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細胞の不均一性から読み解く空間情報コードの解析

研究課題

研究課題/領域番号 21H04759
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

黒田 真也  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (50273850)

研究期間 (年度) 2021-04-05 – 2024-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
43,030千円 (直接経費: 33,100千円、間接経費: 9,930千円)
2023年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2022年度: 12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円)
2021年度: 22,620千円 (直接経費: 17,400千円、間接経費: 5,220千円)
キーワードゾネーション / 1細胞 / 情報量 / トランスオミクス / 1細胞 / 細胞不均一性
研究開始時の研究の概要

本研究では、これまで別々に解析されてきた、I.1細胞レベルの情報コードと、II.空間的細胞間不均一性(ゾネーション)を組み合わせることにより、組織がゾネーションをどのように利用して情報を正確かつロバストに伝達しているのか、逆に空間情報的に細胞間の不均一性を最適に配置された結果がゾネーションであるかを明らかにする。

研究実績の概要

研究代表者らの1細胞レベルで情報理論の解析により、細胞間の不均一性は逆に情報として利用され組織の正確な応答制御を可能としていることが明らかとなった(1細胞レベルの情報コード)。一方、組織内では同じ細胞であっても局在に応じて異なった応答を示す(ゾネーション)。例えば、肝臓では、門脈から中心静脈へ至る順に空間的に3つの機能的ゾーンに区分けされ、門脈周囲ではグルコース合成が、中心静脈周囲では解糖系が主要な細胞応答である。本研究では、これまで別々に解析されてきた1細胞レベルの情報コードと、ゾネーションを組み合わせることにより、ゾネーションによる細胞間不均一性を利用した情報処理の最適性を明らかにする。
本年度は、トランスオミクスネットワークの入出力データセットとして、飢餓時の時系列データを取得した。このデータにより入力と出力のデータが取得できた。野生型マウスと肥満モデルマウス(ob/obマウス)について、自由摂食状態から飢餓処理を行い、0, 2, 4, 6, 8, 12, 16, 24時間後の肝臓をサンプリングした。サンプリングした肝臓から、メタボローム、リピドーム、プロテオーム、リン酸化プロテオーム、トランスクリプトームの計測を行った。その結果、飢餓時マウスのメタボロームは多彩な変動を示した。このような変化は他の階層でも計測されており、現在各階層のデータを説明する特徴量を抽出し、野生型と肥満モデルマウスではともにスケールフリーネットワークであった。しかし、時間制御については野生型では時間オーダーと時間パターンの相関が非常によく一致したが、肥満モデルマウスではそれが乱れていることが明らかとなった。今後、ゾネーションにおける発現レベルの違いだけでなく時間パターンの違いにも着目して解析を進めていく。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ゾネーションにおいては静的な発現パターンだけでなく動的な時間パターンも変動していることが明らかになる展開が得られたため。

今後の研究の推進方策

時間パターンがどのように空間パターンに変換されるかという視点から細胞不均一性の情報処理機能のなぞを明らかにしていく。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 6件、 招待講演 10件)

  • [雑誌論文] Trans-omic analysis reveals opposite metabolic dysregulation between feeding and fasting in liver associated with obesity.2024

    • 著者名/発表者名
      Bai Y, Morita K, Kokaji T, Hatano A, Ohno S, Egami R, Pan Y, Li D, Yugi K, Uematsu S, Inoue H, Inaba Y, Suzuki Y, Matsumoto M, Takahashi M, Izumi Y, Bamba T, Hirayama A, Soga T, Kuroda S*.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 27(3) 号: 3 ページ: 109121-109121

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.109121

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle2023

    • 著者名/発表者名
      Maehara H.、Kokaji T.、Hatano A.、Suzuki Y.、Matsumoto M.、Nakayama K. I.、Egami R.、Tsuchiya T.、Ozaki H.、Morita K.、Shirai M.、Li D.、Terakawa A.、Uematsu S.、Hironaka K.、Ohno S.、Kubota H.、Araki H.、Miura F.、Ito T.、Kuroda S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 19118-19118

    • DOI

      10.1038/s41598-023-46393-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DI/cle , a Measure Consisting of Insulin Sensitivity, Secretion, and Clearance, Catures Diabetic States2023

    • 著者名/発表者名
      3.Sugimoto, H., Hironaka, K., Yamada, T., Sakaguchi, K., Ogawa, W., and Kuroda, S.
    • 雑誌名

      The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism

      巻: 108(12) 号: 12 ページ: 3080-3089

    • DOI

      10.1210/clinem/dgad392

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Optogenetic decoding of Akt2-regulated metabolic signaling pathways in skeletal muscle cells using transomics analysis2023

    • 著者名/発表者名
      Kawamura Genki、Kokaji Toshiya、Kawata Kentaro、Sekine Yuka、Suzuki Yutaka、Soga Tomoyoshi、Ueda Yoshibumi、Endo Mizuki、Kuroda Shinya、Ozawa Takeaki
    • 雑誌名

      Science Signaling

      巻: 16 号: 773 ページ: 773-773

    • DOI

      10.1126/scisignal.abn0782

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Features extracted using tensor decomposition reflect the biological features of the temporal patterns of human blood multimodal metabolome2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Suguru、Karasawa Yasuaki、Hironaka Ken-ichi、Taguchi Y.-h.、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 18 号: 2 ページ: e0281594-e0281594

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0281594

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Trans-omics analysis of insulin action reveals a cell growth subnetwork which co-regulates anabolic processes2022

    • 著者名/発表者名
      Terakawa Akira、Hu Yanhui、Kokaji Toshiya、Yugi Katsuyuki、Morita Keigo、Ohno Satoshi、Pan Yifei、Bai Yunfan、Parkhitko Andrey A.、Ni Xiaochun、Asara John M.、Bulyk Martha L.、Perrimon Norbert、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 5 ページ: 104231-104231

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104231

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantitative metabolic fluxes regulated by trans-omic networks2022

    • 著者名/発表者名
      Ohno Satoshi、Uematsu Saori、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      Biochemical Journal

      巻: 479 号: 6 ページ: 787-804

    • DOI

      10.1042/bcj20210596

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multi-omics-based label-free metabolic flux inference reveals obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism2022

    • 著者名/発表者名
      Uematsu Saori、Ohno Satoshi、Tanaka Kaori Y.、Hatano Atsushi、Kokaji Toshiya、Ito Yuki、Kubota Hiroyuki、Hironaka Ken-ichi、Suzuki Yutaka、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I.、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 2 ページ: 103787-103787

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103787

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Transomic network analysis of glucose metabolism and its dysfunction associated with obesity2023

    • 著者名/発表者名
      Shinya Kuroda
    • 学会等名
      5th MHRC symposium at SIMS
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] トランスオミクスによる肝臓での糖応答システムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      東海糖尿病代謝連携懇話会学術講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トランスオミクスによる肝臓での糖応答システムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      第30回 日本遺伝子診療学会大会・第8回クリニカルバイオバンク学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Kinetic transomic analysis reveals time- and dose-dependent selective glucose metabolism for glucose homeostasis and energy conversion in the liver2023

    • 著者名/発表者名
      Yifei Pan , Atsushi Hatano , Satoshi Ohno , Keigo Morita , Toshiya Kokaji , Atsushi J. Nagano ,Akiyoshi Hirayama , Tomoyoshi Soga and Shinya Kuroda
    • 学会等名
      ICSB 2023(The 22nd International Conference on Systems Biology)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Trans-omic analysis reveals opposite metabolic dysregulation between feeding and fasting in liver associated with obesity2023

    • 著者名/発表者名
      Yunfan Bai, Keigo Morita, Toshiya Kokaji, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga and Shinya Kuroda
    • 学会等名
      ICSB 2023(The 22nd International Conference on Systems Biology)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Transomic network analysis of glucose metabolism and its dysfunction associated with obesity2022

    • 著者名/発表者名
      Shinya Kuroda
    • 学会等名
      The 21th International Conference on Systems Biology (ICSB) 2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The roles of inter- and intra-cellular variations in cellular information transfer2022

    • 著者名/発表者名
      Shinya Kuroda
    • 学会等名
      Workshop on Non-equilibrium Phenomena in Physics and Biology (NE-PB2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Systems Biology of Insulin Action2022

    • 著者名/発表者名
      Shinya Kuroda
    • 学会等名
      Biomedical Mathematics Online Colloquium
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ストラクチャオーム/ structurome オミクスワイドのタンパク質立体構造(ストラクチャオーム)に向けて Toward an omics-wide protein structure (structurome)2022

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 骨格筋のシステムバイオロジー:代謝トランスオミクスと情報誌論解析2022

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      第9回骨格筋生物学研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] インスリン作用のトランスオミクスネットワーク2021

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      第64回日本糖尿病学会年次学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トランスオミクスによる肝臓での糖応答システムの解析2021

    • 著者名/発表者名
      黒田 真也
    • 学会等名
      第94回日本内分泌学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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