• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

量子化学・情報科学融合アプローチによる金属及び酵素触媒反応機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K05016
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分33010:構造有機化学および物理有機化学関連
研究機関茨城大学

研究代表者

森 聖治  茨城大学, 理工学研究科(理学野), 教授 (50332549)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2023年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード触媒反応 / 酵素反応 / 密度汎関数計算 / 非共有結合性相互作用 / QM/MM法 / 反応機構 / 密度汎関数法計算 / 非共有結合相互作用 / 酵素 / MDシミュレーション / 選択性 / 量子化学計算 / 分子動力学シミュレーション / ビックデータサイエンス / クラスタリング
研究開始時の研究の概要

本研究では、高精度量子化学計算と情報科学的解析を融合させることで、金属を用いた均一的触媒反応および酵素反応機構の非共有結合性相互作用、添加物の効果、立体配座によるエネルギー分布をはじめとした統計力学的効果および動力学効果の役割を明確にすることを目的とする。量子化学計算およびクラスタリングに基づいたバナジウム触媒による不斉トリフルオロメチル化を含む酸化的カップリング反応、ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ触媒によるステロイド類の還元反応の検討を通じて明らかにする。

研究成果の概要

本研究では、高精度量子化学計算と情報科学的解析を融合させることで、合成化学的に重要な金属を用いた均一的触媒反応および、医学的にも重要な酵素反応機構の非共有結合性相互作用、添加物の効果、立体配座によるエネルギー分布をはじめとした統計力学的効果および動力学効果の役割を明確にすることを目的とする。期間全体の実績として、(1)金属触媒を用いた種々の化学選択的あるいは立体選択的な分子変換反応に関するDFT計算を行い、メカニズムの解明や律速段階の予測などを種々の論文に報告した。(2)さまざまな酵素の化学的性質を、マルチフィジックス手法や情報科学的手法を組み合わせながら検討し、立体配座の重要性を理解した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

以上行った研究は、医薬の設計や高効率的・選択的反応設計に役立つであろうと考えられる。さらに、マルチフィジックス的手法や情報科学的解析方法を駆使していることから、これらの改良・開発にも指針を与えると期待される。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (52件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (8件) 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 5件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 備考 (5件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [国際共同研究] ベトナム国家大学自然科学大学 ハノイ校(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] チェンマイ大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] 台湾・清華大学(その他の国・地域)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ベトナム国家大学自然科学大学ハノイ校(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] チェンマイ大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] チェンマイ大学/BIOTEC(タイ)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 台湾・国立精華大学/Fu Jen Catholic University(その他の国・地域)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ANSTO(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Asymmetric cyclization catalyzed by a chiral phosphoric acid-gold(I) hybrid complex as a multifunctional catalyst2024

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi Naoya、Ueda Mitsuhiro、Michigami Kenichi、Mori Seiji、Ohashi Masato
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 97 号: 3

    • DOI

      10.1093/bulcsj/uoae026

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Incorporation of a bromine atom into DNA-related molecules changes their electronic properties2023

    • 著者名/発表者名
      Hirato Misaki、Yokoya Akinari、Baba Yuji、Mori Seiji、Fujii Kentaro、Wada Shin-ichi、Izumi Yudai、Haga Yoshinori
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 号: 21 ページ: 14836-14847

    • DOI

      10.1039/d3cp01597a

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Systematic elucidation of the second coordination sphere effect on the structure and properties of a blue copper protein, pseudoazurin2023

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Takahide、Taborosi Attila、Sakai Chihiro、Akao Kohei、Mori Seiji、Kohzuma Takamitsu
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 246 ページ: 112292-112292

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2023.112292

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Investigations of Palladium‐Catalyzed [3+2] Annulation via Benzylic and <i>meta</i> C?H Bond Activation2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshimoto Rie、Taborosi Attila、He Qiyuan、Ano Yusuke、Chatani Naoto、Mori Seiji
    • 雑誌名

      Chemistry - An Asian Journal

      巻: 18 号: 18

    • DOI

      10.1002/asia.202300531

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asymmetric Cross Couplings of Trifluoromethyl Radical to Vinylarenes with <i>N</i>‐Hydroxy‐oxazinediones and Subsequent Aerobic Oxidative Homocoupling of 2‐Naphthols Catalysed by Chiral Vanadyl Complexes2023

    • 著者名/発表者名
      Chen Chien‐Tien、Hung Shiang‐Fu、Tsai Bang‐You、Chen Tsung‐Cheng、Lein Chien‐I、Tseng Pin‐Xuan、Chang Yu‐Chang、Chuang Chin‐Wei、Agarwal Rachit、Hsu Chan‐Wei、Shimizu Yuto、Fujii Ryoma、Mori Seiji
    • 雑誌名

      Advanced Synthesis &amp; Catalysis

      巻: 366 号: 2 ページ: 248-261

    • DOI

      10.1002/adsc.202300901

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Neutron crystallography and quantum chemical analysis of bilin reductase PcyA mutants reveal substrate and catalytic residue protonation states2023

    • 著者名/発表者名
      Joutsuka Tatsuya、Nanasawa Ryota、Igarashi Keisuke、Horie Kazuki、Sugishima Masakazu、Hagiwara Yoshinori、Wada Kei、Fukuyama Keiichi、Yano Naomine、Mori Seiji、Ostermann Andreas、Kusaka Katsuhiro、Unno Masaki
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 1 ページ: 102763-102763

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102763

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Experimental and theoretical studies of the rhodium(I)-catalysed C-H oxidative alkenylation/cyclization of N-(2-(methylthio)phenyl)benzamides with maleimides2023

    • 著者名/発表者名
      Skhiri Aymen、Taborosi Attila、Ohara Nozomi、Ano Yusuke、Mori Seiji、Chatani Naoto
    • 雑誌名

      Organic Chemistry Frontiers

      巻: 10 号: 7 ページ: 1617-1625

    • DOI

      10.1039/d3qo00023k

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-innocent redox behavior of CuII-pi-dimethylaminophenolate complexes: formation and characterization of the CuI-phenoxyl radical species2022

    • 著者名/発表者名
      Shima Yuto、Suzuki Takashi、Abe Hitoshi、Yajima Tatsuo、Mori Seiji、Shimazaki Yuichi
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 58 号: 44 ページ: 6401-6404

    • DOI

      10.1039/d2cc01409b

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Iridium(III)-Catalyzed Asymmetric Site-Selective Carbene C-H Insertion during Late-Stage Transformation2022

    • 著者名/発表者名
      Yamakawa Yuki、Ikuta Takashi、Hayashi Hiroki、Hashimoto Keigo、Fujii Ryoma、Kawashima Kyohei、Mori Seiji、Uchida Tatsuya、Katsuki Tsutomu
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 87 号: 10 ページ: 6769-6780

    • DOI

      10.1021/acs.joc.2c00470

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Integrated Experimental and Computational Studies on the Organocatalytic Kinetic Resolution of β-Unfunctionalized Primary Alcohols Using a Chiral 1,2-Diamine: The Importance of Noncovalent Interactions2022

    • 著者名/発表者名
      Sakai Naoki、Ojima Kohei、Mori Seiji、Oriyama Takeshi
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 87 号: 6 ページ: 4468-4475

    • DOI

      10.1021/acs.joc.1c03033

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reaction Path Determination of Rhodium(I)-Catalyzed C-H Alkylation of N-8-Aminoquinolinyl Aromatic Amides with Maleimides2021

    • 著者名/発表者名
      Taborosi Attila、He Qiyuan、Ano Yusuke、Chatani Naoto、Mori Seiji
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 87 号: 1 ページ: 737-743

    • DOI

      10.1021/acs.joc.1c02737

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solid State Characterization of One‐ and Two‐Electron Oxidized CuII‐salen Complexes with para‐Substituents: Geometric Structure‐Magnetic Property Relationship2021

    • 著者名/発表者名
      Takeyama Tomoyuki、Suzuki Takashi、Kikuchi Misa、Kobayashi Misato、Oshita Hiromi、Kawashima Kyohei、Mori Seiji、Abe Hitoshi、Hoshino Norihisa、Iwatsuki Satoshi、Shimazaki Yuichi
    • 雑誌名

      European Journal of Inorganic Chemistry

      巻: 2021 号: 39 ページ: 4133-4145

    • DOI

      10.1002/ejic.202100776

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] H/D Isotope Effects in Keto-Enol Tautomerism of β-Dicarbonyl Compounds: Importance of Nuclear Quantum Effects of Hydrogen Nuclei2021

    • 著者名/発表者名
      Udagawa Taro、Murphy Rhys B.、Darwish Tamim A.、Tachikawa Masanori、Mori Seiji
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 94 号: 7 ページ: 1954-1962

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210083

    • NAID

      130008076866

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Calculation of CYP450 protein-ligand binding and dissociation free energy paths2021

    • 著者名/発表者名
      Su Kuan-Hsuan、Wu Chin-Teng、Lin Shang-Wei、Mori Seiji、Liu Wei-Min、Yang Hsiao-Ching
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 155 号: 2 ページ: 025101-025101

    • DOI

      10.1063/5.0046169

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Combined Computational and Experimental Studies on the Asymmetric Michael Addition of α-Aminomaleimides to β-Nitrostyrenes Using an Organocatalyst Derived from Cinchona Alkaloid2021

    • 著者名/発表者名
      Sakai Naoki、Kawashima Kyohei、Kajitani Masashi、Mori Seiji、Oriyama Takeshi
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 23 号: 15 ページ: 5714-5718

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.1c01831

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enantioselective Radical Type, 1,2-Oxytrifluoromethylation of Olefins Catalyzed by Chiral Vanadyl Complexes: Importance of Noncovalent Interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Chen Chien-Tien、Su Yu-Cheng、Lu Chia-Hao、Lien Chien-I、Hung Shiang-Fu、Hsu Chan-Wei、Agarwal Rachit、Modala Ramuasagar、Tseng Hung-Min、Tseng Pin-Xuan、Fujii Ryoma、Kawashima Kyohei、Mori Seiji
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 11 号: 12 ページ: 7160-7175

    • DOI

      10.1021/acscatal.1c01813

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Combined MD and QM/MM Investigations of Hydride Reduction of 5α-Dihydrotestosterone Catalyzed by Human 3α-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 3:Importance of Noncovalent Interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Mitsuizumi, Seiji Mori
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: - 号: 19 ページ: 4998-5008

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c01751

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Importance of noncovalent interactions in homogeneous and enzymatic catalysis2024

    • 著者名/発表者名
      Seiji Mori
    • 学会等名
      PACCON 2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Evaluation of the effects of mutations in Cp*Rh(III) complex-linked artificial metalloenzyme NitrobindinHLH-Cp*Rh(III) by MD simulation2023

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Bandai, Shunsuke Kato, Akira Onoda, Takashi Hayashi, Seiji Mori
    • 学会等名
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC) Sapporo
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] パラジウム触媒による[3+2]環化付加反応の反応経路及び配向基効果に関する理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • 学会等名
      第25回理論化学討論会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションを用いたCp*Rh(III)錯体連結型人工金属酵素NitrobindinHLH-Cp*Rh(III)における変異の影響の評価2023

    • 著者名/発表者名
      萬代 充裕、加藤 俊介、小野田 晃、林 高史、森 聖治
    • 学会等名
      錯体化学会第73回討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] モリブデン-ゲルミリン錯体による芳香族アルデヒドのヒドロホウ素化反応に関する理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      清水雄仁、Christof Israel Marbella Fontanilla, 長田 浩一、橋本久子、森 聖治
    • 学会等名
      錯体化学会第73回討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] キラルリン酸-Au(I)複合錯体を用いた触媒的インドール縮環型七員環形成反応の不斉発現機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      谷口 直哉・植田 光洋・道上 健一・森 聖治・大橋 理人
    • 学会等名
      錯体化学会第73回討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] キラルリン酸-Au(I)複合錯体触媒を用いたエナンチオ選択的環化反応の開発2023

    • 著者名/発表者名
      谷口 直哉・植田 光洋・道上 健一・森 聖治・大橋 理人
    • 学会等名
      第49回反応と合成の進歩シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Computational Perspectives of Non-covalent Interactions in Transition Metal- and Enzyme-catalyzed Reactions2023

    • 著者名/発表者名
      Seiji Mori
    • 学会等名
      TCS-2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] モリブデン-ゲルミリン錯体によるカルボニル化合物のヒドロホウ素化反応の理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      清水 雄仁、Christof Israel Marbella Fontanilla、長田浩一、橋本 久子、森 聖治
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会(2023)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Combined DFT and experimental studies on the importance of noncovalent interactions in vanadium-catalyzed oxidative trifluoromethylation reactions of olefins2022

    • 著者名/発表者名
      Seiji Mori、Chien-Tien Chen
    • 学会等名
      WATOC 2020
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] パラジウム触媒を用いたマレイミドの[3+2]環化付加反応における 2-メチルベンズアミド類の窒素上の配向基効果に関する理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] キラルなバナジル触媒によるオレフィンのエナンチオ選択的 1,2-オキシトリフルオロメチル化反応における遷移状態の相互作用エネルギー分割解析2022

    • 著者名/発表者名
      清水雄仁、Chien-Tien Chen、森 聖治
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ニッケル触媒による脱カルボニル化を含む塩化アシルのシアノ化反応に関する理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      穂積 玲於、川島 恭平、西原 康師、森 聖治
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] パラジウム触媒による[3+2]環化付加反応を含むベンジル及びメタ炭素-水素結合活性化反応に関する理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] パラジウム触媒を用いた四置換ビニルシランの檜山カップリングに関する理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      大塚 悠斗、西原 康師、森 聖治
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2022年秋季年会in 長野
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] キラル1,2-ジアミン触媒を用いるβ位に官能基を有さない第一級アルコールの速度論的光学分割2022

    • 著者名/発表者名
      酒井 直樹、小島 嵩平、森 聖治、折山 剛
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会 (2022)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] パラジウム触媒によるAlkenyl Carboxylatesのクロスカップリング反応の理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      岡本 優悟,森 聖治
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会 (2022)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] キラルなバナジウム触媒を用いた酸化的1,2-トリフルオロメチル化反応の理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤井 稜馬, Bang-You Tsai, Tsung-Cheng Chen, Chien-I Lein, Yu-Chang Chang, Pin-Xuan Tseng, Chin-Wei Chuang, Rachit Agarwal, Chan-Wei Hsu, Chien-Tien Chen, 森 聖治
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会 (2022)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical Investigations of Palladium-Catalyzed Cross-Coupling of Alkenyl Carboxylates2021

    • 著者名/発表者名
      岡本 優悟,森 聖治
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2021秋季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical study on the asymmetric Michael addition of α-aminomaleimides to β-nitrostyrenes2021

    • 著者名/発表者名
      酒井直樹,森聖治,折山剛,川島恭平
    • 学会等名
      令和3年度化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Computational Perspectives of Non-covalent Interactions in Transition Metal- and Enzyme-catalyzed Reactions2021

    • 著者名/発表者名
      森 聖治
    • 学会等名
      錯体化学会第71回討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 物理有機化学研究室(森研究室)ホームページ

    • URL

      http://smori.sci.ibaraki.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 物理有機化学ホームページ

    • URL

      http://smori.sci.ibaraki.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
  • [備考] 太陽光エネルギーの吸収が水素原子1つで変わる! (プレスリリース)

    • URL

      https://www.ibaraki.ac.jp/news/2022/12/21011834.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] β位に官能基を有さない第一級アルコールの速度論的光学分割法の開発に成功

    • URL

      https://www.ibaraki.ac.jp/news/2022/03/07011531.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 前例のない4成分の非対称ラジカル1,4-オキシトリフルオロメチル化反応の開発に成功

    • URL

      https://www.ibaraki.ac.jp/news/2021/06/22011254.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会・シンポジウム開催] 7th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University2022

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi