| 研究課題/領域番号 |
21H02790
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
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| 研究機関 | 和歌山県立医科大学 |
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研究代表者 |
橋本 真一 和歌山県立医科大学, 先端医学研究所, 教授 (00313099)
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| 研究分担者 |
高村 禅 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (20290877)
藤渕 航 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60273512)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2022年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2021年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
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| キーワード | single cell / spatial transcriptome / microenvironment / cancer / Genome mutation / Single-cell / Spatial transcriptome / Cancer microenvironment / シングルセル / 組織空間情報 / 遺伝子発現 / Single Cell / 組織微小環境 / 時空間解析 / 組織 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
組織や細胞の複雑性/多様性を特徴付けるために最近、1細胞の解析手法が多く開発されている。しかしながら遺伝子発現解析の感度ならびに、1細胞中の複数の要素を簡単にかつ同時に測定できる状態には至っていない。また、位置情報をもった1細胞のデータが欠けている。本研究では、光分裂オリゴバーコードを使用し空間内にあるバーコードビーズを紐付けすることでこれらの問題点を解決する研究を提案する。
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| 研究成果の概要 |
本研究の目的は、光応答性人工核酸を使ったバーコードビーズを作製し、同一空間で紐付けされたキャプチャービーズを使用することにより、組織の位置情報を観察し、1細胞の遺伝子発現や変異などの複数の要素を測定可能とすることである。これまで、1細胞レベルでのゲノム中のKras，Tp53の幾つかの変異部位などの任意のDNAの一部が観察に成功した。一方、組織中の細胞の空間情報を維持して解析する為に行ってきた検討に関して、マウス脳組織や乳がん組織の細胞クラスターの情報を持ったまま、解析することにも成功した。現在、核酸をトラップしたビーズの位置情報の観察に一部成功しているが、さらなる検証が必要である。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究の目的は、光応答性人工核酸を使ったバーコードビーズを開発・作製し、同一空間で紐付けされたキャプチャービーズを使用することにより、1細胞の遺伝子発現や変異などの複数の要素を測定可能とすることである。本法は、組織での位置情報を持った1細胞情報の取得と細胞間の相互作用の関係を明らかでき、この研究はまさに革新的でありマーカー遺伝子の探索、創薬ターゲット、診断、治療法にとって非常に重要である。さらに、我々の開発する方法は、研究室，臨床サイドでも安価かつ簡単に使用できることを利点とする。
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