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多様な補因子によるp97の基質特異性制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21H02418
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関鳥取大学

研究代表者

佐藤 裕介  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (50568061)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2022年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2021年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
キーワードユビキチン / タンパク質分解 / タンパク質複合体 / クライオ電子顕微鏡 / ATPase / 構造予測 / AlphaFold / ユビキチン鎖
研究開始時の研究の概要

p97は補因子と共にはたらき、主にユビキチン鎖修飾を受けた基質をアンフォールディングすることでプロテアソーム分解へと導き、多様な細胞機能を制御する。p97が多様な役割を持つのは、ユビキチン鎖修飾の様式が多様である事に加え、p97が約30種類の補因子依存的に基質特異性を獲得しているためである。しかし、ほとんどの補因子についてはp97の基質特異性の決定機構は不明である。本研究では多様な補因子によるp97制御機構を解明するため、生化学的な実験とクライオ電子顕微鏡単粒子解析により、多様な補因子によるp97の基質特異性制御機構を明らかにする。

研究成果の概要

細胞内で分解処理が必要なタンパク質には「ユビキチン鎖」という分子の目印が付加される。ユビキチン鎖が付いたタンパク質はp97という酵素によって解きほぐされた後、「プロテアソーム」と呼ばれる分解酵素複合体によって分解される。本研究では、p97の活性を高める3つの補因子(FAF1、FAF2、UBXD7)を発見した。クライオ電子顕微鏡による構造解析では補因子の構造は観察できなかったが、AIによる構造予測や生化学実験により、これら補因子がp97の活性を高める仕組みの一端を明らかにした。本成果は2025年度中に論文投稿を予定している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞が健康を保つためには、不要なタンパク質を適切なタイミングで分解することが大切で、これがうまくいかないとアルツハイマー病やがんなどの様々な病気の原因となる。そのため、タンパク質分解がどのようにコントロールされているかを調べることは、病気の原因や新しい治療法を考えるうえで重要である。本研究では、タンパク質分解の最初の過程で、タンパク質をほどく役割をもつp97という分子に注目し、AIを使った構造予測や実験を通じて、p97の働きを助ける分子がどのように作用するかを明らかにした。この成果は、細胞の中でタンパク質分解がどう制御されているかの理解や、関連する病気の原因解明に役立つと考えられる。

報告書

(4件)
  • 2024 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2025 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Combinatorial ubiquitin code degrades deubiquitylation-protected substrates2025

    • 著者名/発表者名
      Morita Mai、Takao Miyu、Tokuhisa Honoka、Chiba Ryotaro、Tomomatsu Shota、Akizuki Yoshino、Tomita Takuya、Endo Akinori、Saeki Yasushi、Sato Yusuke、Ohtake Fumiaki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 16 号: 1 ページ: 2496-2496

    • DOI

      10.1038/s41467-025-57873-9

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical Diversification of Enzymatically Assembled Polyubiquitin Chains to Decipher the Ubiquitin Codes Programmed on the Branch Structure2024

    • 著者名/発表者名
      Furuhata Takafumi、Choi Bumkyu、Uno Taiki、Shinohara Ryota、Sato Yusuke、Okatsu Kei、Fukai Shuya、Okamoto Akimitsu
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: Online ahead of print ページ: 28538-28552

    • DOI

      10.1021/jacs.4c11279

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A strategy for orthogonal deubiquitination using a bump-and-hole approach2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Takumi、Utsugi Yuki、Yamanaka Satoshi、Takahashi Hirotaka、Sato Yusuke、Sawasaki Tatsuya、Miyamae Yusaku
    • 雑誌名

      RSC Chemical Biology

      巻: 4 号: 11 ページ: 879-883

    • DOI

      10.1039/d3cb00095h

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Involvement of heterologous ubiquitination including linear ubiquitination in Alzheimer’s disease and amyotrophic lateral sclerosis2023

    • 著者名/発表者名
      Sato Yusuke、Terawaki Seigo、Oikawa Daisuke、Shimizu Kouhei、Okina Yoshinori、Ito Hidefumi、Tokunaga Fuminori
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 10 ページ: 1089213-1089213

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1089213

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ユビキチンコードの構造生物学2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤 裕介
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 94 号: 1 ページ: 67-77

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2022.940067

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2022-02-25
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spinocerebellar ataxia type 17-digenic TBP/STUB1 disease: neuropathologic features of an autopsied patient2022

    • 著者名/発表者名
      Saito Rie、Tada Yui、Oikawa Daisuke、Sato Yusuke、Seto Makiko、Satoh Akira、Kume Kodai、Ueki Nozomi、Nakashima Masahiro、Hayashi Shintaro、Toyoshima Yasuko、Tokunaga Fuminori、Kawakami Hideshi、Kakita Akiyoshi
    • 雑誌名

      Acta Neuropathologica Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 177-177

    • DOI

      10.1186/s40478-022-01486-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification and molecular analysis of <i>RNF31</i> Q622H germline polymorphism2022

    • 著者名/発表者名
      Nakazawa Seshiru、Mamiya Ryo、Kawabata?Iwakawa Reika、Oikawa Daisuke、Kaira Kyoichi、Tokunaga Fuminori、Nobusawa Sumihito、Sato Yusuke、Sasaki Atsushi、Yajima Toshiki、Shirabe Ken
    • 雑誌名

      Oncology Letters

      巻: 24 号: 5 ページ: 394-394

    • DOI

      10.3892/ol.2022.13514

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for the linkage specificity of ubiquitin-binding domain and deubiquitinase2022

    • 著者名/発表者名
      Sato Yusuke
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 172 号: 1 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1093/jb/mvac031

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for specific recognition of K6-linked polyubiquitin chains by the TAB2 NZF domain2021

    • 著者名/発表者名
      Li Yanjun、Okatsu Kei、Fukai Shuya、Sato Yusuke
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 120 号: 16 ページ: 3355-3362

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.06.037

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Toward elucidation of the mechanism of enhancement of VCP unfoldase activity by Ubx52024

    • 著者名/発表者名
      落合 陸斗
    • 学会等名
      第97回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of the VCP activation mechanism by the long helix domain of FAF12024

    • 著者名/発表者名
      宮内 駿希
    • 学会等名
      第97回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] FAF1 およびUBXD7 のp97 活性化ドメインの同定2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤 裕介
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Introduction of how to use AlphaFold22023

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介
    • 学会等名
      2024 International Joint Meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ミトコンドリアにおけるユビキチンコード形成と分解の構造基盤2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、尾勝圭、深井周也
    • 学会等名
      第63回日本生化学会 中国・四国支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RAD23B UBA2ドメインによるK48結合型ユビキチン鎖特異的認識機構2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、金澤豪、瓜島絢、角田海斗、日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      グリーン・サスティナブル・ケミストリー研究センター創立10周年記念シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for specific recognition of Lys48-linked polyubiquitin chains by the UBA2 domain of RAD23B2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato
    • 学会等名
      The International Symposium in Tokyo 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RAD23B UBA2ドメインによるK48結合型ユビキチン鎖特異的認識機構2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、金澤豪、瓜島絢、角田海斗、日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      第27回日本病態プロテアーゼ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] RAD23AによるK48鎖特異的認識機構の構造基盤2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、瓜島絢、角田海斗、日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ユビキチンシグナルの構造生物学 奨励賞受賞記念講演2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RAD23A UBAドメインによるK48結合型ユビキチン鎖特異的認識機構の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、瓜島絢、日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] AD23A-UBA2によるK48鎖特異的認識機構の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、瓜島絢、日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2026-01-16  

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