| 研究課題/領域番号 |
21H02459
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2022年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2021年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
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| キーワード | プロテオフォーム / プロテオーム / スプライシング / 翻訳開始点 / プロテオリシス |
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| 研究開始時の研究の概要 |
プロテオフォームとは、RNAスプライシングやSNPs等のmRNAに由来するアイソフォームだけではなく、翻訳制御により様々な翻訳開始点や終始点をもつタンパク質、翻訳後に生じる内在性プロテオリシス産物や翻訳後修飾体も含めて多様なタンパク質一次配列の違いに基づく呼称である。本研究では、①プロテオフォームを大規模解析する技術を開発し、②プロテオフォームがもたらすプロテオーム多様性が、どのような制御を受けて形成されているか、その全体像「プロテオフォームランドスケープ」を明らかにする。これらは、本研究の次のステージで、細胞の機能や疾病との関連を調べるための基盤となる。
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| 研究成果の概要 |
タンパク質混合物から、消化・単離という2ステップでタンパク質N末端およびC末端ペプチドをそれぞれ単離するCHAMP法を開発した。CHAMP法を非小細胞性肺がん細胞株11種に適用し、試料選択的なプロテオフォームプロファイルを計測した。その結果、未報告例を含む3181のプロテオリシス産物の同定・定量に成功した。また、1122のペプチドがSwiss-Prot由来のタンパク質に含まれない、非典型タンパク質由来なものとして同定された。この1122の非典型タンパク質由来のペプチドについて詳細な解析を行った結果、多くのSNV含有ペプチド、スプライシングアイソフォーム、新規翻訳開始点候補が同定された。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
近年タンパク質をnon-coding RNAが多数報告されてきたが、このなかには非典型タンパク質として翻訳されているものがあることがリボソームプロファイリングから予測されてきたが、今回の結果よりその全貌の一旦が明らかとなった。また、翻訳後にプロテオリシスをうけて生じたプロテオフォームについてもプロテオーム規模で明らかにすることができた。今後これらの制御機構がより詳細にわかり、疾患特異的なプロテオフォームが明らかになれば、新たな創薬標的となる可能性もある。
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