| 研究課題/領域番号 |
21H02404
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43010:分子生物学関連
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
松本 有樹修 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60741519)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2022年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2021年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
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| キーワード | Long non-coding RNA / Coding RNA / 翻訳プロファイリング / 機械学習 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでに、一部のlncRNAがポリペプチドを翻訳することを明らかにしてきた。しかしこの発見により、どのようなRNAが翻訳され、どのようなRNAが翻訳されないのかということを規定する原理が不明であるという問題点が明らかとなった。そこで本課題では、翻訳プロファイリング法という新技術を駆使してcoding RNA/non-coding RNAの正確な分類を行い、さらに機械学習を用いてそれらの性質を解明することを目標とする。
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| 研究実績の概要 |
Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでに、一部のlncRNAがポリペプチドを翻訳することを明らかにしてきた。この発見は、これはどのようなRNAが翻訳され、どのようなRNAが翻訳されないのかということを規定する原理が不明であるために、coding RNAをnon-coding RNAと誤分類していたということを意味する。
既存のRibo-seqはlncRNAが翻訳されているかの検討に有用な手法ではあるが、ノイズによる偽陽性（non-coding RNAをcoding RNAと誤同定する）が問題であった。そこでわれわれは、翻訳プロファイリング法を用いてRibo-seqの偽陽性を劇的に減少させる手法を開発した。この手法を用いることにより、Ribo-seqの偽陽性を大幅に減少させ、正確なcoding/non-coding RNAの分類が可能となった。
昨年度は、翻訳プロファイリングによりさまざまなRNAの性質を解析する過程において、5’capを持たないRNA群を同定した。cap構造を持たないため、当初は翻訳されていない可能性が予想されたが、予想に反してリボソームとの強い相互作用が観察された。一方で、翻訳開始因子との相互作用は観察されなかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
翻訳プロファイリングによって、特殊なRNA群を同定することに成功した。これらRNAが翻訳されるかどうかは不明であるが、予想外の興味深い知見が得られてきている。
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| 今後の研究の推進方策 |
これまでの解析により、5’capを持たない特殊なRNA群を同定した。このRNA群はリボソームとは相互作用するが、翻訳開始因子とは相互作用していなかった。そこで、今後はこれらRNAが翻訳されるのかどうかの可能性について、さらに詳細に解析していく。
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