研究課題/領域番号 |
21K07108
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研究種目 |
基盤研究(C)
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分50010:腫瘍生物学関連
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研究機関 | 藤田医科大学 |
研究代表者 |
稲垣 秀人 藤田医科大学, 医科学研究センター, 講師 (70308849)
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研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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キーワード | 染色体転座 / 染色体再構成 / chromothripsis / 染色体複雑構造異常 / がん / 染色体構造異常 / クロマチン / 相分離 / モデル細胞 |
研究開始時の研究の概要 |
本研究では、がんや先天性疾患で見られる染色体構造異常の発生機構について、モデル細胞系を構築し、関与する因子を同定することを目指す。切断時の染色体核内配置や、切断の発生するタイミングやクロマチン構成に着目し、その発生原因を明らかにする。また、核内配置を人為的に変化させることで、構造異常の発生を抑制あるいは誘導できるかどうかを検証する。最終的に発がんや疾患の原因となる染色体複雑構造異常の発生機構を包括的に理解し、制御することを目指す。
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研究実績の概要 |
本研究は、がんや先天異常症において観察される染色体転座などの、染色体複雑構造異常をはじめとする染色体再構成の発生機序を明らかにすることを目的とし、培養細胞を使ったモデル系を立ち上げ、その複雑構造異常の試験管内再現を目指している。本年度はモデル細胞系による再構成を試み、ネガティブセレクション可能な遺伝子をターゲットに破壊された細胞クローンを選抜し、その遺伝子の再構成様式を観察した。バルクでの検出は複数の再構成パターンが観察された一方、クローン化した細胞によるPCR検出が難しく、当初の想定よりも大規模な再構成が起こっていることが推察された。そのことから、クローン化よりもむしろバルクによる検出系を用いて、NGS等の解析手法で大量にデータを得ることのほうがスピード感がありまた有用な情報が得られる可能性が示唆された。人為的な切断点よりも遥かに離れた場所での再構成の発生の事実は、転座発生の2段階の修復を示しており、それぞれの発生条件等の検討が必要であることも明らかとなった。これらの点を考慮し、モデル系を確立し、染色体構造異常を人為的に誘導、そして関与する因子の同定を今後目指していく。また、かつて提唱された染色体核内配置や最近のコンパートメント説などの、規模の大きな染色体配置レベルから、DNA塩基配列の特徴からくるDNA曲線構造(ベンディング、硬さ)などの、局所的な物理的性質までを総合的に解析するための方策を模索中である。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
モデル系による再構成の検出については方法がおおよそ定まった。バルク検出系の解析方法をもう少し発展させる必要がある。コンピュータ解析による核内配置の解析方法も構築中である。
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今後の研究の推進方策 |
モデル系のブラッシュアップ、バルク検出系の構築のためのNGS活用(long readも含めた)、コンピュータ解析による核内配置の解析方法の確立を目指す。
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