研究課題/領域番号 |
21K05608
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研究種目 |
基盤研究(C)
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分39040:植物保護科学関連
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研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 |
研究代表者 |
松下 陽介 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 植物防疫研究部門, 上級研究員 (00414665)
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研究分担者 |
孫 建強 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業情報研究センター, 主任研究員 (90838624)
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研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2021年度)
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配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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キーワード | ウイロイド / 宿主植物 / 病徴 / ゲノム / 予測モデル |
研究開始時の研究の概要 |
ウイロイドが宿主植物に感染すると、ウイロイド由来の 21-24 塩基のsmall RNAが発生する。これらが宿主植物の一部の遺伝子の mRNA に相補的に結合し、そのmRNAを切断することでサイレンシングを誘発し、発病することが指摘されている。そこで本研究では、ウイロイドと宿主植物のゲノム配列の両方に着目し、ウイロイドの病原性を予測するアルゴリズムを開発し、ウイロイドの病原性の説明に試みる。ここでは、トマトに対するジャガイモやせいもウイロイド(PSTVd)の病原性(無毒・弱毒・強毒)を予測するアルゴリズムを開発する。
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