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RNA結合タンパク質の病的相分離の統合的理解

研究課題

研究課題/領域番号 21H05042
研究種目

基盤研究(S)

配分区分補助金
審査区分 大区分H
研究機関京都大学

研究代表者

萩原 正敏  京都大学, 医学研究科, 教授 (10208423)

研究分担者 粟屋 智就  京都大学, 医学研究科, 准教授 (20589593)
武内 章英  愛媛大学, 医学系研究科, 教授 (90436618)
吉澤 拓也  立命館大学, 生命科学部, 講師 (50779056)
網代 将彦  京都大学, 医学研究科, 特定講師 (60761864)
研究期間 (年度) 2021-07-05 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2025年度)
配分額 *注記
189,280千円 (直接経費: 145,600千円、間接経費: 43,680千円)
2025年度: 36,790千円 (直接経費: 28,300千円、間接経費: 8,490千円)
2024年度: 36,790千円 (直接経費: 28,300千円、間接経費: 8,490千円)
2023年度: 36,790千円 (直接経費: 28,300千円、間接経費: 8,490千円)
2022年度: 36,790千円 (直接経費: 28,300千円、間接経費: 8,490千円)
2021年度: 42,120千円 (直接経費: 32,400千円、間接経費: 9,720千円)
キーワード病的液-液相分離 / SRタンパク質 / RNA ポリメラーゼII / 転写 / スプライシング / 病的液-液相分 / SRタンパク / RNA結合蚕白質 / 液-液相分離 / RNAプロセシング
研究開始時の研究の概要

本研究では、我々が開発してきた技術・化合物と、液-液相分離を細胞内で観察・介入するケミカルバイオロジーの新しい研究手法を駆使して、RNA結合タンパク質やRNA合成酵素のリン酸化依存的制御機構の新断面を開き、ウイルス感染、転移がん、遺伝病等に伴う遺伝子発現の異常について病的相分離という新しい観点から分子病態に新解釈を提起することを目指す。本研究によって、種々の疾患に対する創薬理論が根本的に変化する可能性がある。

研究実績の概要

液-液相分離は化学分野では古くから知られた現象であるが、特に近年、KHドメインやRRM(RNA recognition motif)とLCドメインの双方を有する複数のRNA結合タンパク質が濃度依存的に相転移を起こしてハイドロゲル上の分巣集合体を形成するなど、細胞内のRNP下流形成モデルが示され、RNAバイオロジーの新しい研究対象として注目されるようになった。
本研究では、我々が開発してきた技術・化合物と、液-液相分離を細胞内で観察・介入するケミカルバイオロジーの新しい研究手法を駆使して、新しい視点からSRタンパク質のリン酸化依存的スプライシング制御機構の新断面を開き、遺伝性疾患、ウイルス感染、がん等に伴う遺伝子発現の異常について病的相分離という新しい観点から分子病態に新解釈を提起することを目指す。近年勃興してきた液-液相分離による遺伝子発現制御機構の新解釈が、これらの疾患の分子病態をどこまで説明出来るのか、またその病的液-液相分離の是正が、新たな創薬理論となり得るのかという学術的「問い」に挑戦している。
RNA結合タンパク質のSRSF1とSFPQの液-液相分離状態をin vitro再構成系を構築することに成功し、SRSF1やSFPQの細胞内局在の液-液相分離による制御について検討した。その結果、SFPQを中心とする分子集合の異常が発達障害に関与している可能性を見出している。またハンチントンなどの遺伝病において、SRタンパク質などの病的液-液相分離がRNAスプライシング異常を惹起している可能性についても検討しており、病的な液-液相分離状態を正常化する化合物が治療薬となり得ると期待される。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

RNA結合タンパク質のSRSF1とSFPQの液-液相分離状態をin vitro再構成系を構築することに成功し、SRSF1やSFPQの細胞内局在の液-液相分離による制御について検討した。SFPQの液相分離構造は相互作用分子により流動性の高い構造を形成し、転写やRNAプロセシング制御分子を制御していることが想定され、その分子集合の異常が発達障害に関与している可能性を見出している。またハンチントンなどの遺伝病において、SRタンパク質などの病的液-液相分離がRNAスプライシング異常を惹起している可能性についても検討しており、病的な液-液相分離状態を正常化する化合物が治療薬となり得ると期待されるに至っている。

今後の研究の推進方策

精製SRSF1タンパク質を用いた液-液相分離のin vitro再構成系を構築することが出来たので、in vitroで観察された液-液相分離のリン酸化依存的制御機構が、in vivoでも重要な役割を果たしていることを実証し、その異常に起因する病態を改善する方策を見出すことが次の課題となる。SFPQの機能異常による液-液相分離構造の異常と、それよる転写・RNAプロセシング制御の変化を解析することで、正常な液-液相分離構造の生理機能の解明と、病的液相分離構造による細胞機能の異常を明らかにする予定で、転写・RNAプロセシングを制御するRNAPIIを含む流動性の高い液-液相分離構造内の分子複合体を免疫沈降と質量分析により網羅的に同定して、分子制御マシナリーを明らかにしてさらに転写・RNAプロセシングの新たな分子制御メカニズムの解明を行う。また、ハンチントン病の患者iPS細胞やトリプレットリピートRNAレポーター細胞を用いて解析し、我々の保有するリン酸化制御化合物がその核内構造へ与える影響と、治療薬としての開発可能性について検討する。

評価記号
中間評価所見 (区分)

A-: 研究領域の設定目的に照らして、概ね期待どおりの進展が認められるが、一部に遅れが認められる

報告書

(6件)
  • 2023 研究概要(中間評価) ( PDF )   中間評価(所見) ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 研究概要(採択時) ( PDF )   審査結果の所見 ( PDF )   実績報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 4件、 招待講演 13件) 図書 (2件) 産業財産権 (4件)

  • [雑誌論文] Application of the CDK9 inhibitor FIT-039 for the treatment of KSHV-associated malignancy2023

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Tetsunori、Ajiro Masahiko、Watanabe Akira、Matsushima Shingo、Ueda Keiji、Hagiwara Masatoshi
    • 雑誌名

      BMC Cancer

      巻: 23 号: 1 ページ: 20-23

    • DOI

      10.1186/s12885-023-10540-y

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Antagonist of sphingosine 1-phosphate receptor 3 reduces cold injury of rat donor hearts for transplantation.2023

    • 著者名/発表者名
      Eisho Kanemitsu, Xiangdong Zhao, Keiko Iwaisako, Asuka Inoue, Akihide Takeuchi, Shintaro Yagi, Hidetoshi Masumoto, Hiroaki Ohara, Motoyasu Hosokawa, Tomonari Awaya, Junken Aoki, Etsuro Hatano, Shinji Uemoto, Masatoshi Hagiwara
    • 雑誌名

      Translational research

      巻: 255 ページ: 26-36

    • DOI

      10.1016/j.trsl.2022.11.003

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical induction of splice-neoantigens attenuates tumor growth in a preclinical model of colorectal cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Matsushima Shingo、Ajiro Masahiko、Iida Kei、Chamoto Kenji、Honjo Tasuku、Hagiwara Masatoshi
    • 雑誌名

      Science Translational Medicine

      巻: 14 号: 673 ページ: 30-14

    • DOI

      10.1126/scitranslmed.abn6056

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism underlying liquid-to-solid phase transition in fused in sarcoma liquid droplets2022

    • 著者名/発表者名
      Li Shujie、Yoshizawa Takuya、Shiramasa Yutaro、Kanamaru Mako、Ide Fumika、Kitamura Keiji、Kashiwagi Norika、Sasahara Naoya、Kitazawa Soichiro、Kitahara Ryo
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 24 号: 32 ページ: 19346-19353

    • DOI

      10.1039/d2cp02171d

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] アカデミア創薬ナラティブ-魔法の弾丸を求めて-2022

    • 著者名/発表者名
      萩原 正敏
    • 学会等名
      第40回大阪大医療組織工学フォーラム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chemical induction of splice-neoantigens attenuates tumor growth2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Matsushima
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia Meeting RNA Biology, Awaji-Japan & Suzhou-China
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 魔法の弾丸を求めて(Search for the ”Magic Bullet")2022

    • 著者名/発表者名
      萩原 正敏
    • 学会等名
      第96回日本薬理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Splicing therapy with a CLK1-activator for cardiac Fabry disease, DYRK1A, related kinases and human disease conference2022

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Hagiwara
    • 学会等名
      DYRK1A, related kinases and human disease
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] オピオイドクライシスを救う新しい疼痛抑制薬2022

    • 著者名/発表者名
      萩原 正敏
    • 学会等名
      第142回日本薬理学会近畿部会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RNAスプライシング制御化合物から創薬へ2022

    • 著者名/発表者名
      萩原 正敏
    • 学会等名
      理化学研究所DMP創薬セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Splicing therapy for inherited diseases2022

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Hagiwara
    • 学会等名
      2022 Amgen Scholars Asia Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝性筋疾患に対する精密先制医療(Preemptive precision medicine for hereditary muscle diseases)2022

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Hagiwara
    • 学会等名
      第40回日本骨代謝学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによる遺伝病の個別化医療の実現2022

    • 著者名/発表者名
      萩原 正敏
    • 学会等名
      第49回日本毒性学会学術年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スプライスネオ抗原誘導化合物による抗腫瘍療法2022

    • 著者名/発表者名
      松島 慎吾
    • 学会等名
      日経バイオテク・プロフェッショナルセミナー:がんのスプライシング異常を標的とした創薬~がん免疫療法への新たな展開~
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 小さなことから世界を変えよう!京都大学発スタートアップ企業を育てるオリジナルメソッド」(A World Revolution from Small Things: Original Methods for Start-ups from Kyoto University)2021

    • 著者名/発表者名
      萩原正敏
    • 学会等名
      ウェブセミナー「京都大学からの提言」第5回
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 骨格筋の超長鎖遺伝子を制御する高次遺伝子発現ネットワーク制御機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      武内章英
    • 学会等名
      第7回日本筋学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スプライシングネオ抗原発現誘導剤による免疫チェックポイント療法の促進効果」(Boosted Tumor Immunogenicity by Splicing Modulation Potentiates the Response to Immune Checkpoint Therapy2021

    • 著者名/発表者名
      松島慎吾
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Future Forum- Looking towards the next decade of chemical biology2021

    • 著者名/発表者名
      萩原正敏
    • 学会等名
      International Chemical Biology Society 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Splicing therapy for inherited heart diseases2021

    • 著者名/発表者名
      萩原正敏
    • 学会等名
      BI × Scientific Hour 『Drug Discovery Beyond Borders: Intractable Diseases related to Muscle, Bone and Cartilage』
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 人工知能と化学的介入によるスプライシングコード解読から深部イントロンのVUS解明へ2021

    • 著者名/発表者名
      萩原正敏
    • 学会等名
      第48回日本毒性学会学術年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 実験医学増刊 セントラルドグマの新常識2022

    • 著者名/発表者名
      遺伝子発現におけるRNA 結合タンパク質の多彩な機能(総説)
    • 総ページ数
      264
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758104043
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [図書] 脳と発達2021

    • 著者名/発表者名
      粟屋智就
    • 総ページ数
      60
    • 出版者
      診断と治療者
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 含窒素複素環化合物2022

    • 発明者名
      萩原正敏 網代将彦 松島慎吾
    • 権利者名
      国立大学法人 京都大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-144961
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] キナゾリン誘導体2022

    • 発明者名
      萩原正敏 粟屋智就 網代将彦 五反田健徳
    • 権利者名
      国立大学法人 京都大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2022-178402
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] ブランチポイントを標的にしたアンチセンス核酸によるエクソン化配列の是正法2022

    • 発明者名
      萩原正敏 粟屋智就 大原寛明
    • 権利者名
      国立大学法人 京都大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2022-188542
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] スプライシング制御化合物による腫瘍免疫原性の向上2021

    • 発明者名
      萩原正敏 網代将彦 松島慎吾
    • 権利者名
      萩原正敏 網代将彦 松島慎吾
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-144961
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-07-08   更新日: 2025-06-20  

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