-475

    • DOI

      10.1073/pnas.2021053118

    • NAID

      120007035840

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non‐invasive Regulation of Cellular Morphology Using a Photoswitchable Mechanical DNA Polymer2021

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 37 ページ: 20342-20349

    • DOI

      10.1002/anie.202105425

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DNAオリガミを使った生体分子デバイスの開発2023

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      第4回 発動分子科学サロン「発動分子と核酸」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of Cellular Morphology Using a Photoswitchable Mechanical DNA Materials2022

    • 著者名/発表者名
      S. Sethi, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRT2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Creation of DNA origami nanostructures for imaging, analysis, and material applications2022

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      College of Life Science and Technology, Jinan University
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNAをノリシロとした世界最小のオリガミに挑戦! DNAオリガミを使った生体分子デバイスの開発2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      第10回CSJ化学フェスタ2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA origami for nanosystem and nanodevice applications2021

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      PacifiChem2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] DNA Origami: Structures, Technology, and Applications2022

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 総ページ数
      464
    • 出版者
      John Wiley & Sons
    • ISBN
      9781119682547
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] Molecular Robotics: An Introduction (S. Murata Ed.) Molecular Nanotechnology for Molecular Robotics2022

    • 著者名/発表者名
      M. Endo
    • 総ページ数
      307
    • 出版者
      Springer Nature
    • ISBN
      9789811939860
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] Cell-Inspired Materials and Engineering2021

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 総ページ数
      265
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9783030559236
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 講談社サイエンティフィック『核酸科学ハンドブック』 「DNAオリガミを利用した1分子可視化と計測」2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 総ページ数
      576
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] CSJカレントレビュー『進化を続ける核酸化学』 「DNAナノテクノロジーと1分子科学 ~1分子で捉えるユニークな生体分子反応」2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 総ページ数
      228
    • 出版者
      化学同人
    • ISBN
      9784759814019
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 実験医学増刊号『核酸医薬 本領を発揮する創薬モダリティ』 「DNAオリガミを用いた分子デリバリーシステム」2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 総ページ数
      204
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758103985
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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