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計算機シミュレーションによる脂質膜上でのアミロイドベータペプチドの凝集過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K06040
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関分子科学研究所

研究代表者

伊藤 暁  分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 (90595381)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2023年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2022年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードアミロイド線維 / 分子シミュレーション / アミロイドベータペプチド
研究開始時の研究の概要

アミロイドベータペプチド(Aβ)と呼ばれるペプチドが凝集してオリゴマーを形成することで、アルツハイマー病が発症すると考えられている。Aβのオリゴマー形成は脂質膜上で促進されることが知られており、その詳細なメカニズムを解明するために計算機シミュレーションを用いる。Aβのオリゴマー形成過程は非常に遅い過程であるために、シミュレーション手法としてクーロンレプリカ置換法を採用する。脂質膜上にAβを配置し、クーロンレプリカ置換分子動力学シミュレーションを行うことで、脂質膜上でのオリゴマー形成過程を明らかにする。

研究成果の概要

クーロンレプリカ置換法を用いてAβ40とAβ42の二量体形成過程を調べた。この結果、Aβ42はβ-ヘアピンを形成しやすく、これが二量体形成を促進していることが分かった。また、Aβ凝集の鍵となるアミノ酸残基を特定した。
脂質膜上でのAβの立体構造を明らかにするために、NMR実験及び分子動力学シミュレーションを行った。この結果、Aβは脂質膜上で2つの反平行分子間βシート構造を持つオリゴマーを形成していることが分かった。
ミリセチンおよびロスマリン酸がAβの凝集を阻害する機構の解明にも取り組んだ。この結果、ミリセチンはAβの疎水性残基に、ロスマリン酸はAβの荷電性残基に結合し、凝集を抑制していた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

Aβが形成するオリゴマーはアルツハイマー病の原因と考えられており、アルツハイマー病を予防・治療するためにはオリゴマー形成過程を明らかにする必要がある。本研究により、Aβのオリゴマー形成の初期過程を解明した。また、この過程に重要なアミノ酸残基を特定した。脂質膜上でのオリゴマー構造も解明した。これらに加えて、天然由来のポリフェノールがAβの凝集を抑制する機構の解明にも成功した。これらの研究を発展させることでアルツハイマー病の予防・治療に貢献できると考える。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Inhibition of amyloid-β(16–22) aggregation by polyphenols using replica permutation with solute tempering molecular dynamics simulation2023

    • 著者名/発表者名
      Fukuhara Daiki、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 4 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0045

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Double-Layered Structure of Amyloid-β Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization2023

    • 著者名/発表者名
      Yagi-Utsumi Maho、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi、Yanagisawa Katsuhiko、Kato Koichi、Nishimura Katsuyuki
    • 雑誌名

      ACS Chemical Neuroscience

      巻: 14 号: 15 ページ: 2648-2657

    • DOI

      10.1021/acschemneuro.3c00192

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ingenuity in performing replica permutation: How to order the state labels for improving sampling efficiency2022

    • 著者名/発表者名
      Fukuhara Daiki、Yamauchi Masataka、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 44 号: 4 ページ: 534-545

    • DOI

      10.1002/jcc.27020

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Key Residue for Aggregation of Amyloid-β Peptides2022

    • 著者名/発表者名
      Itoh Satoru G.、Yagi-Utsumi Maho、Kato Koichi、Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      ACS Chemical Neuroscience

      巻: 13 号: 22 ページ: 3139-3151

    • DOI

      10.1021/acschemneuro.2c00358

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Implementations of replica-permutation and replica sub-permutation methods into LAMMPS2022

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi Masataka、La Penna Giovanni、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      Computer Physics Communications

      巻: 276 ページ: 108362-108362

    • DOI

      10.1016/j.cpc.2022.108362

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-β fragments2022

    • 著者名/発表者名
      Fukuhara Daiki、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 156 号: 8 ページ: 084109-084109

    • DOI

      10.1063/5.0081686

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations.2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura H, Itoh SG, Nakamura K, Kawasaki T.
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: in press 号: 19 ページ: 2361-2368

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11491

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of amyloid-β peptides in bulk water and at hydrophilic/hydrophobic interfaces2024

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh
    • 学会等名
      Telluride Science Research Center Workshop “The Role of Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function”
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Early process of oligomer formation of amyloid-β peptides using the Coulomb replica-permutation method2023

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh
    • 学会等名
      The 16th Eurasia Conference on Chemical Sciences 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Generalized-ensemble Algorithms for Protein Oligomerization Processes2023

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh
    • 学会等名
      2023 ACS Global Innovation Imperatives and 7th International Conference on Computation for Science and Technology
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dimer formation process of amyloid-β peptides studied by the generalized-ensemble algorithms2023

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
    • 学会等名
      34th IUPAP Conference on Computational Physics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dimer formation process of Aβ40 and Aβ42 using the Hamiltonian replica-permutation method2023

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh, Maho Yagi-Utsumi Koichi Kato, Hisashi Okumura
    • 学会等名
      14th European Biophysics Congress
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子シミュレーションを用いた アミロイド線維形成初期過程の解明2023

    • 著者名/発表者名
      伊藤 暁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションと実験によるAβ40 とAβ42 の凝集に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤暁,矢木真穂,加藤晃一,奥村久士
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Difference between the Aβ40 and Aβ42 aggregation processes at the atomic level2022

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, and Hisashi Okumura
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションと実験で探るAβの凝集過程2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤暁,矢木真穂,加藤晃一,奥村久士
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Aβ40とAβ42の凝集過程の違いに関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤暁,矢木真穂,加藤晃一,奥村久士
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションとチオフラビンTアッセイによるAβの凝集過程の解明2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤暁,矢木真穂,加藤晃一,奥村久士
    • 学会等名
      第24回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Oligomer formation of proteins studied by generalized-ensemble algorithms2021

    • 著者名/発表者名
      Satoru G. Itoh
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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