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非平衡下での生体膜の構造形成

研究課題

研究課題/領域番号 21K03481
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関東京大学

研究代表者

野口 博司  東京大学, 物性研究所, 准教授 (00514564)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード生物物理 / ソフトマター / 生体膜 / 曲率誘導タンパク質 / シミュレーション / 反応拡散波
研究開始時の研究の概要

非平衡下で生体膜がとる多様な形状変化、パターン形成について、主に数値シミュレーションを用いて研究する。曲率誘導タンパク質および、その制御因子の膜への吸着、アクチンなどタンパク質繊維の伸長と膜変形のカップリングなどによって、生体内で、生体膜は、非平衡の環境にある。これらの様々な非平衡条件下で、膜の構造やゆらぎがどのように変わるかについて研究する。それにより、生体膜の非平衡現象を多面的に探求し、系統的な理解を目指す。

研究成果の概要

本研究では理論、シミュレーションを用いて、曲率誘導タンパク質などによる生体膜の構造変化を研究した。
(1)膜曲率とのカップリングによる反応拡散波の変化と膜変形を明らかにした。(2)曲率誘導タンパク質吸着の平均場理論を構築し、吸着による相転移をいくつか見つけるとともに、BARタンパク質の異方的な曲げ弾性、自発曲率を実験との比較により見積った。(3)BAR タンパク質の天然変性領域による膜チューブ形成への影響を明らかにした。(4)曲率誘導タンパク質の膜両側への吸着によって、市松模様状やカゴメ格子状のドメイン構造が形成されることを見つけた。(5)脂質二重膜での超長鎖脂肪酸の構造を調べた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞内の生命活動における静的や動的な膜構造はタンパク質によって制御されている。これらのタンパク質の欠損は細胞小器官の構造異常や細胞機能不全につながり、その機能を理解することは非常に重要である。しかし、生体内は非平衡状態であり、その制御機構は多くのことがよく理解されていない。本研究では曲率誘導タンパク質がどのように生体膜と相互作用し、反応拡散波など動的構造を制御しているかについて重要な知見を明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] BarcelonaTech(スペイン)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Univ. Paris City(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] BarcelonaTech(スペイン)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] BarcelonaTech(スペイン)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Curvature sensing of curvature-inducing proteins with internal structure2024

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 109 号: 2

    • DOI

      10.1103/physreve.109.024403

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of anisotropic bending rigidities and spontaneous curvatures of crescent curvature-inducing proteins from tethered-vesicle experimental data2023

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi、Walani Nikhil、Arroyo Marino
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 19 号: 28 ページ: 5300-5310

    • DOI

      10.1039/d3sm00340j

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Membrane domain formation induced by binding/unbinding of curvature-inducing molecules on both membrane surfaces2023

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 19 号: 4 ページ: 679-688

    • DOI

      10.1039/d2sm01536f

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Disappearance, division, and route change of excitable reaction-diffusion waves in deformable membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-023-33376-9

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Binding of anisotropic curvature-inducing proteins onto membrane tubes2022

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi, C. Tozzi, and M. Arroyo
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 18 号: 17 ページ: 3384-3394

    • DOI

      10.1039/d2sm00274d

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Excitable reaction-diffusion waves of curvature-inducing proteins on deformable membrane tubes2022

    • 著者名/発表者名
      N. Tamemoto and H. Noguchi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 106 号: 2

    • DOI

      10.1103/physreve.106.024403

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Membrane shape deformation induced by curvature-inducing proteins consisting of chiral crescent binding and intrinsically disordered domains2022

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 157 号: 3

    • DOI

      10.1063/5.0098249

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] onformations of three types of ultra-long-chain fatty acids in multi-component lipid bilayers2022

    • 著者名/発表者名
      K. Kawaguchi, H. Nagao, H. Shindou, and H. Noguchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 45 ページ: 9316-9324

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c06189

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 曲率誘導タンパク質の反応拡散による生体膜のパターン形成2022

    • 著者名/発表者名
      野口博司,爲本尚樹
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 62 号: 6 ページ: 338-340

    • DOI

      10.2142/biophys.62.338

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nonequilibrium dynamics of a fluid vesicle: Turing patterns and traveling waves2022

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi and N. Tamemoto
    • 雑誌名

      J. Phys.: Conf. Ser.

      巻: 2207 号: 1 ページ: 012017-012017

    • DOI

      10.1088/1742-6596/2207/1/012017

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reaction-Diffusion Waves Coupled with Membrane Curvature2021

    • 著者名/発表者名
      N. Tamemoto and H. Noguchi
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 17 号: 27 ページ: 6589-6596

    • DOI

      10.1039/d1sm00540e

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Vesicle budding induced by binding of curvature-inducing proteins2021

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 104 号: 1

    • DOI

      10.1103/physreve.104.014410

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Binding of curvature-inducing proteins onto tethered vesicles2021

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 17 号: 46 ページ: 10469-10478

    • DOI

      10.1039/d1sm01360b

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] サイクリックポッツ模型における時空間パターン2024

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 2024 年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Reaction-diffusion dynamics coupled with membrane deformation2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      Mini symposium for self-organization of fluidic systems
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction-Diffusion Dynamics Coupled with Membrane Deformation2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction-diffusion dynamics in deformable membrane2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      The 7th International Soft Matter Conference (ISMC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 膜両面への曲率誘導分子の吸着による膜ドメイン形成2023

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 第78 回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 曲率誘導タンパク質の吸着による生体膜のパターン形成2023

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 16.0
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける自由エネル ギー計算手法の再重プロセスの高次内挿による改良2023

    • 著者名/発表者名
      冨山翔平, 樋口祐次, 野口博司
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 膜変形を伴う反応拡散波2023

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 曲率誘導タンパク質の反応拡散と膜変形2022

    • 著者名/発表者名
      野口博司,爲本尚樹
    • 学会等名
      第32回日本数理生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然変性領域を持つ曲率誘導タンパク質による膜変形2022

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 2022 年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Mean field theories of curvature sensing and generation of isotropic and anisotropic curvature-inducing proteins2022

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Non-Equilibrium Dynamics of Fluid Membranes2022

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 学会等名
      YITP workshop 25th Anniversary Symposium of German-Japanese Joint Research Project on Nonequilibrium Statistical Physics Perspectives for Future Collaboration
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 外力で引き伸ばされたベシクルにおける曲率誘導タンパク質の吸着平衡2022

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Calculation method of coefficients of bending energy and non-uniqueness of local stress field2021

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi
    • 学会等名
      KITP Program: The Physics of Elastic Films: from Biological Membranes to Extreme Mechanics (FILMS21)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Non-equilibrium dynamics of fluid membranes: traveling wave, Turing pattern, and membrane undulation2021

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi and N. Tamemoto
    • 学会等名
      XXXII IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 繊維成長により移動中の生体膜の非平衡ゆらぎ2021

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Deformation of tubular membranes with excitable reaction-diffusion waves of curvature-inducing proteins2021

    • 著者名/発表者名
      N. Tamemoto and H. Noguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第59回年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      https://noguchi.issp.u-tokyo.ac.jp

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      https://noguchi.issp.u-tokyo.ac.jp

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      https://noguchi.issp.u-tokyo.ac.jp

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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