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遺伝コード修復治療の研究-人為的RNA編集によるRNAの変異修復

研究課題

研究課題/領域番号 21H02067
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分37020:生物分子化学関連
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

塚原 俊文  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 名誉教授 (60207339)

研究分担者 竹中 瑞樹  京都大学, 理学研究科, 准教授 (10796163)
青木 吉嗣  国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター, 神経研究所 遺伝子疾患治療研究部, 部長 (80534172)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2022年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワードRNA編集 / 遺伝コード修復 / デアミナーゼ / ツノゴケ / DYWドメイン / GRPドメイン / DRHドメイン / PPR56 / DYWドメイン相同体 / DYW相同体 / MS2システム / PPRタンパク質 / 脱アミノ化酵素 / アミノ転移酵素 / 疾患治療 / 脱アミノ化 / アミノ基転移 / 人為的RNA編集 / 脱アミン化 / ADAR1 / RNA editing / RNA修復
研究開始時の研究の概要

本研究では、遺伝子の点変異を原因とする疾患に対する治療法として、人為的なRNA editingを利用して、発現している変異RNAの遺伝コードを部位特異的に修復して疾患を治療するという、遺伝コード修復による疾患治療法の確立を目指している。
具体的には、実用化を目指した遺伝子治療法の開発を行うとともに、人為的なU⇒C変換を実現するための人工酵素の創成を行う。
そのため、(a) C⇒U RNA editingを利用した治療法の確立、および(b) U⇒C RNA editingを触媒する人工酵素複合体の創成とそれを利用した遺伝子治療、を目指した研究を実施する。

研究成果の概要

人為的RNA編集ツールの改良を行い、guide RNAの最適化やAPOBEC3AやDYWドメインを酵素として用いることでRNA編集効率が50%以上となる様に改善し、さらに疾患例への適用としてT>C変異を原因とするmacularマウスの修復にも成功した。
U⇒C RNA編集が顕著なツノゴケよりDYWドメインに相同性を有するGRPおよびDRHドメインを単離し、それぞれアミノ基供与体依存的なU⇒CおよびG⇒A変換活性を有していることを明らかにした。さらにRNA認識にPPR56を利用することでGRPあるいはDRHを用いたHEK293細胞内でのU⇒CおよびG⇒A RNA変換が可能である事を示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で得られた様々な結果によって、RNA内の変異塩基の脱アミノ化あるいはアミノ転移によって遺伝コードを変換するRNA編集を人為的に再現することで、点変異したRNAを標的に、遺伝コードを細胞内で部位特異的に変換・修復による疾患治療が可能であることが示され、編集効率の高い人為的RNA編集ツールの開発で、A⇒I(G)およびC⇒U RNA編集では疾患治療に有効なレベルのツール開発に成功した。さらにツノゴケ由来のGRPあるいはDRHドメインによってHEK293細胞内でのU⇒C及びG⇒A変換にも成功した。GRP及びDRHドメインについては世界初の発見であり、学術的にも高い意義が認められる。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (25件) (うち国際共著 15件、 査読あり 25件、 オープンアクセス 21件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 7件、 招待講演 2件) 産業財産権 (3件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] University of Southampton(英国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] 紹興文理学院(中国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Rajshahi(バングラデシュ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Improvement of C‐to‐U RNA editing using an artificial MS2‐APOBEC system2023

    • 著者名/発表者名
      Jiarui Li, Guangyao Fan, Matomo Sakari, Toshifumi Tsukahar
    • 雑誌名

      Biotechnology Journal

      巻: 19 号: 1 ページ: 230032-230032

    • DOI

      10.1002/biot.202300321

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Examination of factors affecting site-directed RNA editing by the MS2-ADAR1 deaminase system2023

    • 著者名/発表者名
      Md Thoufic Anam Azad, Umme Qulsum, and Toshifumi Tsukahara
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 14 号: 8 ページ: 1584-1584

    • DOI

      10.3390/genes14081584

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] MEF2C/p300-mediated epigenetic remodeling promotes the maturation of?induced cardiomyocytes2023

    • 著者名/発表者名
      Kojima Hidenori、Sadahiro Taketaro、Muraoka Naoto、Yamakawa Hiroyuki、Hashimoto Hisayuki、Ishii Ryota、Gosho Masahiko、Abe Yuto、Yamada Yu、Nakano Koji、Honda Seiichiro、Fujita Ryo、Akiyama Tatsuya、Sunagawa Yoichi、Morimoto Tatsuya、Tsukahara Toshifumi、Hirai Hiroyuki、Fukuda Keiichi、Ieda Masaki
    • 雑誌名

      Stem Cell Reports

      巻: 18 号: 6 ページ: 1274-1283

    • DOI

      10.1016/j.stemcr.2023.05.001

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 5.Increasing the Editing Efficiency of the MS2-ADAR System for Site-Directed RNA Editing2023

    • 著者名/発表者名
      Jiarui Li, Tomoko Oonishi, Guangyao Fan, Matomo Sakari and Toshifumi Tsukahar
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 13 号: 4 ページ: 2383-2383

    • DOI

      10.3390/app13042383

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of Zinc Finger (ZnF) Genes that Undergo Tissue-specific Alternative Splicing in Arabidopsis thaliana2023

    • 著者名/発表者名
      Umme Qulsum, Md Thoufic Anam Azad, Toshifumi Tsukahara
    • 雑誌名

      Egyptian Journal of Botany

      巻: 63 号: 0 ページ: 292-292

    • DOI

      10.21608/ejbo.2023.189961.2247

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insight into the activation of an Arabidopsis organellar C-to-U RNA editing enzyme by active site complementation2023

    • 著者名/発表者名
      Toma-Fukai Sachiko、Sawada Yuto、Maeda Ayako、Shimizu Hikaru、Shikanai Toshiharu、Takenaka Mizuki、Shimizu Toshiyuki
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 35 号: 6 ページ: 1888-1900

    • DOI

      10.1093/plcell/koac318

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Nonsequencing Approach for the Rapid Detection of RNA Editing2022

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Toshifumi Tshukahara, Manish Biyani
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiment

      巻: -

    • DOI

      10.3791/63591-v

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of Therapeutic RNA Manipulation for Muscular Dystrophy2022

    • 著者名/発表者名
      Saifullah, Norio Motohashi, Toshifumi Tsukahara, Yoshitsugu Aoki
    • 雑誌名

      Front Genome Ed

      巻: 4 ページ: 863651-863651

    • DOI

      10.3389/fgeed.2022.863651

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Integrated analysis of ALK higher expression in human cancer and downregulation in LUAD using RNA molecular scissors2022

    • 著者名/発表者名
      Saifullah, Tsukahara T.
    • 雑誌名

      Clin Transl Oncol.

      巻: 24 号: 9 ページ: 1785-1799

    • DOI

      10.1007/s12094-022-02835-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Integrated analysis of the clinical consequence and associated gene expression of ALK in ALK-positive human cancers.2022

    • 著者名/発表者名
      Saifullah, Tsukahara T.
    • 雑誌名

      Heliyon

      巻: 8 号: 7 ページ: e09878-e09878

    • DOI

      10.1016/j.heliyon.2022.e09878

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] C-to-U RNA Editing: A Site Directed RNA Editing Tool for Restoration of Genetic Code2022

    • 著者名/発表者名
      S Bhakta, T Tsukahara
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 13 号: 9 ページ: 13091636-13091636

    • DOI

      10.3390/genes13091636

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The Role of the Exonic lncRNA PRKDC-210 in Transcription Regulation by Junling Mo2022

    • 著者名/発表者名
      J Mo, G Fan, T Tsukahara, M Sakari
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci

      巻: 23 号: 22 ページ: 232213783-232213783

    • DOI

      10.3390/ijms232213783

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Investigating the role of dystrophin isoform deficiency in motor function in Duchenne muscular dystrophy2022

    • 著者名/発表者名
      Chesshyre Mary、Ridout Deborah、Hashimoto Yasumasa、Ookubo Yoko、Torelli Silvia、Maresh Kate、Ricotti Valeria、Abbott Lianne、Gupta Vandana Ayyar、Main Marion、Ferrari Giulia、Kowala Anna、Lin Yung‐Yao、Tedesco Francesco Saverio、Scoto Mariacristina、Baranello Giovanni、Manzur Adnan、Aoki Yoshitsugu、Muntoni Francesco
    • 雑誌名

      Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle

      巻: 13 号: 2 ページ: 1360-1372

    • DOI

      10.1002/jcsm.12914

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Clinical development of novel therapies for Duchenne muscular dystrophy-Current and future2022

    • 著者名/発表者名
      Tsukasa Tominari, Yoshitsugu Aoki
    • 雑誌名

      Neurology and Clinical Neuroscience

      巻: - 号: 3 ページ: 12691-12691

    • DOI

      10.1111/ncn3.12691

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] <scp>DYW</scp> deaminase domain has a distinct preference for neighboring nucleotides of the target <scp>RNA</scp> editing sites2022

    • 著者名/発表者名
      Maeda Ayako、Takenaka Sachi、Wang Tenghua、Frink Brody、Shikanai Toshiharu、Takenaka Mizuki
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 111 号: 3 ページ: 756-767

    • DOI

      10.1111/tpj.15850

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Integrated analysis of ALK higher expression in human cancer and downregulation in LUAD using RNA molecular scissor2022

    • 著者名/発表者名
      Saifullah, Toshifumi Tsukahara
    • 雑誌名

      Clinical and Translational Oncology

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A non-sequencing approach for the rapid detection of RNA editing2022

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Toshifumi Tsukahara, Manish Biyani
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiments

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The U-to-C RNA editing affects the mRNA stability of nuclear genes in Arabidopsis thaliana2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika、Tsukahara Toshifumi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 571 ページ: 110-117

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.06.098

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Double MS2 guided restoration of genetic code in amber (TAG), opal (TGA) and ochre (TAA) stop codon2021

    • 著者名/発表者名
      Bhakta Sonali、Tsukahara Toshifumi
    • 雑誌名

      Enzyme and Microbial Technology

      巻: 149 ページ: 109851-109851

    • DOI

      10.1016/j.enzmictec.2021.109851

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genome-Wide Identification of U-To-C RNA Editing Events for Nuclear Genes in Arabidopsis thaliana2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika、Okudaira Chisato、Sakari Matomo、Tsukahara Toshifumi
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 10 号: 3 ページ: 635-635

    • DOI

      10.3390/cells10030635

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unfolding the apoptotic mechanism of antioxidant enriched-leaves of Tabebuia pallida (lindl.) miers in EAC cells and mouse model2021

    • 著者名/発表者名
      Rahman Md Mahbubur、Reza A.S.M. Ali、Khan Muhammad Ali、Sujon Khaled Mahmud、Sharmin Rokshana、Rashid Mamunur、Sadik Md Golam、Reza Md Abu、Tsukahara Toshifumi、Capasso Raffaele、Mosaddik Ashik、Gobe Glenda C.、Alam AHM Khurshid
    • 雑誌名

      Journal of Ethnopharmacology

      巻: 278 ページ: 114297-114297

    • DOI

      10.1016/j.jep.2021.114297

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DYW domain structures imply an unusual regulation principle in plant organellar RNA editing catalysis2021

    • 著者名/発表者名
      Takenaka Mizuki、Takenaka Sachi、Barthel Tatjana、Frink Brody、Haag Sascha、Verbitskiy Daniil、Oldenkott Bastian、Schallenberg-Ru?dinger Mareike、Feiler Christian G.、Weiss Manfred S.、Palm Gottfried J.、Weber Gert
    • 雑誌名

      Nature Catalysis

      巻: 4 号: 6 ページ: 510-522

    • DOI

      10.1038/s41929-021-00633-x

    • NAID

      120007089252

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantification of Mitochondrial RNA Editing Efficiency Using Data2021

    • 著者名/発表者名
      Takenaka Mizuki
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2363 ページ: 263-278

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1653-6_18

    • ISBN
      9781071616529, 9781071616536
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Immortalized Canine Dystrophic Myoblast Cell Lines for Development of Peptide-Conjugated Splice-Switching Oligonucleotides2021

    • 著者名/発表者名
      Tone Yuichiro、Mamchaoui Kamel、Tsoumpra Maria K.、Hashimoto Yasumasa、Terada Reiko、Maruyama Rika、Gait Michael J.、Arzumanov Andrey A.、McClorey Graham、Imamura Michihiro、Takeda Shin'ichi、Yokota Toshifumi、Wood Matthew J.A.、Mouly Vincent、Aoki Yoshitsugu
    • 雑誌名

      Nucleic Acid Therapeutics

      巻: 31 号: 2 ページ: 172-181

    • DOI

      10.1089/nat.2020.0907

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pharmacological activation of SERCA ameliorates dystrophic phenotypes in dystrophin-deficient <i>mdx</i> mice2021

    • 著者名/発表者名
      Nogami Ken'ichiro、Maruyama Yusuke、Sakai-Takemura Fusako、Motohashi Norio、Elhussieny Ahmed、Imamura Michihiro、Miyashita Satoshi、Ogawa Megumu、Noguchi Satoru、Tamura Yuki、Kira Jun-ichi、Aoki Yoshitsugu、Takeda Shin'ichi、Miyagoe-Suzuki Yuko
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics

      巻: 30 号: 11 ページ: 1006-1019

    • DOI

      10.1093/hmg/ddab100

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Artificial RNA editing for genetic cord restoration2023

    • 著者名/発表者名
      Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      BIOLOGICS AND BIOSIMILARS; ADVANCES IN MEDICINAL CHEMISTRY & PHARMACOLOG
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Artificial RNA Editing toward Treatment for Diseases Caused by Point Mutation2023

    • 著者名/発表者名
      Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      Gene and Cell Technology Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of bioengineered MS2 system for restoration of genetic code2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      Nano today
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome-wide identification and analysis of U-to-C RNA editing events in Arabidopsis thaliana by transcriptome sequencing2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Chisato Okudaira, Matomo Sakari, Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      3rd Annual Plant Biology and Biotechnology
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of RNA editing system using hornwort specific DYW type PPR proteins,2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      Harnessing the plant Microbiome
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of U-to-C RNA editing on the mRNA half-life of PPR protein2021

    • 著者名/発表者名
      Ruchika, Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      5th World Plant Genomics and Plant Science Congress
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA guided CRISPR-Cas protein downregulates the oncogenic driver ALK expression in human lung cancer cell2021

    • 著者名/発表者名
      Saifullah, Matomo Sakari, Takeshi Suzuki, Toshifumi Tsukahara
    • 学会等名
      54th annual European Human Genetics Conferenc
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [産業財産権] 酵素、酵素複合体、および、これらの利用2023

    • 発明者名
      塚原 俊文、范 光輝
    • 権利者名
      株式会社GeCoRT
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2023-185814
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [産業財産権] 酵素、複合体、組換えベクター、遺伝性疾患治療薬及びポリヌクレオチド2022

    • 発明者名
      塚原俊文、
    • 権利者名
      北陸先端科学技術大学院大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 酵素、複合体、組換えベクター、遺伝性疾患治療薬及びポリヌクレオチド2021

    • 発明者名
      塚原俊文、Ruchika
    • 権利者名
      北陸先端科学技術大学院大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-210380
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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