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統計学的解析によるXFELバイオナノイメージングの深化

研究課題

研究課題/領域番号 21K03497
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関公益財団法人高輝度光科学研究センター

研究代表者

城地 保昌  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL利用研究推進室, 主幹研究員 (30360415)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードコヒーレント回折イメージング / X線レーザー / 生物物理 / 位相回復 / 実験データ解析 / ノイズ除去 / 統計学
研究開始時の研究の概要

X線自由電子レーザー(XFEL)を利用したコヒーレント回折イメージングは、生体ナノ粒子が機能を発現している状態の過渡的な瞬間構造を捉えるポテンシャルをもつ。その実現のためには、試料以外からの背景散乱、ノイズ、検出器の不感領域等が含まれる実験データから、確からしい試料の電子密度を再生するデータ解析法の開発と、その信頼度の定量化が希求される。本研究では、統計学的観点の工夫を取り入れることで、実験データに即したデータ解析手法開発を行い、XFELバイオナノイメージングの新展開を目指す。

研究成果の概要

生命現象を理解するには、構成要素である生体ナノ粒子が機能を発現している状態の過渡的な瞬間構造を捉えることが不可欠であり、超短パルスのXFELを利用したコヒーレント回折イメージング(CDI)は、そのポテンシャルをもつ。その実現のためには、試料以外からの背景散乱、検出ノイズ、検出器の不感領域等が含まれる実験データから確からしい試料の電子密度を再生する位相回復法の開発と、その信頼度の定量化が必要である。
本研究では、そのための手法を計画通り開発することができたが、実験データの背景散乱および検出ノイズが想定以上に深刻であることが分かった。ノイズ耐性の高い手法への高度化が今後の課題である。

研究成果の学術的意義や社会的意義

位相回復法は、コヒーレント回折パターン解析に必須のものであるが、試料以外からの背景散乱を系統的に扱う手法はこれまで存在しなかった。また、理想的な回折パターンではない実験データを扱う場合、再生された電子密度像の信頼性は本来部位特異的であるはずだが、これまでは部位に依存しない一つの指標のみで評価されてきた。本研究では、適用範囲に限界はあるものの、これらの問題に対応した新規手法を開拓することができた。さらなる実用化に向けて研究を進めたい。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] <i>Thermus thermophilus</i> polyploid cells directly imaged by X-ray laser diffraction2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Akihiro、Moriya Toshiyuki、Oshima Tairo、Yang Ying、Niida Yoshiya、Tono Kensuke、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、Joti Yasumasa、Nishino Yoshinori、Bessho Yoshitaka
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 69 号: 2 ページ: 125-130

    • DOI

      10.2323/jgam.2023.06.002

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Femtosecond X-ray Laser Reveals Intact Sea?Island Structures of Metastable Solid-State Electrolytes for Batteries2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Akihiro、Tanaka Hiromochi、Yamashige Hisao、Orikasa Yuki、Niida Yoshiya、Kimura Takashi、Tono Kensuke、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、Bessho Yoshitaka、Joti Yasumasa、Nishino Yoshinori
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 22 号: 11 ページ: 4603-4607

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.1c04392

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Three-dimensional structure determination of gold nanotriangles in solution using X-ray free-electron laser single-particle analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Miki、Miyashita Osamu、Joti Yasumasa、Suzuki Akihiro、Mitomo Hideyuki、Niida Yoshiya、Yang Ying、Yumoto Hirokatsu、Koyama Takahisa、Tono Kensuke、Ohashi Haruhiko、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、BESSHO YOSHITAKA、Ijiro Kuniharu、Nishino Yoshinori、Tama Florence
    • 雑誌名

      Optica

      巻: 9 号: 7 ページ: 776-784

    • DOI

      10.1364/optica.457352

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] High-fluence and high-gain multilayer focusing optics to enhance spatial resolution in femtosecond X-ray laser imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Yumoto Hirokatsu、Koyama Takahisa、Suzuki Akihiro、Joti Yasumasa、Niida Yoshiya、Tono Kensuke、Bessho Yoshitaka、Yabashi Makina、Nishino Yoshinori、Ohashi Haruhiko
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 5300-5300

    • DOI

      10.1038/s41467-022-33014-4

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Current status of SACLA Data Center and outlook of SPring-8 Data Center2023

    • 著者名/発表者名
      Joti Yasumasa、Hatsui Takaki
    • 学会等名
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr 2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] X線自由電子レーザーによる分子レベルイメージングの実現に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      城地保昌
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザー単粒子解析を使用した溶液中の金ナノ粒子の三次元構造決定2022

    • 著者名/発表者名
      中野 美紀、宮下 治、城地 保昌、鈴木 明大、西野 吉則、Florence Tama
    • 学会等名
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] X線自由電子レーザーによるソフトマテリアルの無損傷ナノイメージング2021

    • 著者名/発表者名
      西野 吉則、鈴木 明大、新井田 雅学、別所 義隆、城地 保昌
    • 学会等名
      第70回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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