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Na+,K+-ATPaseによるK+選択的結合機構の構造生物学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 21K06109
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東京大学

研究代表者

金井 隆太  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任講師 (50598472)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードイオンポンプ / 膜蛋白質 / X線結晶構造解析 / クライオ電顕 / Na+,K+-ATPase / 能動輸送 / K+選択性 / クライオ電顕単粒子解析 / 電子顕微鏡単粒子解析 / イオン選択性
研究開始時の研究の概要

Na+,K+-ATPaseのK+選択的結合機構の解明を目指して、K+結合過程の中間体構造を決定する。この過程ではK+結合とともに細胞外側ゲートが閉じること、脱燐酸化反応の開始の2つのイベントが連動している。10年以上前にK+結合状態の1つ(E2.Pi.2K+状態)の結晶構造が明らかになっているが、その後、K+結合に関するNa+,K+-ATPaseの構造解析はほとんどなく、その仕組みはよく分かっていない。そこで、本課題では2個のK+が結合する過程をX線結晶構造解析、電子顕微鏡による単粒子解析によって明らかにし、K+選択的結合とそれらのイベントがどのようにカップリングしているのかを解明する。

研究成果の概要

Na+ポンプ(Na+,K+-ATPase)はATP 1分子当たり3個のNa+を細胞外へ、2個のK+を細胞内へ濃度勾配に逆らって輸送するイオンポンプである。本研究はそのK+輸送機構、すなわちNa+ポンプは2個のK+をどのように選択的に結合するとともに脱燐酸化を引き起こし、細胞外ゲートを閉じるのか、また細胞内ゲートを開き、細胞内へ排出するのか、を原子レベルで解明することを目的としている。そこで、その過程における中間状態の結晶構造解析およびクライオ電顕解析を行ったところ、ほぼ全ての中間状態の立体構造を決定することができた。その結果、K+輸送の仕組みを詳細に理解することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究はあらゆる動物細胞の物質輸送や神経の活動電位、浸透圧調節など様々な生命活動を支えているNa+ポンプ(Na+,K+-ATPase)の働きを原子レベルで明らかにすることを目的としている。今回の研究では、Na+ポンプはどのようにしてK+を細胞外から細胞内へ輸送しているのかを詳細に理解することができた。K+を輸送する過程は薬剤標的とされている一方、天然毒物の標的にもなっている。本研究は更なる薬剤の改良や天然毒物に対する新規薬剤開発を可能にするものである。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] The role of the C-terminal tail region as a plug to regulate XKR8 lipid scramblase2024

    • 著者名/発表者名
      Sakuragi Takaharu、Kanai Ryuta、Otani Mayumi、Kikkawa Masahide、Toyoshima Chikashi、Nagata Shigekazu
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 300 号: 3 ページ: 105755-105755

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.105755

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structures of Na+,K+‐ATPase reveal the mechanism that converts the K+‐bound form to Na+‐bound form and opens and closes the cytoplasmic gate2023

    • 著者名/発表者名
      Kanai Ryuta、Vilsen Bente、Cornelius Flemming、Toyoshima Chikashi
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 597 号: 15 ページ: 1957-1976

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14689

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo‐electron microscopy of Na+,K+‐ATPase reveals how the extracellular gate locks in the E2・2K+ state2022

    • 著者名/発表者名
      Kanai Ryuta、Cornelius Flemming、Vilsen Bente、Toyoshima Chikashi
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 596 号: 19 ページ: 2513-2524

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14437

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The tertiary structure of the human Xkr8-Basigin complex that scrambles phospholipids at plasma membranes2021

    • 著者名/発表者名
      Sakuragi Takaharu、Kanai Ryuta、Tsutsumi Akihisa、Narita Hirotaka、Onishi Eriko、Nishino Kohei、Miyazaki Takuya、Baba Takeshi、Kosako Hidetaka、Nakagawa Atsushi、Kikkawa Masahide、Toyoshima Chikashi、Nagata Shigekazu
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 28 号: 10 ページ: 825-834

    • DOI

      10.1038/s41594-021-00665-8

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Na+,K+-ATPaseのNa+選択性の構造的理解2023

    • 著者名/発表者名
      金井隆太、Bente Vilsen, Flemming Cornelius, 豊島近
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 陽チャネル化したNa+,K+-ATPaseの構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      金井隆太、Bente Vilsen, Flemming Cornelius, 豊島近
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] パリトキシンを結合したNa+,K+-ATPaseの構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      金井隆太、Bente Vilsen, Flemming Cornelius, 豊島近
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Na+,K+-ATPase と脂質二重膜と の相互作用 の結晶学的解析2022

    • 著者名/発表者名
      金井隆太、Bente Vilsen, Flemming Cornelius, 豊島近
    • 学会等名
      第 22 回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Na+を結合した非燐酸化状態のNa+,K+-ATPaseの 結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      金井隆太、Bente Vilsen, Flemming Cornelius, 豊島近
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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