腸内細菌叢から見た在来家畜アグー豚の独自性の解明

• 研究課題/領域番号: 21K05636
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分39060:生物資源保全学関連
• 研究機関: 琉球大学
• 研究代表者: 和智 仲是 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 助教 (40635299)
• 研究期間 (年度): 2021-04-01 – 2024-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2023年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2023年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2021年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 在来家畜 / アグー / 腸内細菌叢 / メタバーコーディング / メタゲノム

研究開始時の研究の概要

本研究は、宿主特異的な腸内細菌群から在来家畜の特徴的な性質を説明することを目指し、在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群を探索する。具体的には、複数の環境下のアグー豚の糞中DNAのメタバーコーディング解析により、腸内細菌叢の構成を明らかにする。相対頻度から中心的な役割を担う細菌群を特定するとともに、西洋品種の腸内細菌叢と比較することで、候補細菌群を絞り込む。近縁種のゲノム情報との比較を行い、候補細菌群の生理機能の推定を試みる。一連の研究により、地域固有の在来家畜それ自体だけでなく、その腸内細菌も遺伝資源として貴重であることを示唆することを目指す。

研究成果の概要

本研究では、宿主特異的な腸内細菌群に着目し、日本唯一の在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群の探索を試みた。当時沖縄県内で登録されていたアグー豚個体のおよそ1割にあたる個体の糞便試料を収集することができ、また、糞便を元にした細菌叢メタバーコーディング解析の実験系をほぼ確立することができた。予想に反して、アグー豚を特徴づけるような細菌群の候補を見出すことができなかった。また、コロナ禍や研究代表者の所属の異動などの理由により、当初想定していた状態の研究環境や研究体制の整備に時間がとられてしまい、予測メタゲノム解析まで期間内に行うことができなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、宿主特異的な腸内細菌群に着目し、在来家畜の特徴的な性質を説明することを目指した。そのために、日本唯一の在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群を探索した。アグー豚の「粗食で育つ」という生理機能の一端を担う細菌叢を明らかにすることで、未知の細菌群を含む、特徴的な生理機能をもった新規の細菌群を見出すことができる可能性がある。海外の在来豚で知られているもののそのような例は少ない。そのため、一連の研究を通して、アグー豚のような地域固有の在来家畜それ自体だけでなく、その腸内細菌も遺伝資源として貴重であることが示唆できるはずである。