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リボソーム翻訳後修飾ペプチド天然物の構造多様性拡張

研究課題

研究課題/領域番号 21H04712
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分38:農芸化学およびその関連分野
研究機関学習院大学 (2023-2024)
東京大学 (2021-2022)

研究代表者

尾仲 宏康  学習院大学, 理学部, 教授 (80315829)

研究期間 (年度) 2021-04-05 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
42,250千円 (直接経費: 32,500千円、間接経費: 9,750千円)
2024年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2023年度: 9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2022年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2021年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
キーワード放線菌 / RiPPs / 生合成 / 中分子創薬 / 天然物創薬 / ペプチド / peptide / biosynthesis / microbiology / ribosome synthesis / post-translational / 天然物 / ペプチド系抗生物質 / 微生物
研究開始時の研究の概要

新薬創製に利用できる中分子天然物として、我々はリボゾーム翻訳後修飾ペプチド(RiPPs)に注目している。RiPPsは数十のアミノ酸が連結したペプチド化合物であり、アミノ酸配列の組み合わせとアミノ酸側鎖の翻訳後修飾により、極めて多様な構造バリエーションを取ることが可能である。本研究では、我々自ら発見したラクタゾール(LZ)、ゴードスポリン(GS)、ゴードビオニン(GV)を母核として、既存の天然物の構造多様性を凌駕する人工非天然型RiPPsを合成生物学的に創製し、医薬品リード化合物へとつなげる。

研究実績の概要

創薬における構造プラットフォームとして非常に有望な中分子天然物であるリボソ ーム翻訳後修飾ペプチド(RiPPs)は、アミノ酸配列の組み合わせとアミノ酸側鎖の翻訳後 修飾により、極めて多様な構造バリエーションを取ることが可能である。RiPPsの更なる有 効活用のためには、様々な化学構造のRiPPsを自由自在に創製できる技術が必要である。本 研究では申請者自ら発見したラクタゾール(LZ)、ゴードスポリン(GS)、ゴードビオニン (GV)を母核として、これまでに開発した世界初の「遺伝子情報からの完全なin vitro再構成生 合成系」等を用いて、既存の天然物の構造多様性を凌駕する人工非天然型RiPPsを創製し、 医薬品リード化合物へとつなげることを目的とする。具体的には、(1)迅速簡便なRiPPs合成法であるGS, LZ生合成再構成系を用いた細胞膜透過型RiPPsの創製。(2)ゲノムマイニ ングによる新たなGV様RiPP-ポリケタイドハイブリッド天然物群の発掘。(3)LZ, GS, GV生合成酵素の立体構造解明と反応機構、基質認識機構の解明。の3点を通して、RiPPs生 合成に関する知見を深め、RiPPsをベースとした物作りの基盤を確立する。
(1)に関しては、GS及び新たに発見したラッソペプチドに属するRiPPの細胞膜透過性を改善する事を目指した。それぞれの化合物にポリリジンを付加することにより、膜透過性をあげることを目指し、各化合物にポリリジン化に必要なリジン残基の導入を行った。(2)に関してはソラビオマイシンを発見し、生合成遺伝子を同定し、その生理活性も明らかにした。(3)に関しては結晶化を進めているが、現時点では有望な結晶を得ることが出来ていない。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

3つの課題のうち、(1)迅速簡便なRiPPs合成法であるGS, LZ生合成再構成系を用いた細胞膜透過型RiPPsの創製を重点的に行っており、細胞膜透過型RiPPsへの改変は順調に進んでいるため。

今後の研究の推進方策

(1)迅速簡便なRiPPs合成法であるGS, LZ生合成再構成系を用いた細胞膜透過型RiPPsの創製については、引き続きリジン残基を導入したRiPPs類縁体の創製を行う。
(2)ゲノムマイニ ングによる新たなGV様RiPP-ポリケタイドハイブリッド天然物群の発掘に関しては新たに発見したソラビオマイシンの生合成経路及び、生理活性についての知見を得るための実験を行う。(3)LZ, GS, GV生合成酵素の立体構造解明と反応機構、基質認識機構の解明に関しては、引き続き結晶構造解析を行う。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] SolS-catalyzed sulfoxidation of labionin to solabionin drives antibacterial activity of solabiomycins2023

    • 著者名/発表者名
      Ijichi Shinta、Hoshino Shotaro、Asamizu Shumpei、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 89 ページ: 129323-129323

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2023.129323

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stable Isotope-Guided Metabolomics Reveals Polar-Functionalized Fatty-Acylated RiPPs from <i>Streptomyces</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Asamizu Shumpei、Ijichi Shinta、Hoshino Shotaro、Jo Hansaem、Takahashi Hidenori、Itoh Yuko、Matsumoto Sohkichi、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 17 号: 10 ページ: 2936-2944

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00601

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate Models of Substrate Preferences of Post-Translational Modification Enzymes from a Combination of mRNA Display and Deep Learning2022

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Chang Jun Shi、Onaka Hiroyasu、Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      ACS Central Science

      巻: 8 号: 6 ページ: 814-824

    • DOI

      10.1021/acscentsci.2c00223

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] De Novo Discovery of Thiopeptide Pseudo-natural Products Acting as Potent and Selective TNIK Kinase Inhibitors2022

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Zhang Yue、Hamada Keisuke、Chang Jun Shi、Okada Chikako、Nishimura Hirotaka、Terasaka Naohiro、Goto Yuki、Ogata Kazuhiro、Sengoku Toru、Onaka Hiroyasu、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 44 ページ: 20332-20341

    • DOI

      10.1021/jacs.2c07937

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] RiPPsアナログを用いた中分子創薬2024

    • 著者名/発表者名
      4.尾仲宏康
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unnatural thiopeptide design using RIPPs biosynthetic machinery2023

    • 著者名/発表者名
      H. Onaka.
    • 学会等名
      3rd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development.
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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