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レーザー照射によるアミロイド線維の破壊機構を分子動力学シミュレーションで解明する

研究課題

研究課題/領域番号 21K06118
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関大学共同利用機関法人自然科学研究機構(機構直轄研究施設)

研究代表者

奥村 久士  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(機構直轄研究施設), 生命創成探究センター, 准教授 (80360337)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2023年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円)
2022年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード分子動力学シミュレーション / アミロイド線維 / 赤外線レーザー / アミロイドβペプチド / ポリアラニン / 水
研究開始時の研究の概要

アミロイド線維はタンパク質が凝集してできた針状の物質で、40種類以上の病気の原因となる。最近の実験で赤外線レーザーを照射すると水分を含んだアミロイド線維は破壊されるが、乾燥したアミロイド線維は破壊されないことが示された。この結果は水が何か重要な役割を担っていることを示唆しているが、その役割は分かっていない。また、アミロイド線維を破壊するとαヘリックス構造が多く形成されることも示されているが、その理由も分かっていない。本研究では非平衡分子動力学シミュレーションによりアミロイド線維が赤外線レーザーで破壊される際の水分子の役割を解明する。αヘリックス構造が多く形成される理由も明らかにする。

研究成果の概要

タンパク質は本来正しく折りたたみ、生命にとって必要不可欠な機能を果たすが、時に凝集し病気を引き起こすことがある。これらのタンパク質凝集体に赤外自由電子レーザーを照射して破壊し、新しい治療法開発につなげようという試みが行われている。しかし、タンパク質凝集体が自由電子レーザーにより破壊される機構は分かっていなかった。本研究ではコンピュータを用いたシミュレーションによりその機構を解明した。さらにどのようなタンパク質凝集体は破壊しやすく、どのようなタンパク質凝集体が破壊しにくいのかも明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

タンパク質凝集体の引き起こす病気にはアルツハイマー病やハンチントン病、パーキンソン病など治療法が確立していない病気が多い。これらの大半の病気には対処療法しかなく、その原因を直接取り除く方法はない。赤外線レーザーを照射する方法は病気の原因に直接アタックするので、この方法が実用に至れば意義は大きい。これまでレーザー照射により病気の原因物質を除去できることは実験的に知られていたが、その理由は不明であった。これを明らかにしたのが本研究である。本研究により将来、治療に使えるかもしれない手法の理論的裏付けを与えることができた。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 12件、 招待講演 23件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Dissociation process of polyalanine aggregates by free electron laser irradiation2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Hisashi、Itoh Satoru G.、Zen Heishun、Nakamura Kazuhiro
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 18 号: 9 ページ: e0291093-e0291093

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0291093

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Perspective for Molecular Dynamics Simulation Studies of Amyloid-β Aggregates2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Hisashi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 51 ページ: 10931-10940

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c06051

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Probing protein misfolding and dissociation with an infrared free-electron laser2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Hisashi、Kawasaki Takayasu、Nakamura Kazuhiro
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 679 ページ: 65-96

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2022.08.047

    • ISBN
      9780323992640
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Double-Layered Structure of Amyloid-β Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization2023

    • 著者名/発表者名
      Yagi-Utsumi Maho、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi、Yanagisawa Katsuhiko、Kato Koichi、Nishimura Katsuyuki
    • 雑誌名

      ACS Chemical Neuroscience

      巻: 14 号: 15 ページ: 2648-2657

    • DOI

      10.1021/acschemneuro.3c00192

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 超音波と赤外線レーザーによるアミロイド線維の破壊を分子動力学シミュレーションで見る2023

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 雑誌名

      高圧力の科学と技術

      巻: 33 ページ: 76-82

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation Studies on the Aggregation of Amyloid-β Peptides and Their Disaggregation by Ultrasonic Wave and Infrared Laser Irradiation2022

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura and Satoru G. Itoh
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 8 ページ: 2483-2483

    • DOI

      10.3390/molecules27082483

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 赤外自由電子レーザによるアミロイド線維破壊の分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 雑誌名

      レーザ加工学会誌

      巻: 29 ページ: 160-165

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations.2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura H, Itoh SG, Nakamura K, Kawasaki T.
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: in press 号: 19 ページ: 2361-2368

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11491

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation for the causative substance of Alzheimer's disease2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      5th International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Amyloid-fibril dissociation observed by nonequilibrium molecular dynamics simulation2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      The 16th Eurasia Conference on Chemical Sciences
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Disease-related proteins studied by molecular dynamics simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      ACS Global Innovation Imperatives - 7th International Conference on Computation for Science and Technology
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Key factors for aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides revealed by molecular dynamics simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      19th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides observed by all-atom molecular dynamics simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Replica-permutation and nonequilibrium molecular dynamics simulations for protein aggregates2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi OKUMURA
    • 学会等名
      Biomolecules and Nanostructures 8
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations for the formation and dissociation of amyloid-β aggregates / アミロイドβ凝集体の形成と解離の全原子分子動力学シミュレーション2023

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会シンポジウム「Liquid-liquid phase separation and amyloid formation driven by dynamic solution environments / 動的溶液環境が駆動する生体内液液相分離とアミロイド線維化」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 中赤外レーザーによるアミロイドβ凝集体の選択的破壊2023

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      多元技術融合光プロセス研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コンピュータシミュレーョンで見るアルツハイマー病原因物質の分子動画2023

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      第32回高速分子動画オンラインセミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Generalized-ensemble and nonequilibrium molecular dynamics simulations of protein aggregates2023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura
    • 学会等名
      Asia and Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 病気の原因となるタンパク質の分子動力学シミュレーション2023

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      企業研究会第36期CAMMフォーラム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein aggregation and disaggregation by generalized-ensemble and nonequilibrium molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura
    • 学会等名
      4th International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Disaggregation of amyloid-β aggregates observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura
    • 学会等名
      18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体機能に重要な分子の全原子分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      Biothermology Workshop 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アミロイド線維の非平衡分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      山形大学理学部 離散数理セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非平衡分子動力学シミュレーションで見る極限環境下におけるアミロイド線維破壊2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      第63回高圧討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アミロイドβペプチド凝集体の非平衡分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      Mie Meeting of Quantum Science
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 病気に関係する生体分子の分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      生理学研究所ネットワーク型研究加速事業報告会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新型コロナウイルスの増殖とアルツハイマー病の発症に関するタンパク質の分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションで見る赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維の破壊2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム 企画講演:赤外自由電子レーザーによる物質研究の現状と未来展望
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アミロイドβペプチドの凝集と解離の分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      奥村久士
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of disease-related biomolecules2021

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura
    • 学会等名
      2nd International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Role of water molecules and helix-structure stabilization in the laser-induced disruption of amyloid fibrils observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura
    • 学会等名
      Skype seminar
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nonequilibrium molecular dynamics simulation to reveal a role of water molecules in laser-induced disruption of amyloid brils2021

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Kazuhiro Nakamura, Takayasu Kawasaki
    • 学会等名
      XXXI I IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学法で調べた赤外自由電子レーザーによる アミロイド線維の破壊とヘリックス構造の安定化2021

    • 著者名/発表者名
      奥村久士,伊藤暁, 中村和裕, 川崎平康
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] Probing protein misfolding and dissociation with an infrared free-electron laser, Methods in Enzymology, Volume 679 "Integrated Methods in Protein Biochemistry: Part B", Chap. 32023

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Okumura, Takayasu Kawasaki, and Kazuhiro Nakamura
    • 総ページ数
      32
    • 出版者
      Academic Press
    • ISBN
      9780323992640
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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