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ミトコンドリア内環境に依存したDNA複製阻害の定量的解析と化学的制御

研究課題

研究課題/領域番号 21K05283
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関甲南大学

研究代表者

高橋 俊太郎  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (40456257)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードグアニン四重鎖 / i-motif / 熱力学 / 遺伝子複製 / 分子クラウディング / ミトコンドリア / 圧力 / リガンド / 変異 / 分子クラウディング環境 / DNA / 分子環境 / 核酸構造
研究開始時の研究の概要

ミトコンドリアはアデノシン三リン酸(ATP)などの高エネルギー分子を生産する重要な細胞小器官である。近年、細胞内外の環境変化がミトコンドリアDNA(mtDNA)の変異を誘発し、細胞内の代謝異常を生じることで、癌や糖尿病などの生活習慣病が引き起こされることが明らかになってきた。本研究では、四重鎖構造の安定性やトポロジーがmtDNAの複製反応に及ぼす影響を定量解析することで、ミトコンドリア内環境依存的なmtDNA変異発生のメカニズムの解明とその化学的制御を目指す。mtDNAの変異発生を定量的に理解することで、生活習慣病のリスク診断技術や、mtDNAの四重鎖形成を制御する治療薬の開発などの新しい医工学の展開が期待できる。

研究成果の概要

本研究は、ミトコンドリア内の化学環境変化によってミトコンドリアDNA(mtDNA)の変異が生じる化学的メカニズムを定量的に解明することを目的とする。そのために、四重らせんDNA構造による複製反応の制御機構について定量的な解析を行うと共に、特定の四重らせん構造を制御する小分子化合物の探索・設計・合成を行った。さらに、ミトコンドリア内環境の評価計の開発により、HeLa細胞でミトコンドリア内の四重らせん形成解析を行った。これらの業績は米国化学会誌Journal of the American Chemical Society誌などはじめとする国際誌に発表した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、物理的な環境の効果と生物学的な遺伝子変異を定量的に結びつけるという特色がある。本研究成果を基盤として、ミトコンドリア内の溶液物性、四重鎖構造の安定性、および複製阻害効果を統合したデータベースを構築することができる。それにより、ミトコンドリア内の環境変化とmtDNAの変異発生を定量的に結びつける。このようなデータベースを活用することで今後新しい医工学技術の創出が期待できる。例えば、細胞内環境から生活習慣病の発症リスクを評価する診断技術の確立や、mtDNAの四重鎖構造を制御して複製阻害を抑える薬剤の合目的的な開発などに貢献できると考えられる。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 5件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] MGMARI(インド)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] カルカッタ大学(インド)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Reading大学(英国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] コルカタ大学(インド)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 国立NMRセンター(スロベニア)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Development of a Pseudocellular System to Quantify Specific Interactions Determining the G-Quadruplex Function in Cells2024

    • 著者名/発表者名
      Tateishi-Karimata Hisae、Kawauchi Keiko、Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 146 号: 12 ページ: 8005-8015

    • DOI

      10.1021/jacs.3c11160

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theranostic approach to specifically targeting the interloop region of BCL2 i-motif DNA by crystal violet2023

    • 著者名/発表者名
      Das Sinjan、Takahashi Shuntaro、Ohyama Tatsuya、Bhowmik Sudipta、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 14338-14338

    • DOI

      10.1038/s41598-023-39407-9

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pressure-temperature control of activity of RNA polymerase ribozyme2023

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 292 ページ: 106914-106914

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2022.106914

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Endogenous G-quadruplex-forming RNAs inhibit the activity of SARS-CoV-2 RNA polymerase2023

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 59 号: 7 ページ: 872-875

    • DOI

      10.1039/d2cc05858h

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Volumetric Strategy for Quantitatively Elucidating a Local Hydration Network around a G-Quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Saki、Takahashi Shuntaro、Bhowmik Sudipta、Ohyama Tatsuya、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 号: 20 ページ: 7400-7407

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c01075

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dielectricity of a molecularly crowded solution accelerates NTP misincorporation during RNA-dependent RNA polymerization by T7 RNA polymerase2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Matsumoto, P. Chilka, S. Ghosh, H. Okura, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 12 号: 1 ページ: 1149-1149

    • DOI

      10.1038/s41598-022-05136-8

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ruthenium Polypyridyl Complex Bound to a Unimolecular Chair-Form G-Quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      K. T. McQuaid, S. Takahashi, L. Baumgaertner, D. J. Cardin, N. G. Paterson, J. P. Hall, N. Sugimoto, and C. J. Cardin
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 144 号: 13 ページ: 5956-5964

    • DOI

      10.1021/jacs.2c00178

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Replication Control of Human Telomere G-Quadruplex DNA by G-Quadruplex Ligands Dependent on Solution Environment2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmik, S. Sato, S. Takenaka, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Life

      巻: 12 号: 4 ページ: 533-533

    • DOI

      10.3390/life12040553

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemical Modulation of DNA Replication along G-Quadruplex Based on Topology-Dependent Ligand Binding2021

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, A. Kotar, H. Tateishi-Karimata, S. Bhowmik, Z.-F. Wang, T.-C. Chang, S, Sato, S. Takenaka, J. Plavec, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 143 号: 40 ページ: 16458-16469

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05468

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (5): Effect of local environments on the stability of nucleic acids in mitochondria2024

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, L. Liu, S. Takahashi, T. Endoh, N. Yoshinaga, K. Numata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第104回春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] High pressure study for the functions of non-canonical nucleic acids structures aiming for therapeutics and health care2023

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      International Symposium Current Trends and Future Perspectives of Nucleic Acids Research in Health & Diseases
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Chemical targeting of i-motif DNAs for cancer theranostic applications2023

    • 著者名/発表者名
      S. Das, S. Takahashi, T. Ohyama, S. Bhowmik, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第50回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High pressure study of dynamics of non-canonical nucleic acid structures2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi
    • 学会等名
      The 11th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] i-motif 型 DNA 構造に対する分子クラウディング効果の定量的解析2022

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, S. Ghosh, P. Chilka, 大山達也, 杉本直己
    • 学会等名
      第71回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] SARS-CoV-2由来RNA依存性RNAポリメラーゼの複製反応におけるグアニン四重鎖の効果とその制御2022

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 松本咲, 建石寿枝, Byeang Hyean Kim, 杉本直己
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Volumetric study for the functions of non-canonical nucleic acids structures2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids 2022 “ANNA2022”
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Thermodynamics approach for the fidelity of RNA-dependent RNA polymerase of SARS- CoV-2 under molecular crowdings2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (87): 高圧力を用いたグアニン四重鎖の水和解析によるリガンド結合予測2022

    • 著者名/発表者名
      高橋 俊太郎、松本 咲、大山 達也、Sudipta Bhowmik、杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (78) : Analysis of structural dynamics of c-Myc G-quadruplex DNA using high pressure2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, T. Ohyama, S.-B. Chen, J.-H. Tan, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] トポロジー依存的なリガンド結合でグアニン四重鎖のDNA複製を制御する2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 建石寿枝, 佐藤しのぶ, 竹中繁織, J. Plavec, 杉本直己
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞内での核酸の挙動を明らかにする熱力学解析2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎
    • 学会等名
      第57回熱測定討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chemical modulation of DNA replication by topology- dependent ligand binding on guanine quadruplexes2021

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, A. Kotar, H. Tateishi-Karimata, S. Bhowmik, Zi-Fu Wang, Ta-Chau Chang, S. Sato, S. Takenaka, J. Plavec, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所

    • URL

      https://www.konan-fiber.jp

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/indexb/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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