| 研究課題/領域番号 |
21K06140
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
小口 祐伴 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 研究員 (40599370)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
中途終了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
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| キーワード | 空間マルチオミクス / シーケンス解析 / シーケンス技術開発 / トランスクリプトーム解析 / プロテオーム解析 / マルチオミックス解析 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究は、細胞内におけるRNAおよびタンパク質分子の空間分布情報の網羅取得を目指し、従来の蛍光色素に依存した手法を脱却した、新規の解析手法を確立する。既存の空間分布を取得する方法の多くは、対象となるRNAやタンパク質分子を蛍光標識し、蛍光顕微鏡下でこれらの分子を検出する。しかし、同時に使用できる蛍光色素数には限りがあるため、同時に観察対象とできる分子の種類数も限られる。そこで本研究は、この蛍光色素をDNAバーコード分子に置き換えることで検出の高多重化を図る。加えて、従来法では困難であったRNAとタンパク質の同時多重検出を実現し、1細胞内におけるこれらの空間分布情報を得る基盤技術を確立する。
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| 研究実績の概要 |
本研究は細胞内のmRNA分子とタンパク質の位置情報を1分子空間解像度で取得する新規の空間マルチオミクス解析の基礎技術の確立を目指すものである。従来の技術では、mRNAやタンパク質分子の細胞内での位置情報を取得するために、これらの分子を蛍光標識することで検出することが一般であった。しかし、蛍光標識による検出では、同時に計測の対象とできる分子の種類数は限られ、多様な分子が関与する複雑な生命現象に迫ることは難しい。そこで本研究は、蛍光色素ではなくDNAバーコードによって対象を標識することで、観察対象の高多重化を図る。また、このDNAバーコード分子の位置情報の取得は、本研究実施者がこれまでに確立したDNAバーコード1分子空間デコーディング法を活用し、1分子空間解像度での識別の実現を目指している。
昨年度までにDNAバーコード１分子空間デコーディング法を実施するシーケンスフローセル基板上に、細胞由来のcDNA分子を転写できることを確認した(ここでの転写とは細胞内形成したcDNA分子をシーケンス基板上へと移し写しとることを指す)。このとき、cDNA分子は細胞における位置情報を保持したままにシーケンス基板上へと転写されることが必要となる。しかし、昨年度の時点では、細胞外の領域へのcDNA分子の転写も顕著に見られた。この分子の拡がり(核酸漏出)を防ぐことは、本系の確立のために必須である。
本年度は上記の問題解決に向け、細胞前処理工程、加えて転写されたcDNAの識別に関する検討を実施した。また、同時にタンパク質の標識をDNAバーコード抗体で行う必要があり、固定操作によってこれを阻害しないことも必要となる。実際に、固定の度合いを高める漏出を低減したが、一方でcDNA量の合成量が低下した。このようにcDNAの漏出低減と合成量にはトレードオフの関係にあり、現状もこの条件検討の途上にある。
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