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病原菌ヘムトランスポーターの構造変化の追跡と基質輸送機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21H02421
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

杉本 宏  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 専任研究員 (90344043)

研究分担者 木村 哲就  神戸大学, 理学研究科, 准教授 (70506906)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2023年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2021年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワードクライオ電子顕微鏡 / ABCトランスポーター / ATP / 膜タンパク質 / ヘム / 構造解析 / X線結晶構造解析 / トランスポーター / 膜輸送
研究開始時の研究の概要

私たちヒトが食べ物から体内に吸収した鉄分は、各細胞へ運ばれて様々なタンパク質と結合して生理反応を触媒する。一方で病原菌は、宿主のヘモグロビンからヘムを奪い取り、病原菌の細胞膜で機能する「ヘムトランスポーター」によってヘムを細胞内へ取り込んでいる。そして細胞質でヘム分解酵素が鉄イオンをヘムから取り出すことで、菌の増殖に必要な機能に利用している。本研究では、生体エネルギーであるATPの加水分解の駆動力を利用して膜輸送を行うヘムトランスポーターの分子構造の変化を構造生物学や分光学の手法によって追跡し、ATP依存的なヘム輸送の仕組みの全容を原子レベルで解明する。

研究成果の概要

鉄は、すべての生物において生命維持に必須な微量金属元素である。病原性細菌が宿主(ヒト)に感染した際には、宿主血液ヘモグロビンからヘム(鉄ポルフィリン錯体)の形で鉄を奪い取り、増殖に必要な多くの重要な機能に活用している。本研究では病原菌がヘムを細胞内に取り込むときに機能しているATP駆動型のヘムトランスポーターを研究ターゲットとし、その作動原理を明らかにすることが目的である。クライオ電子顕微鏡を用いた解析によってヘムトランスポーターの多状態での構造決定に成功した結果、分子の中心を通る基質輸送チャネルに大きな構造変化が起こることが明らかとなり、新たなヘム輸送サイクルのメカニズムが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究はBurkholderia cenocepacia (セノセパシア菌)という日和見感染菌が持っているヘムトランスポーターを解析の対象としている。この細菌は指定難病である嚢胞生線維症という遺伝病患者の気管支や肺に感染しやすい細菌である。1990年代から多剤耐性菌の出現が臨床現場から報告されており、この患者はセノセパシア菌との戦いが大きな課題となっている。鉄の輸送や代謝に関わるタンパク質をターゲットとしたワクチン開発や治療薬の開発が試みられていることから、本研究で明らかにする構造情報は、創薬・医薬の基礎的な面で社会へ貢献する。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 6件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] University of Maryland(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from <i>Prochlorococcus</i>2024

    • 著者名/発表者名
      Bolton,Machelett.Stubbs,Axford,Caramello,Catapano,Mal,Rodrigues,Cordery,Tizzard,MacMillan,Engilberge,von Stetten,Tosha,Sugimoto,Worrall,Webb,Zubkov,Coles,Mathieu,Steiner,Murshudov,Schrader,Orville,Royant,Evans,Hough,Owen,Tews
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 121 号: 12 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1073/pnas.2308478121

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Heme‐Acquisition Protein Reconstructed with a Cobalt 5‐Oxaporphyrinium Cation and Its Growth‐Inhibition Activity Toward Multidrug‐Resistant Pseudomonas aeruginosa2022

    • 著者名/発表者名
      Takiguchi Asahi、Sakakibara Erika、Sugimoto Hiroshi、Shoji Osami、Shinokubo Hiroshi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 7 ページ: 202112456-202112456

    • DOI

      10.1002/anie.202112456

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein**2022

    • 著者名/発表者名
      Shisaka Yuma、Sakakibara Erika、Suzuki Kazuto、Stanfield Joshua Kyle、Onoda Hiroki、Ueda Garyo、Hatano Miu、Sugimoto Hiroshi、Shoji Osami
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: - 号: 14

    • DOI

      10.1002/cbic.202200095

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival2021

    • 著者名/発表者名
      Nishinaga Megumi、Sugimoto Hiroshi、Nishitani Yudai、Nagai Seina、Nagatoishi Satoru、Muraki Norifumi、Tosha Takehiko、Tsumoto Kouhei、Aono Shigetoshi、Shiro Yoshitsugu、Sawai Hitomi
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 4 号: 1 ページ: 467-467

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01987-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Dynamics of hydrogen atom revealed by ultra-high resolution structure of the heme acquisition protein2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      Time-Resolved Crystallography Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ABC 型ヘムトランスポーターの構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      片岡 万知華、阿部 綾萌、Chai Gopalasingam、Christoph Gerle、山本 雅貴、重松 秀樹、杉本 宏
    • 学会等名
      生命金属科学 夏の合宿セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた病原菌ヘムトランスポーターの構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      片岡万知華、阿部綾萌、Chai Gopalasingam、Christoph Gerle、城宜嗣、山本雅貴、重松秀樹、杉本宏
    • 学会等名
      第49回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた病原菌ヘムトランスポーターの構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      片岡万知華、阿部綾萌、Chai Gopalasingam、Christoph Gerle、山本雅貴、重松秀樹、杉本宏
    • 学会等名
      第2回生命金属科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡による病原菌由来ヘムトランスポーターの構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      片岡万知華、阿部綾萌、Chai Goparsingam, Christoph Gerle、城宜嗣、山本雅貴、重松秀樹、杉本宏
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 中性子・XFEL・シンクロトロン結晶学を駆使したヘムタンパク質の精密構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      杉本 宏
    • 学会等名
      第31回iBIX研究会 オンライン
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X-ray and Cryo-EM structures of bacterial heme ABC transporter BhuUV-T2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ABC トランスポーターBhuUV-Tのヘム輸送機構に関する時間分解分光測定2022

    • 著者名/発表者名
      原 明穂、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 二重スピンラベルESR分光法を用いたABCトランスポーターBhuUV-TのATP結合状態の解析2022

    • 著者名/発表者名
      仲 絢香、小堀 康博、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた病原菌ヘムトランスポーターの構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      片岡 万知華、阿部 綾萌、Chai Gopalasingam、Christoph Gerle、城 宜嗣、山本 雅貴、重松 秀樹、杉本 宏
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 病原菌ヘムABCトランスポーターのクライオ電子顕微鏡解析2022

    • 著者名/発表者名
      片岡 万知華、阿部 綾萌、Gopalashingam Chai、Gerle Christoph、城 宜嗣、山本 雅貴、重松 秀樹、杉本 宏
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ABC トランスポーターBhuUV-T におけるヘム輸送機構の分光学的解析2022

    • 著者名/発表者名
      原 明穂、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 二重スピンラベルESR 分光法を用いたABC トランスポーターBhuUV-Tの構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      仲 絢香、小堀 康博、鍔木 基成、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Conformational Changes in Heme ABC Transporter; BhuUV-T, Investigated by Double Spin-Label ESR Spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Ayaka Naka, Yasuhiro Kobori, Motonari Tsubaki, Yoshitsugu Shiro, Hiroshi Sugimoto, Tetsunari Kimura
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC-10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Kinetic Analysis of Allocrite Transport Mechanism by Spectroscopic Measurements in Heme ABC Transporter BhuUV-T2022

    • 著者名/発表者名
      Akiho Hara, Yoshitsugu Shiro, Hiroshi Sugimoto, Tetsunari Kimura
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC-10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 二重スピンラベル-ESR分光法によるABCトランスポーターの膜貫通ドメインのコンフォメーション変化2022

    • 著者名/発表者名
      仲 絢香、小堀 康博、鍔木 基成、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 時間分解分光測定を用いたABCトランスポーターBhuUV-Tにおけるヘム輸送機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      原 明穂、城 宜嗣、杉本 宏、木村 哲就
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] High-resolution structural analysis of the heme proteins using neutron and XFEL crystallography2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      The International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structure and dynamics of proteins involved in bacterial heme transport2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヘムABCトランスポーターの基質輸送機構に関する分光学的解析2021

    • 著者名/発表者名
      木村哲就, 浅田拓也, 仲絢香, 林沙, 城宜嗣, 杉本宏
    • 学会等名
      第47回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ナノディスク再構成型BhuUV-Tによる段階的な基質輸送の分光学的観察2021

    • 著者名/発表者名
      木村哲就, 浅田拓也, 林沙英, 鍔木基成, 城宜嗣, 杉本宏
    • 学会等名
      第21回蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural analyses of ABC transporters in nucleotide bound states investigated by CW-ESR spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      仲絢香、小堀康博、鍔木基成、城宜嗣、杉本宏、木村哲就
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ナノディスク再構成型BhuUV-Tによる段階的な基質輸送の分光学的観察2021

    • 著者名/発表者名
      木村哲就、浅田拓也、林沙英、鍔木基成、城宜嗣、杉本宏
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ヘムの毒性回避のための細胞内結晶の生成とX線粉末回析測定2021

    • 著者名/発表者名
      杉本 宏、西堀 英治、Rini H. Pek、Xiaojing Yuan、Iqbal Hamza
    • 学会等名
      2021年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] バクテリアのヘムトランスポーター(ヘムタンパク質の科学)2022

    • 著者名/発表者名
      杉本宏(監修:斎藤正男、青野重利、城宜嗣)
    • 総ページ数
      472
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437787
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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