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遺伝子ネットワークを制御する分子の開発と細胞への応用

研究課題

研究課題/領域番号 21H04705
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関京都大学

研究代表者

杉山 弘  京都大学, 高等研究院, 研究員 (50183843)

研究分担者 板東 俊和  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20345284)
ナマシヴァヤム パンディアン  京都大学, 高等研究院, 講師 (20625446)
研究期間 (年度) 2021-04-05 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
42,120千円 (直接経費: 32,400千円、間接経費: 9,720千円)
2023年度: 13,000千円 (直接経費: 10,000千円、間接経費: 3,000千円)
2022年度: 13,780千円 (直接経費: 10,600千円、間接経費: 3,180千円)
2021年度: 15,340千円 (直接経費: 11,800千円、間接経費: 3,540千円)
キーワードケミカルバイオロジー / 生物有機化学 / 遺伝子発現制御 / ヌクレオソーム / DNAナノ構造体 / AFM解析 / ミトコンドリア / 遺伝子発現
研究開始時の研究の概要

細胞内でおこる生命現象は、生物学的な構成単位であるヌクレオソーム中のヒストンや核酸塩基の化学修飾よって誘導され、エピジェネティックに制御されている。遺伝子発現機構を分子レベルで解明することができれば、細胞の運命を自在にコントロールし、再生医療や基礎研究への応用が期待できる。本研究申請では、ヌクレオソームを中心とした遺伝子発現の機構を1分子レベルの可視化技術を確立し、我々の構築した「遺伝子スイッチ」の作用を評価する。これらの知見に基づき遺伝子ネットワークを制御するための新たな分子の開発と細胞への応用を目指す。

研究成果の概要

ヌクレオソームのネットワークを介した遺伝子発現機構を分子レベルで解明することができれば、生体機能分子研究への応用が期待できる。研究開発代表者は、ヌクレオソームを中心とした遺伝子発現の動態の可視化をDNAオリガミ-AFM測定技術によって実現した。さらに遺伝子発現ネットワークを制御するための機能分子として環状ポリアミド分子やクロラムブシルポリアミド分子を開発し、培養ヒトがん細胞やハンチントン発症マウスへの解析評価を行った。本研究遂行により得られた成果によって、ナノスケールでの分子配列化と一分子解析を活かした生命現象の解明に成功し、機能分子創成に関する技術基盤を確立したと考える。

研究成果の学術的意義や社会的意義

遺伝子発現はヌクレオソーム中のヒストンや核酸塩基の化学修飾よって制御され、ヌクレオソーム間の距離や配向によってクロマチンの高次構造が形成される。分子レベルの解像度のクロマチン構造の動態や反応機構の詳細は解明されておらず、研究代表者らが分子科学の立場からナノスケールでの遺伝子発現機構の解明と機能分子による制御技術の開拓を行ったことに、学術的な意義があると考える。本研究で得られた遺伝子発現制御技術に関する知見は、大学研究機関や企業へ広がっており、核酸領域研究に関連する新概念の創出や将来的な医薬品分野への発展の可能性が見込まれている。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (29件) (うち国際共著 9件、 査読あり 29件、 オープンアクセス 19件)

  • [雑誌論文] Nucleic acid‐based small molecules as targeted transcription therapeutics for immunoregulation2023

    • 著者名/発表者名
      Bai Dan、Ziadlou Reihane、Vaijayanthi Thangavel、Karthikeyan Subramani、Chinnathambi Shanmugavel、Parthasarathy Anutthaman、Cai Li、Br?ggen Marie‐Charlotte、Sugiyama Hiroshi、Pandian Ganesh N.
    • 雑誌名

      Allergy

      巻: 79 号: 4 ページ: 843-860

    • DOI

      10.1111/all.15959

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A cyclic pyrrole-imidazole polyamide reduces pathogenic RNA in CAG/CTG triplet repeat neurological disease models2023

    • 著者名/発表者名
      Ikenoshita Susumu、Matsuo Kazuya、Yabuki Yasushi、Kawakubo Kosuke、Asamitsu Sefan、Hori Karin、Usuki Shingo、Hirose Yuki、Bando Toshikazu、Araki Kimi、Ueda Mitsuharu、Sugiyama Hiroshi、Shioda Norifumi
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Investigation

      巻: 133 号: 22

    • DOI

      10.1172/jci164792

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Expansion of Catalytic RNA Nanostructures through Oligomerization of a Cyclic Trimer of Engineered Ribozymes2023

    • 著者名/発表者名
      Siddika Mst. Ayesha、Oi Hiroki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 28 号: 18 ページ: 6465-6465

    • DOI

      10.3390/molecules28186465

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Isothermal self-assembly of multicomponent and evolutive DNA nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Rossi-Gendron Caroline、El Fakih Farah、Bourdon Laura、Nakazawa Koyomi、Finkel Julie、Triomphe Nicolas、Chocron Lea、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Bellot Ga?tan、Morel Mathieu、Rudiuk Sergii、Baigl Damien
    • 雑誌名

      Nature Nanotechnology

      巻: 18 号: 11 ページ: 1311-1318

    • DOI

      10.1038/s41565-023-01468-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pyrrole Imidazole Polyamides A Frontrunner in Nucleic Acid‐Based Small Molecule Drugs2023

    • 著者名/発表者名
      Vaijayanthi Thangavel、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Advanced Therapeutics

      巻: - 号: 7 ページ: 2300022-2300022

    • DOI

      10.1002/adtp.202300022

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Corrigendum to “Chlorambucil-conjugated PI-polyamide (Chb-M’), a transcription inhibitor of the RUNX family, has anti-tumor activity against SHH-type medulloblastoma with p53 mutation” [Biochem. Biophys. Res. Commun. 620 (10 September 2022) 150?157]2023

    • 著者名/発表者名
      Matsui Yasuzumi、Mineharu Yohei、Noguchi Yuki、Hattori Etsuko Yamamoto、Kubota Hirohito、Hirata Masahiro、Miyamoto Susumu、Sugiyama Hiroshi、Arakawa Yoshiki、Kamikubo Yasuhiko
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 656 ページ: 146-147

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.03.022

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two-Dimensional DNA Origami Lattices Assembled on Lipid Bilayer Membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2639 ページ: 83-90

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3028-0_5

    • ISBN
      9781071630273, 9781071630280
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Visualization of B-Z Transition in DNA Origami Using High-Speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2651 ページ: 241-250

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3084-6_17

    • ISBN
      9781071630839, 9781071630846
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substitution to hydrophobic linker and formation of host-guest complex enhanced the effect of synthetic transcription factor made of pyrrole-imidazole polyamide.2023

    • 著者名/発表者名
      Junnosuke Hatanaka and Kaori Hashiya and Toshikazu Bando and Hiroshi Sugiyama
    • 雑誌名

      Bioorganic & medicinal chemistry

      巻: 81 ページ: 117208-117208

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2023.117208

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] RNA G-quadruplex organizes stress granule assembly through DNAPTP6 in neurons2023

    • 著者名/発表者名
      Asamitsu Sefan、Yabuki Yasushi、Matsuo Kazuya、Kawasaki Moe、Hirose Yuki、Kashiwazaki Gengo、Chandran Anandhakumar、Bando Toshikazu、Wang Dan Ohtan、Sugiyama Hiroshi、Shioda Norifumi
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 号: 8

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade2035

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Photocontrolled DNA nanotubes as stiffness tunable matrices for controlling cellular behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 15 号: 6 ページ: 2904-2910

    • DOI

      10.1039/d2nr05202d

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RUNX1-Survivin Axis Is a Novel Therapeutic Target for Malignant Rhabdoid Tumors2022

    • 著者名/発表者名
      Mikami Masamitsu、Masuda Tatsuya、Kanatani Takuya、Noura Mina、Umeda Katsutsugu、Hiramatsu Hidefumi、Kubota Hirohito、Daifu Tomoo、Iwai Atsushi、Hattori Etsuko Yamamoto、Furuichi Kana、Takasaki Saho、Tanaka Sunao、Matsui Yasuzumi、Matsuo Hidemasa、Hirata Masahiro、Kataoka Tatsuki R. et al.
    • 雑誌名

      Molecules and Cells

      巻: 45 号: 12 ページ: 886-895

    • DOI

      10.14348/molcells.2022.2031

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Twelve Colors of Streptavidin-Fluorescent Proteins (SA-FPs): A Versatile Tool to Visualize Genetic Information in Single-Molecule DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Jin Yu、Bae Jaeyoung、Kim Tehee Yurie、Hwang Hyeseung、Kim Taesoo、Yu Myungheon、Oh Hyesoo、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi、Jo Kyubong
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 号: 48 ページ: 16927-16935

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c04344

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Catalytic RNA Oligomers Formed by Co-Oligomerization of a Pair of Bimolecular RNase P Ribozymes2022

    • 著者名/発表者名
      Siddika Mst. Ayesha、Yamada Takahiro、Aoyama Risako、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 23 ページ: 8298-8298

    • DOI

      10.3390/molecules27238298

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Author Correction: A RUNX-targeted gene switch-off approach modulates the BIRC5/PIF1-p21 pathway and reduces glioblastoma growth in mice2022

    • 著者名/発表者名
      Hattori Etsuko Yamamoto、Masuda Tatsuya、Mineharu Yohei、Mikami Masamitsu、Terada Yukinori、Matsui Yasuzumi、Kubota Hirohito、Matsuo Hidemasa、Hirata Masahiro、Kataoka Tatsuki R.、Nakahata Tatsutoshi、Ikeda Shuji、Miyamoto Susumu、Sugiyama Hiroshi、Arakawa Yoshiki、Kamikubo Yasuhiko
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 1021-1021

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04006-3

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Zeptoliter DNA Origami Reactor to Reveal Cosolute Effects on Nanoconfined G-Quadruplexes2022

    • 著者名/発表者名
      Pandey Shankar、Jonchhe Sagun、Mishra Shubham、Emura Tomoko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 37 ページ: 8692-8698

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c02253

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Chlorambucil-conjugated PI-polyamides (Chb-M’), a transcription inhibitor of RUNX family, has an anti-tumor activity against SHH-type medulloblastoma with p53 mutation2022

    • 著者名/発表者名
      Matsui Yasuzumi、Mineharu Yohei、Noguchi Yuki、Hattori Etsuko Yamamoto、Kubota Hirohito、Hirata Masahiro、Miyamoto Susumu、Sugiyama Hiroshi、Arakawa Yoshiki、Kamikubo Yasuhiko
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 620 ページ: 150-157

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.06.090

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A RUNX-targeted gene switch-off approach modulates the BIRC5/PIF1-p21 pathway and reduces glioblastoma growth in mice2022

    • 著者名/発表者名
      Hattori Etsuko Yamamoto、Masuda Tatsuya、Mineharu Yohei、Mikami Masamitsu、Terada Yukinori、Matsui Yasuzumi、Kubota Hirohito、Matsuo Hidemasa、Hirata Masahiro、Kataoka Tatsuki R.、Nakahata Tatsutoshi、Ikeda Shuji、Miyamoto Susumu、Sugiyama Hiroshi、Arakawa Yoshiki、Kamikubo Yasuhiko
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 939-939

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03917-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] N-terminal Cationic Modification of Linear Pyrrole-Imidazole Polyamide Improves Its Binding to DNA.2022

    • 著者名/発表者名
      Junnosuke Hatanaka and Yuki Hirose and Kaori Hashiya and Toshikazu Bando and Hiroshi Sugiyama
    • 雑誌名

      Chembiochem : a European journal of chemical biology

      巻: 23 号: 14

    • DOI

      10.1002/cbic.202200124

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA-Based Daisy Chain Rotaxane Nanocomposite Hydrogels as Dual-Programmable Dynamic Scaffolds for Stem Cell Adhesion2022

    • 著者名/発表者名
      Yao Shengtao、Chang Yongyun、Zhai Zanjing、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Zhu Weiping、Xu Yufang、Yang Yangyang、Qian Xuhong
    • 雑誌名

      ACS Applied Materials & Interfaces

      巻: 14 号: 18 ページ: 20739-20748

    • DOI

      10.1021/acsami.2c03265

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An informatics approach to distinguish RNA modifications in nanopore direct RNA sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Ramasamy Soundhar、Mishra Shubham、Sharma Surbhi、Parimalam Sangamithirai Subramanian、Vaijayanthi Thangavel、Fujita Yoto、Kovi Basavaraj、Sugiyama Hiroshi、Pandian Ganesh N.
    • 雑誌名

      Genomics

      巻: - 号: 3 ページ: 110372-110372

    • DOI

      10.1016/j.ygeno.2022.110372

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Targeted elimination of mutated mitochondrial DNA by a multi-functional conjugate capable of sequence-specific adenine alkylation2022

    • 著者名/発表者名
      Hidaka Takuya、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 29 号: 4 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.08.003

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Targeted epigenetic induction of mitochondrial biogenesis enhances antitumor immunity in mouse model2022

    • 著者名/発表者名
      Malinee Madhu、Pandian Ganesh Namasivayam、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 29 号: 3 ページ: 463-475.e6

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.08.001

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dissection of nanoconfinement and proximity effects on the binding events in DNA origami nanocavity2022

    • 著者名/発表者名
      Jonchhe Sagun、Pandey Shankar、Beneze Christian、Emura Tomoko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 号: 2 ページ: 697-703

    • DOI

      10.1093/nar/gkab1298

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Strong and Specific Recognition of CAG/CTG Repeat DNA (5’‐dWGCWGCW‐3’) by a Cyclic Pyrrole‐Imidazole Polyamide2021

    • 著者名/発表者名
      Hirose Yuki、Ohno Tomo、Asamitsu Sefan、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 23 号: 2

    • DOI

      10.1002/cbic.202100533

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Photo-Controllable Phase Transition of Arylazopyrazole-Conjugated Oligonucleotides2021

    • 著者名/発表者名
      Hidaka Takuya、Wee Wen Ann、Yum Ji Hye、Sugiyama Hiroshi、Park Soyoung
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chemistry

      巻: 32 号: 10 ページ: 2129-2133

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00302

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non‐invasive Regulation of Cellular Morphology Using a Photoswitchable Mechanical DNA Polymer2021

    • 著者名/発表者名
      Sethi Soumya、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 37 ページ: 20342-20349

    • DOI

      10.1002/anie.202105425

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HBD1 protein with a tandem repeat of two HMG-box domains is a DNA clip to organize chloroplast nucleoids in <i>Chlamydomonas reinhardtii</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Takusagawa Mari、Kobayashi Yusuke、Fukao Yoichiro、Hidaka Kumi、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Hamaji Takashi、Kato Yoshinobu、Miyakawa Isamu、Misumi Osami、Shikanai Toshiharu、Nishimura Yoshiki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 号: 20 ページ: 463-475

    • DOI

      10.1073/pnas.2021053118

    • NAID

      120007035840

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Application of DNA‐Alkylating Pyrrole‐Imidazole Polyamides for Cancer Treatment2021

    • 著者名/発表者名
      Maeda Rina、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 号: 9 ページ: 1538-1545

    • DOI

      10.1002/cbic.202000752

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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