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量子化学計算とシミュレーションを用いた柔軟な分子のビルドアップ機構の理論的解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K04806
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分28010:ナノ構造化学関連
研究機関東北大学

研究代表者

岸本 直樹  東北大学, 理学研究科, 准教授 (60302080)

研究分担者 三宅 亮介  お茶の水女子大学, 基幹研究院, 講師 (30509542)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード量子化学計算 / 反応経路探索 / 分子反応シミュレーション / 分子動力学計算 / 超分子錯体 / 架橋ネットワーク構造 / 熱硬化性樹脂 / 反応経路自動探索 / 超分子ナノ構造体 / ネットワーク構造 / 二水素錯体 / 生成初期過程 / 分子動力学
研究開始時の研究の概要

分子は集合して秩序構造を形成することでエントロピーを失うが、エントロピーロスを上回るエンタルピーの安定化を分子間力によって得てGibbs自由エネルギーの低下が起きているはずである。したがって分子集合系のポテンシャルエネルギー曲面を解析してエンタルピーの低い安定な構造を調査することで、超分子の最安定構造と異性体を決定することができる。超分子の形成過程で分子の自己集合が起こる理由は、「弱い結合力」が「多点」で起こることで繰り返し異性化を起こすためと考えられる。本研究では、弱い結合力を計算する第一原理計算を用いて量子力学が支配するナノレベルの構造体の形成メカニズムを明らかにする。

研究成果の概要

量子化学計算と分子動力学計算を組み合わせて、有機分子の化学反応における自己触媒効果を入れた分子反応シミュレーション法と、可逆反応過程を入れた多段階分子反応シミュレーション法の2つを開発して、柔軟な分子のビルドアップ機構の解明を図った。
また、溶液中で金属イオン原子と柔軟なペプチド分子の自己組織化によって巨大環状金属錯体が生成する過程で中心金属イオンが六座配位を形成するのに果たす役割や、反応初期のペプチド分子のコンフォメーション変化、カウンターアニオンを含んだ構造変形などについて、反応経路自動探索法を用いた量子化学計算によって検討し、巨大金属錯体のビルドアップ機構を研究した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

近年、軽くて強い炭素繊維強化プラスチックが航空機の機体などに用いられ、省エネルギーが図られているが、本研究では炭素繊維を固定する母材となる樹脂の生成過程のエネルギー関係を量子化学計算で明らかにし、得られたエネルギーを独自の分子反応シミュレーションに組み込むことで巨大な架橋ネットワーク構造を作成することが出来た。これによって樹脂の力学特性を実験と遜色ない精度でシミュレートすることが可能となり、開発コストの削減が可能になると考えられる。さらに、自己組織化過程によって生成する巨大金属錯体の反応過程についても量子化学計算で重要な知見を得ることが出来た。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 7件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 7件、 招待講演 3件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Development of cat-GRRM/MC/MD method for the simulation of cross-linked network structure formation with molecular autocatalysis2024

    • 著者名/発表者名
      Xi Yingxiao、Fukuzawa Hironobu、Fukunaga Shoji、Kikugawa Gota、Zhao Yinbo、Kawagoe Yoshiaki、Okabe Tomonaga、Kishimoto Naoki
    • 雑誌名

      Molecular Catalysis

      巻: 552 ページ: 113680-113680

    • DOI

      10.1016/j.mcat.2023.113680

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a multistep-GRRM/MC/MD simulation method for the formation of crosslinked network structures via multistep reversible reaction pathways2024

    • 著者名/発表者名
      Bai Yukun、Kikugawa Gota、Xi Yingxiao、Kishimoto Naoki
    • 雑誌名

      Polymer

      巻: 292 ページ: 126606-126606

    • DOI

      10.1016/j.polymer.2023.126606

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Chemical Calculations of Flexible Tripeptide-Ni(II) Ion-Mediated Supramolecular Fragments and Comparative Analysis of Tripeptide Complexes with Various Metal(II) Ions2023

    • 著者名/発表者名
      Zhang Dapeng、Kishimoto Naoki、Miyake Ryosuke
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 127 号: 46 ページ: 9733-9742

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.3c05277

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deciphering the Potential of Multidimensional Carbon Materials for Surface-Enhanced Raman Spectroscopy through Density Functional Theory2023

    • 著者名/発表者名
      Tang Xuke、Kishimoto Naoki、Kitahama Yasutaka、You Ting-Ting、Adachi Motoyasu、Shigeta Yasuteru、Tanaka Shigenori、Xiao Ting-Hui、Goda Keisuke
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 14 号: 45 ページ: 10208-10218

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.3c02962

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of Multistep-GRRM/MC/MD method for crosslinked network structure formation process via multi-step reversible reaction pathway2023

    • 著者名/発表者名
      白 玉焜, 岸本 直樹, Xi Yingxiao, 福永 翔士,福澤 宏宣, 菊川 豪太
    • 雑誌名

      第14回日本複合材料会議JCMM-14、Proceedings(前刷原稿)

      巻: -

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 量子化学計算と分子反応シミュレーションを組み合わせたマルチスケールモデリングによる熱硬化性フェノール樹脂の評価と解析2022

    • 著者名/発表者名
      岸本直樹,和泉廣樹,坂本純平,岡部朋永
    • 雑誌名

      日本複合材料学会誌

      巻: 48 ページ: 217-222

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bio-Raman non-negative matrix factorization: its practical methodology2022

    • 著者名/発表者名
      He, Jianhai; Abdel-Galeil, Mohamed; Nemoto, Mana; Kishimoto, Naoki; Morita, Shin-ichi
    • 雑誌名

      Applied Physics Express

      巻: 16 号: 2 ページ: 026502-026502

    • DOI

      10.35848/1882-0786/acb6ce

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Uncovering the Mechanism of Size Effect on the Thermomechanical Properties of Highly Cross-Linked Epoxy Resins2022

    • 著者名/発表者名
      Zhao Yinbo、Kikugawa Gota、Kawagoe Yoshiaki、Shirasu Keiichi、Kishimoto Naoki、Xi Yingxiao、Okabe Tomonaga
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 13 ページ: 2593-2607

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c10827

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Quantum chemical study on the temperature dependence of separation of molecular hydrogen and deuterium using dihydrogen complexes2024

    • 著者名/発表者名
      Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      13th International Conference on Chemistry and Chemical Process
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 量子・古典ハイブリッド反応シミュレーション法による熱硬化性樹脂の生成と特性の評価2024

    • 著者名/発表者名
      白 玉焜、岸本直樹、Xi Yingxiao、菊川豪太
    • 学会等名
      第15回日本複合材料会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Integration of Quantum Chemical Calculation and Molecular Dynamics Simulation: A Novel Approach for the Organometallic-Catalyzed Thermosetting Polymers2024

    • 著者名/発表者名
      白玉焜、岸本直樹、菊川豪太
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] GRRMとMDを用いた高分子材料の生成と特性の理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      岸本直樹
    • 学会等名
      IQCE講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子触媒効果を入れたCat-GRRM/MC/MD計算法による架橋ネットワーク高分子の生成と力学特性の研究2023

    • 著者名/発表者名
      岸本直樹、Xi Yingxiao、Bai Yukun、菊川豪太
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Quantum Chemical Investigation of Metal(II) Ion Coordination Configurations with Flexible Tripeptides2023

    • 著者名/発表者名
      Dapeng Zhang, Naoki Kishimoto, Ryosuke Miyake
    • 学会等名
      錯体化学会第73回討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Integrating Quantum Chemistry and Molecular Dynamics Simulation for Thermosetting Polymers: Thermophysical Properties and Curing Behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Yukun Bai, Naoki Kishimoto, Yingxiao Xi, Gota Kikugawa
    • 学会等名
      The 2nd Japan-China-Korea Joint Symposium on Composite Materials
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of a cat-GRRM/MC/MD method to study crosslinking processes and physical properties: Role of molecular catalysts2023

    • 著者名/発表者名
      Xi Yingxiao, Fukuzawa Hironobu、Kikugawa Gota、Kishimoto Naoki
    • 学会等名
      6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Quantum chemical analysis of circular dichroism spectra for cyclic metal complexes consist of chiral tripeptides2023

    • 著者名/発表者名
      Keyun Wang, Naoki Kishimoto, Atsuya Muranaka, Ryosuke Miyake
    • 学会等名
      ホストゲスト超分子化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Quantum chemical insight for the initial stage of Ni(II)-mediated self-assembly of a flexible tripeptide forming giant cyclic complexes2023

    • 著者名/発表者名
      Zhang Dapeng, Naoki Kishimoto, Ryosuke Miyake
    • 学会等名
      ホストゲスト超分子化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Advances in the Cat-GRRM/MC/MD method: A study on molecular catalysis effects in simulations of formation reaction of epoxy resin Cat-GRRM/MC/MD法の進展:エポキシ樹脂の生成反応シミュレーションにおける分子触媒効果の研究2023

    • 著者名/発表者名
      Xi Yingxiao、福澤 宏宣、福永 翔士、菊川 豪太、岸本 直樹
    • 学会等名
      分子科学討論会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Development of cat-GRRM/MC/MD method realizing the process of crosslinked network structure formation using molecular catalysts2023

    • 著者名/発表者名
      Yingxiao Xi, Hironobu Fukuzawa, Shoji Fukunaga, Gota Kikugawa, Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      第103回日本化学会春季年会(2023)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of Multistep-GRRM/MC/MD method for crosslinked network structure formation process via multi-step reversible reaction pathway2023

    • 著者名/発表者名
      白 玉焜、岸本 直樹、Xi Yingxiao;、福永 翔士、福澤 宏宣、菊川 豪太
    • 学会等名
      第14回日本複合材料会議JCMM-14
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantum chemical analysis of coordination stability of flexible tripeptides and nickel ions self-assembling to form macrocyclic supramolecules2023

    • 著者名/発表者名
      Dapeng Zhang、Naoki Kishimoto、Ryosuke Miyake
    • 学会等名
      第103回日本化学会春季年会(2023)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ペプチド錯体の環状金属イオン配列におけるキラリティ制御2023

    • 著者名/発表者名
      田中 頌子、王 珂云、岸本 直樹、三宅 亮介
    • 学会等名
      第103回日本化学会春季年会(2023)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Study on Cyclization Reaction Path of a Cyanate Resin by Quantum Chemical ab initio MO Calculations2022

    • 著者名/発表者名
      Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      US-JAPAN/EU-JAPAN Joint Conference on Composite Materials 2020
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 量子化学計算と反応シミュレーションによるシアネート分子の環化反応経路と樹脂モデルの研究2022

    • 著者名/発表者名
      岸本 直樹,白 玉焜,福澤 宏宣,Xi Yingxiao
    • 学会等名
      分子科学討論会2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] アミノ酸側鎖による環状金属イオン配列のキラリティ制御2022

    • 著者名/発表者名
      田中頌子、王珂云、岸本直樹、三宅亮介
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of crosslinking reaction process of network polymers by molecular dynamics simulation and quantum chemical calculation2022

    • 著者名/発表者名
      Yingxiao Xi, Hironobu Fukuzawa, Gota Kikugawa, and Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      19th ICFD(International Conference on Flow Dynamics)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 量子化学計算と分子動力学計算を使ったエポキシ樹脂の架橋ネットワーク構造生成過程における反応シミュレーションの開発2022

    • 著者名/発表者名
      岸本直樹, Xi Yingxiao, 福澤宏宣, 菊川豪太
    • 学会等名
      第36回 分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of Crosslinking Reaction Process of Network Polymers using Quantum Chemical Calculations and Its Application to Reaction Simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Yingxiao Xi, Hironobu Fukuzawa, Yinbo Zhao, Yoshiaki Kawagoe, Gota Kikugawa, Tomonaga Okabe, and Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      US-JAPAN/EU-JAPAN Joint Conference on Composite Materials 2020
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of a Reaction Simulation Method for the Generation Process of Crosslinked2022

    • 著者名/発表者名
      Yingxiao Xi, Hironobu Fukuzawa, Gota Kikugawa, and Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2022」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Study of cyclization reaction pathway of cyanate resin with catalysts by quantum chemical calculation2022

    • 著者名/発表者名
      Yukun Bai, Naoki Kishimoto, Hironobu Fukuzawa, and Yingxiao Xi
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2022」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] マンガン二水素錯体を用いた常温水素同位体(H2/D2)クロマトグラフィー分離2022

    • 著者名/発表者名
      山内 多聞, 内田 海路, 野呂 真一郎, 岸本 直樹, 坂本 良太, 高石 慎也
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 二水素錯体を用いた水素同位体(H2/D2)の常温分離法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      内田 海路, 岸本 直樹, 野呂 真一郎, 坂本 良太, 高石 慎也
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantum chemical analysis of the coordination stability between flexible tripeptides and nickel ions using the GRRM program2022

    • 著者名/発表者名
      Dapeng Zhang、Naoki Kishimoto、Ryosuke Miyake
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2022」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Mnの水素分子錯体吸脱着の温度依存性に関する量子化学計算2022

    • 著者名/発表者名
      Xue Hao、岸本直樹、高石慎也
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2022」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 量子化学計算による巨大環状金属錯体の初期生成機構に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      張 大鵬、 岸本 直樹、三宅 亮介
    • 学会等名
      第19回ホストーゲスト超分子化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子の構造と反応の量子化学研究2021

    • 著者名/発表者名
      岸本直樹
    • 学会等名
      IQCE 量子化学探索講演会2021 「量子化学で探る化学の最先端」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Analysis of Raman spectra by quantum chemical calculations of modelized starch2021

    • 著者名/発表者名
      Dapeng Zhang, Wulan Intan Sari, Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2021」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] キラル識別空間の分子設計に向けたテトラポッド型分子の自己組織化メカニズムの解明2021

    • 著者名/発表者名
      田中佐紀,岸本直樹, 張大鵬, 森本将行,淺川雅
    • 学会等名
      応用物理学会秋季学術講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantum Chemical Study of the influence of the Catalytic Impurity Molecules on the Epoxy-Amine Curing Reaction2021

    • 著者名/発表者名
      Yingxiao Xi, Hironobu Fukuzawa, Naoki Kishimoto
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2021」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Relation between the internal molecular structure and thermomechanical properties of multi-component epoxy resin2021

    • 著者名/発表者名
      Yinbo Zhao, Gota Kikugawa, Naoki Kishimoto, Yoshiaki Kawagoe, Keiichi Shirasu, Tomonaga Okabe
    • 学会等名
      2nd Asian Conference on Thermal Sciences
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [産業財産権] 重水素含有ガスの製造方法、及びガス分離装置2022

    • 発明者名
      高石慎也、岸本直樹、内田海路、野呂真一郎
    • 権利者名
      高石慎也、岸本直樹、内田海路、野呂真一郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 外国

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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