| 研究課題/領域番号 |
21H02687
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分48040:医化学関連
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| 研究機関 | 京都府立医科大学 |
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研究代表者 |
田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
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| 研究分担者 |
池田 陽子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (00433243)
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
外園 千恵 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30216585)
森 和彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員教授 (40252001)
上野 盛夫 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40426531)
中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
吉井 健悟 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90388471)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2022年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2021年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
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| キーワード | 緑内障 / 発症リスク / GWAS / NGS / DNAアレイ / DNAチップ / 判別方法 / 分子標的 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
緑内障は点眼薬治療により視野欠損進行を抑制する介入が可能なため、介入を決断するための低侵襲な血液検査による発症リスク予測法開発が切望されているが、その実用化に最適なプラットフォームは不明である。また、既存薬と分子標的が異なる点眼薬の開発も切望されている。本研究では、成功した全ゲノム解析(GWAS)で同定した緑内障発症ゲノム予測マーカーバリアント候補群から実際に使用するバリアント群を確定するとともに、緑内障発症ゲノム予測のプラットフォームとして次世代シーケンサー(NGS)の利用に必要なステップの構築とその優位性と欠点の評価を行い、緑内障発症における分子機序を解明する。
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| 研究成果の概要 |
緑内障のゲノム検診法を実現と創薬の起点探索のために研究した。
第一に、ジェノタイプ取得プラットフォームを検討した。DNAチップ実験で、コールレート99%を閾値とした結果、2.2%の検体が脱落し、NGSでは、カバレージ数10を閾値としたところ、脱落した検体は0であったので、NGSが優れていることが判明した。第二にリスク判別方法としてアレルカウント法が優れていることが判明した。第三に、緑内障関連SNPの生化学的機能を解明するため、コンピュータ予測プログラムでタンパク質の立体構造を検討しシトクロムP450のCYP39A1遺伝子が同定された。酵素活性を測定して野生型に比べて優位に低い変異が同定された。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
緑内障は点眼薬治療により視野欠損進行を抑制する介入が可能なため、介入を決断するための低侵襲な血液検査による発症リスク予測法開発が切望されている。信頼性の高い緑内障のゲノム検診法を実現するためには、判別率の高いバリアントを厳選し、検診チップに搭載する精鋭バリアントの個数や組み合わせを詳細に検討することと、それを利用する判別方法、最適なジェのタイピングのプラットフォームが重要である。判別方法としてアレルカウント法が優位であること、プラットフォームとしてNGSが優位であると結果を得たことは前進である。SNPの生化学的酵素活性への影響まで突き止めた研究は稀有であり、学術的価値が高い。
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