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I型CRISPRを利用した新規エピゲノム型トリソミックレスキュー誘導法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21K06835
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分48040:医化学関連
研究機関三重大学

研究代表者

橋詰 令太郎  三重大学, 医学系研究科, 講師 (50456662)

研究分担者 河野 光雄  三重大学, 医学系研究科, 講師 (00234097)
脇田 幸子  三重大学, 医学系研究科, 技術員 (20782981)
倉橋 浩樹  藤田医科大学, 医科学研究センター, 教授 (30243215)
北畠 康司  大阪大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80506494)
宮川 世志幸  日本医科大学, 医学部, 講師 (90415604)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2024年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワードゲノム編集技術 / トリソミー21 / Down症候群 / CRISPR/Cas / 染色体消去 / 細胞生物学 / iPS細胞 / haplotype phasing / 遺伝子発現プロファイル / トリソミー / 染色体 / CRISPR
研究開始時の研究の概要

本課題では、Down症候群などの異数性染色体異常に対する、染色体消去技術の新規開発を試みる。本研究では、ゲノム編集技術であるCRISPR/Casシステムを用いて、アレル特異的に、ゲノム改変リスクを最少化する目的でペリセントロメア領域に対する染色体分解や、標的染色体へのエピゲノム修飾によるゲノム改変フリーの染色体消去を試みる。これらを通じて、過剰染色体を後天的に細胞から消去する、革新的な細胞再生技術の開発を追求する。

研究成果の概要

本研究では、トリソミー21のヒトiPS細胞に対するCRISPR/Cas9による21番染色体単一アレルに対する染色体切断が、標的染色体の細胞からの排除を誘導する現象が明らかにされた。切断箇所数と染色体除去率には正の相関があること、DNA切断後修復機構の阻害が染色体除去率の上昇をみること、アレル特異的な染色体切断酵素のリクルートメントが、アレル非特異的な方法よりも、効率的に染色体消去を誘導すること、本方法が非分裂細胞においても有効であること、過剰染色体の消去が、iPS細胞の遺伝子発現プロファイルや抗酸化能、および細胞増殖速度を正常化すること、および染色体切断に伴う課題が明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本成果は、体外における細胞レベルでの過剰染色体を消去する概念実証研究の成果であり、ゲノム編集技術とアレル特異的操作を基軸とした技術で、標的染色体を細胞から消去できる原理を学術的に提案するものである。これまでほとんどみられなかった過剰染色体を細胞から取り除くという発想と、その原理を提案したという意味において学術的意義があると考えられる。この学術領域の発展を通じて、将来的には、ダウン症候群に伴う様々な合併症の予防や低減に貢献することが期待される。

報告書

(5件)
  • 2024 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)
  • 研究データ

    (2件)

すべて 2025 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Trisomic rescue via allele-specific multiple chromosome cleavage using CRISPR-Cas9 in trisomy 21 cells2025

    • 著者名/発表者名
      Hashizume Ryotaro、Wakita Sachiko、Sawada Hirofumi、Takebayashi Shin-ichiro、Kitabatake Yasuji、Miyagawa Yoshitaka、Hirokawa Yoshifumi S、Imai Hiroshi、Kurahashi Hiroki
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 4 号: 2

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgaf022

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extrachromosomal DNA Dynamics Contribute to Intratumoral Receptor Tyrosine Kinase Genetic Heterogeneity and Drug Resistance in Gastric Cancer2025

    • 著者名/発表者名
      Kanayama Kazuki、Imai Hiroshi、Hashizume Ryotaro、Matsuda Chise、Usugi Eri、Hirokawa Yoshifumi S.、Watanabe Masatoshi
    • 雑誌名

      Molecular Cancer Research

      巻: - 号: 6 ページ: 503-514

    • DOI

      10.1158/1541-7786.mcr-24-0741

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Case report: Severe arrhythmogenic cardiomyopathy in a young girl with compound heterozygous DSG2 and MYBPC3 variants with a 6-year follow-up2025

    • 著者名/発表者名
      Hashizume Ryotaro、Imai Hiroshi、Ohashi Hiroyuki、Sawada Hirofumi、Yodoya Noriko、Okamoto Ryuji、Dohi Kaoru、Kasai Chika、Kitajima Takahito、Fujiwara Takumi、Mochiki Ikuyo、Nakatani Kaname、Wakita Sachiko、Ohno Seiko、Kato Koichi、Okugawa Yoshinaga、Mitani Yoshihide、Hirayama Masahiro
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 16 ページ: 1545561-1545561

    • DOI

      10.3389/fgene.2025.1545561

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cytomegalovirus DNA Loads in Organs of Congenitally Infected Fetus2024

    • 著者名/発表者名
      Toriyabe Kuniaki、Kitamura Asa、Ikejiri Makoto、Hashizume Ryotaro、Nakamura Maki、Teramoto Emi、Takeuchi Hiroki、Kondo Eiji、Ikeda Tomoaki
    • 雑誌名

      Viruses

      巻: 16 号: 6 ページ: 891-891

    • DOI

      10.3390/v16060891

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A 3000-year-old founder variant in the DRC1 gene causes primary ciliary dyskinesia in Japan and Korea2024

    • 著者名/発表者名
      Hashizume Ryotaro、Xu Yifei、Ikejiri Makoto、Gotoh Shimpei、Takeuchi Kazuhiko
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 69 号: 12 ページ: 655-661

    • DOI

      10.1038/s10038-024-01289-8

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Experimental method for haplotype phasing across the entire length of chromosome 21 in trisomy 21 cells using a chromosome elimination technique2022

    • 著者名/発表者名
      Sachiko Wakita, Mari Hara, Yasuji Kitabatake, Keiji Kawatani, Hiroki Kurahashi, Ryotaro Hashizume
    • 雑誌名

      Journal of human genetics

      巻: 67 号: 10 ページ: 565-572

    • DOI

      10.1038/s10038-022-01049-6

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Allele-specific chromosome cleavage using CRISPR-Cas9 can rescue cells with trisomy 212024

    • 著者名/発表者名
      Ryotaro Hashizume, Sachiko Wakita, Hirofumi Sawada, Shin-ichiro Takebayashi, Yasuji Kitabatake, Yoshitaka Miyagawa, Yoshifumi S Hirokawa, Hiroshi Imai, and Hiroki Kurahashi
    • 学会等名
      5th International Conference of the Trisomy 21 Research Society
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞周期制御下におけるアレル特異的染色体切断によるダウン症候群由来細胞の核型修正2024

    • 著者名/発表者名
      脇田幸子、原万里、宮川世志幸、北畠康司、倉橋浩樹、橋詰令太郎
    • 学会等名
      第3回 ダウン症基礎研究会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム編集技術によるダウン症候群由来細胞の核型修正を通じた細胞再生2023

    • 著者名/発表者名
      脇田幸子、原万里、宮川世志幸、北畠康司、倉橋浩樹、橋詰令太郎
    • 学会等名
      第2回 ダウン症基礎研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Gene signatures in genetically homogeneous trisomy 21 and euploid at the induced pluripotent stem cell level2023

    • 著者名/発表者名
      Ryotaro Hashizume, Sachiko Wakita, Mari Hara, Hirofumi Sawada, Shin-ichiro Takebayashi, Yasuji Kitabatake, Yoshitaka Miyagawa, Yoshifumi S Hirokawa, Hiroshi Imai, and Hiroki Kurahashi
    • 学会等名
      Human Genetics Asia 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Special Interest Group; Genomic and Epigenomic Analysis for Prenatal and Perinatal Disorders: Trisomic rescue via allele-specific multiple chromosome cleavages using the CRISPR-Cas9 platform in trisomy 21 cells2023

    • 著者名/発表者名
      Ryotaro Hashizume
    • 学会等名
      Human Genetics Asia 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] CRISPR/Cas9を用いた染色体切断による異数性細胞からの染色体除去は可能か?2022

    • 著者名/発表者名
      橋詰令太郎、脇田幸子、原万里、北畠康司、宮川世志幸、倉橋浩樹
    • 学会等名
      第111回日本病理学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] CRISPR/Cas9システムの染色体削減と核型修正への応用 Extra chromosome 21 elimination using the CRISPR-Cas9 platform in the iPS cell model for Down syndrome2022

    • 著者名/発表者名
      橋詰 令太郎、脇田 幸子、原 万里、澤田 博文、竹林 慎一郎、北畠 康司、宮川 世志幸、倉橋 浩樹
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第67回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 【プレスリリース】ダウン症候群の人の細胞から過剰な 21 番染色体を除去

    • URL

      https://www.mie-u.ac.jp/R-navi/release/44f4b93f35b702a7c038e3835e375871.pdf

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [備考] NEWS RELEASE 18-FEB-2025

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/1073061

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書

すべて 2026

  • Allele-specific-SpCas9 Targets Extract2026

    • 資金配分機関
      • 資金配分機関名
        日本学術振興会
      • e-Rad資金配分機関ID
        1025
      • Crossref Funder Registry資金配分機関ID

        https://doi.org/10.13039/501100001691

      • 体系的番号
        JP21K06835
      • プロジェクト名
        I型CRISPRを利用した新規エピゲノム型トリソミックレスキュー誘導法の開発
    • データの名称
      Allele-specific-SpCas9 Targets Extract
    • 掲載日
      2026-04-06
    • データの説明(抄録・要旨)
      UNIX pipeline
    • データの分野
      自然科学一般
    • データ種別
      データセット
    • 管理対象データの利活用・提供方針
      無償、制約なし、利用条件なし。
    • アクセス種別
      公開
    • リポジトリ情報
      GitHubリポジトリ
    • URI

      https://github.com/RayHashizume/Allele-specific-Cas9TargetExtract

    • データ管理者情報
      • データ管理者情報種別
        データ管理者
      • データ管理者情報
        研究・地域連携部研究推進チーム
      • データ管理者情報種別
        データ管理機関
      • データ管理者情報
        国立大学法人三重大学
      • データ管理者情報種別
        データ管理者の連絡先
      • データ管理者情報
        kakenhi*ab.mie-u.ac.jp (メールアドレスは「@」を「*」に置換しています。)
    • データNo.

      JP21K06835-2024-0001

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • BioProject2026

    • 資金配分機関
      • 資金配分機関名
        日本学術振興会
      • e-Rad資金配分機関ID
        1025
      • Crossref Funder Registry資金配分機関ID

        https://doi.org/10.13039/501100001691

      • 体系的番号
        JP21K06835
      • プロジェクト名
        I型CRISPRを利用した新規エピゲノム型トリソミックレスキュー誘導法の開発
    • データの名称
      BioProject
    • 掲載日
      2026-04-06
    • データの説明(抄録・要旨)
      Raw sequence reads
    • データの分野
      ライフサイエンス
    • データ種別
      実験データ
    • 管理対象データの利活用・提供方針
      クレジットを表示かつ、利用目的が非営利目的であること。
    • アクセス種別
      公開
    • リポジトリ情報
      SRAリポジトリ
    • URI

      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA899979

    • データ管理者情報
      • データ管理者情報種別
        データ管理者
      • データ管理者情報
        研究・地域連携部研究推進チーム
      • データ管理者情報種別
        データ管理機関
      • データ管理者情報
        国立大学法人三重大学
      • データ管理者情報種別
        データ管理者の連絡先
      • データ管理者情報
        kakenhi*ab.mie-u.ac.jp (メールアドレスは「@」を「*」に置換しています。)
    • データNo.

      JP21K06835-2024-0002

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2026-04-14  

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