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高速AFM/光ピンセット複合機を用いたSMCの液-液相分離の形成・破壊機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K04849
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分28040:ナノバイオサイエンス関連
研究機関金沢大学

研究代表者

梅田 健一  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教 (60746915)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード高速AFM / 染色体維持構造タンパク質 / DNA / 生体機能動態 / SMC5/6 / コヒーシン / 光ピンセット / 液液相分離
研究開始時の研究の概要

近年、細胞内における液-液相分離が細胞機能性において重要な役目を担うことが明らかとなっており、こうした現象のサブ分子レベルでの形成・破壊メカニズムを明らかにすることで、これまでとは異なった観点から細胞の機能発現機構を明らかにすることに繋がる。本研究では、高速AFMを用いて、DNAやRNAに結合した状態にあるコヒーシンやSARS-CoV-2などの液-液相分離を可視化するとともに、その粘弾性計測や探針相互作用による形成・破壊過程の可視化や光ピンセットによる外力誘起などを通じて、液-液相分離のサブ分子レベルでの原理の解明を行う。

研究成果の概要

SMCの染色体の形成機構を解明するために、高速AFMを用いて、サブ分子レベルでのSMCの機能動態の可視化を行った。まず、AFM観察で一般的に用いられるマイカ上において観察を行い、明瞭な分子像を得ることに成功した。粗視化シミュレーションを行うことで、O形分子構造を特定することに成功した。更に、脂質膜の実験系を最適化することで、DNAに結合したSMCをサブ分子分解能でイメージングすることに成功した。ATPase加水分解反応において表れるヘッド結合モードとヒンジ結合モードに関して、明瞭な分子構造を可視化することに成功し、これまで生化学実験で得られた描像に直接的な証拠を得ることに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

SMCのサブ分子分解能での機能動態の可視化に成功したことで、これまで生化学実験結果に基づいて描いていたイラストをダイレクトに実証することができた。更に、これまで高速AFM観察において、マイカ基板が広く用いられており、SMCなど生きた状態にある生体分子を計測できないケースが多かった。本研究において、脂質膜を用いた高速AFMイメージングの確立に成功し、これまで生体機能動態の可視化が難しかった他の生体分子にも応用可能であることを示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 5件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 15件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 3件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Structural Dynamics of Amyloid-β Protofibrils and Actions of Anti-Amyloid-β Antibodies as Observed by High-Speed Atomic Force Microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe-Nakayama Takahiro、Tsuji Mayumi、Umeda Kenichi、Oguchi Tatsunori、Konno Hiroki、Noguchi-Shinohara Moeko、Kiuchi Yuji、Kodera Noriyuki、Teplow David B.、Ono Kenjiro
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 23 号: 13 ページ: 6259-6268

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.3c00187

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Imaging single CaMKII holoenzymes at work by high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Tsujioka Shotaro、Sumino Ayumi、Nagasawa Yutaro、Sumikama Takashi、Flechsig Holger、Puppulin Leonardo、Tomita Takuya、Baba Yudai、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Murakoshi Hideji、Shibata Mikihiro
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 号: 26

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh1069

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Kinetochore-microtubule attachment in human cells is regulated by the interaction of a conserved motif of Ska1 with EB12023

    • 著者名/発表者名
      Radhakrishnan Renjith M.、Kizhakkeduth Safwa T.、Nair Vishnu M.、Ayyappan Shine、Lakshmi R. Bhagya、Babu Neethu、Prasannajith Anjaly、Umeda Kenichi、Vijayan Vinesh、Kodera Noriyuki、Manna Tapas K.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 2 ページ: 102853-102853

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102853

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Removing the parachuting artifact using two-way scanning data in high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Kubo Shintaroh、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Takada Shoji
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0006

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PQBP5/NOL10 maintains and anchors the nucleolus under physiological and osmotic stress conditions2023

    • 著者名/発表者名
      Jin Xiaocen、Tanaka Hikari、Jin Meihua、Fujita Kyota、Homma Hidenori、Inotsume Maiko、Yong Huang、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Okazawa Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 1-20

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35602-w

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spatiotemporal resolution in high-speed atomic force microscopy for studying biological macromolecules in action2023

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kenichi、McArthur Steven J、Kodera Noriyuki
    • 雑誌名

      Microscopy

      巻: 72 号: 2 ページ: 151-161

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfad011

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spontaneous Nucleosome Sliding of H2A.Z at the Subsecond Time Scale2023

    • 著者名/発表者名
      Morioka Shin、Sato Shoko、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Tomita Takuya、Baba Yudai、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Puppulin Leonardo、Sumino Ayumi、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Kurumizaka Hitoshi、Shibata Mikihiro
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 23 号: 5 ページ: 1696-1704

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.2c04346

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamics of Target DNA Binding and Cleavage by Staphylococcus aureus Cas9 as Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Puppulin Leonardo、Ishikawa Junichiro、Sumino Ayumi、Marchesi Arin、Flechsig Holger、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Nishimasu Hiroshi、Shibata Mikihiro
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 17 号: 5 ページ: 4629-4641

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c10709

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic mechanisms of CRISPR interference by Escherichia coli CRISPR-Cas32022

    • 著者名/発表者名
      Yoshimi Kazuto、Takeshita Kohei、Kodera Noriyuki、Shibumura Satomi、Yamauchi Yuko、Omatsu Mine、Umeda Kenichi、Kunihiro Yayoi、Yamamoto Masaki、Mashimo Tomoji
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4917-4917

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32618-0

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Actin-binding domain of Rng2 sparsely bound on F-actin strongly inhibits actin movement on myosin II2022

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa Yuuki、Takaine Masak、Ngo Kien Xuan、Imai Taiga、Yamada Masafumi D、Behjat Arash Badami、Umeda Kenichi、Hirose Keiko、Yurtsever Ayhan、Kodera Noriyuki、Tokuraku Kiyotaka、Numata Osamu、Fukuma Takeshi、Ando Toshio、Nakano Kentaro、Uyeda Taro QP
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 6 号: 1 ページ: e202201469-e202201469

    • DOI

      10.26508/lsa.202201469

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nanomechanics of self-assembled surfactants revealed by frequency-modulation atomic force microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Yamada Hirofumi
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 14 号: 12 ページ: 4626-4634

    • DOI

      10.1039/d2nr00369d

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A high-speed piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1 MHz for high-speed atomic force microscopy.2022

    • 著者名/発表者名
      M. Shimizu, C. Okamoto, K. Umeda, S. Watanabe, T. Ando, N. Kodera
    • 雑誌名

      Rev. Sci. Instrum.

      巻: 93 号: 1 ページ: 013701-013701

    • DOI

      10.1063/5.0072722

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Macrocyclic Peptide-Conjugated Tip for Fast and Selective Molecular Recognition Imaging by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      L. Pupplin, D. Kanayama, N. Terasaka, K. Sakai, N. Kodera, K. Umeda, A. Sumino, M. Arin, W. Wei, H. Tanaka, T. Fukuma, H. Suga, K. Matsumoto, M. Shibata
    • 雑誌名

      ACS Applied Materials & Interfaces

      巻: 13(46) 号: 46 ページ: 54817-54829

    • DOI

      10.1021/acsami.1c17708

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Architecture of zero-latency ultrafast amplitude detector for high-speed atomic force microscopy.2021

    • 著者名/発表者名
      K. Umeda, C. Okamoto, M. Shimizu, S. Watanabe, T. Ando, N. Kodera
    • 雑誌名

      Appl. Phys. Lett.

      巻: 119 号: 18 ページ: 181602-181602

    • DOI

      10.1063/5.0067224

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An ultra-wide scanner for large-area high-speed atomic force microscopy with megapixel resolution2021

    • 著者名/発表者名
      Marchesi Arin、Umeda Kenichi、Komekawa Takumi、Matsubara Takeru、Flechsig Holger、Ando Toshio、Watanabe Shinji、Kodera Noriyuki、Franz Clemens M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 13003-13003

    • DOI

      10.1038/s41598-021-92365-y

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Atomic-level nature of solid/liquid interface for energy conversion revealed by frequency modulation atomic force microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Minato Taketoshi、Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Araki Yuki、Konishi Hiroaki、Ogumi Zempachi、Abe Takeshi、Onishi Hiroshi、Yamada Hirofumi
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics

      巻: 60 号: SE ページ: SE0806-SE0806

    • DOI

      10.35848/1347-4065/abffa2

    • NAID

      120007181725

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Development of Zero-Latency Amplitude Detector Towards Next-Generation Ultrafast High-Speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Umeda, Karen Kamoshita, Kazuma Tatsumi, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High-speed AFM imaging of the cholesterol transporter ABCA1 reconstituted in lipid membrane patch2023

    • 著者名/発表者名
      Kaho Nakamoto, Atsushi Kodan, Romain Amyo, Kazuki Sakata, Yasuhisa Kimura, Kenichi Umeda, Kazumitsu Ueda, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Improvement of the Z-scanner system for faster high-speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Kazuma Tatsumi, Kenichi Umeda, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Deciphering the actin structure-dependent preferential cooperative binding of cofilin2023

    • 著者名/発表者名
      Kien Xuan Ngo, Huong T Vu, Kenichi Umeda, Noriyuki Kodera, Taro Q.P. Uyeda, Toshio Ando
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Attempt of intracellular imaging by high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Ichida, Kenichi Umeda, Alam Mohammad Shahidul, Risa Omura, Makiko Kudo, Takehiko Ichikawa, Takeshi Fukuma, Takahiro Nakayama, Mikihiro Shibata, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Sub-molecular-scale observation of Structural Maintenance of Chromosomes complexes by high-speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      K. Umeda, Y. Kurokawa, Y. Murayama, N. Kodera
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Miniaturization of the laser spot for cantilever deflection detection to realize ultra-high-speed AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Karen Kamoshita, Kenichi Umeda, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Direct visualization of DNA-bound cohesin by HS-AFM2023

    • 著者名/発表者名
      Yumiko Kurokawa, Kenichi Umeda, Noriyuki Kodera, Yasuto Murayama
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 次世代型超高速AFMの実現に向けた遅延時間ゼロの振幅計測器の開発2023

    • 著者名/発表者名
      梅田健一, 鴨下香恋, 巽和真, 古寺哲幸
    • 学会等名
      第84回秋期応用物理学会学術講演会(2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高速AFMによるSMC型染色体構造維持複合体の動的構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      梅田健一, 黒川裕美子, 村山泰斗, 古寺哲幸
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高速AFMを用いたSmc5/6のサブ分子スケール機能動態の解明2023

    • 著者名/発表者名
      梅田健一, 黒川 裕美子, 村山 泰斗, 古寺哲幸
    • 学会等名
      令和5年度生物物理中部支部討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] High-Speed AFM Study of Structural Maintenance of Chromosomes2022

    • 著者名/発表者名
      ○K. Umeda and N. Kodera,
    • 学会等名
      AFM BioMed Conference 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Recent progress in high speed atomic force microscopy technologies2022

    • 著者名/発表者名
      ○N. Kodera and K. Umeda
    • 学会等名
      AFM BioMed Conference 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 高速AFMの更なる高速化に向けたZ-スキャナの共振制御装置2022

    • 著者名/発表者名
      ○巽和真、梅田健一、安藤敏夫、古寺哲幸
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡のさらなる高速化を目指した超微小カンチレバーの開発2022

    • 著者名/発表者名
      ○片山紀希、梅田健一、安藤敏夫、古寺哲幸
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Controlling and Data Acquisition Methods for High-Speed AFM2022

    • 著者名/発表者名
      ○Kenichi Umeda
    • 学会等名
      Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy, A Lecture-based Workshop
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] パッチクランプ機能付き高速AFMの開発2021

    • 著者名/発表者名
      松原 猛, 渡辺 信嗣, 梅田 健一, 角野 歩, 安藤 敏夫, 古寺 哲幸
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 原子間力顕微鏡の固有ノイズ:パラシューティングの除去手法開発2021

    • 著者名/発表者名
      久保進太郎, 梅田健一, 古寺哲幸, 高田彰二
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] Speeding up atomic force microscopy

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/achievements/achievements-18299/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 振幅計測装置及び振幅計測方法2021

    • 発明者名
      岡田孝夫, 安藤敏夫, 梅田健一, 岡本千優, 古寺哲幸
    • 権利者名
      岡田孝夫, 安藤敏夫, 梅田健一, 岡本千優, 古寺哲幸
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-121704
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-11-21  

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