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がんゲノム検査で得られたゲノム情報の解析と薬効評価システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 21K07194
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
研究機関佐賀大学

研究代表者

荒金 尚子  佐賀大学, 医学部, 特任教授 (20321846)

研究分担者 佐藤 明美  佐賀大学, 医学部, 助教 (20568357)
中島 千穂  佐賀大学, 医学部, 病院助教 (40858502)
中村 朝美  佐賀大学, 医学部, 助教 (90457490)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワードがんゲノム / 病的意義不明変異 / PDX / CTOS / Molecular dynamics / 次世代シークエンス
研究開始時の研究の概要

がんゲノム検査で種々の遺伝子変異を検出する事が可能になったが、現在は既知の遺伝子変異について文献検索で推奨薬剤を決定するにとどまっている。これまでの検討で、ドライバー遺伝子変異のみならず、共存する遺伝子変異を複合的に解析する事により、より精確な薬効予測の可能性について明らかにした。また、病的意義不明遺伝子変異 (VUS; variants of unknown significance)についてもがん進展に関与する事も明らかにした。本研究では、ドライバー遺伝子変異、共存する遺伝子異常、並びにVUSを含めた総合的解析により、有効性の高い薬剤選択システムを構築する事を目的とする。

研究成果の概要

がんゲノム検査に基づく薬効評価系樹立のため、ケースモデルとして原発不明癌症例のVariants of unknown significance (VUS) 解析を行った。遺伝子パネル検査の結果、高いアリル頻度のVUS、ERBB2 E401Gを検出した。E401G高発現細胞株での浸潤能の亢進を確認し、Molecular dynamicsシュミレーションでリガンド非依存性にEGFRと安定的ヘテロダイマーを形成する活性化型変異であることを見出した。患者組織より樹立したPDX 、CTOSを用いた薬効評価でEGFR/Her2阻害剤であるアファチニブが効果を示した。今後はより迅速な系に改良していく。

研究成果の学術的意義や社会的意義

2019年保険診療としてがんゲノム診療が臨床応用され、その検査頻度は増加傾向にある。しかし、薬剤到達率10%内外にとどまり、ほとんど患者さんはこの検査の恩恵を受けていないのが現状である。特に意義不明とされる遺伝子異常については解釈の範囲外にある。
本研究では、がんゲノム診療で得られた情報を元に有効な治療薬の推奨を行う事を目的としている。種々の方法を用いて意義不明遺伝子異常の機能を明らかにし、薬剤有効性の評価を行い、効果が期待できる薬剤を選定する事ができた。この方法をより迅速に行うことができれば、がんゲノム検査を受けた患者さんに有益な結果報告を行い薬剤へのアクセス頻度を上げることができると考える。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件)

  • [雑誌論文] Anti-cancer effect of afatinib, dual inhibitor of HER2 and EGFR, on novel mutation HER2 E401G in models of patient-derived cancer2023

    • 著者名/発表者名
      Harada Yohei、Sato Akemi、Nakamura Hideaki、Kai Keita、Kitamura Sho、Nakamura Tomomi、Kurihara Yuki、Ikeda Sadakatsu、Sueoka Eisaburo、Kimura Shinya、Sueoka-Aragane Naoko
    • 雑誌名

      BMC Cancer

      巻: 23 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1186/s12885-022-10428-3

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Absence of copy number gain of <i>EGFR</i> : A possible predictive marker of long‐term response to afatinib2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Tomomi、Sato Akemi、Nakashima Chiho、Abe Tomonori、Iwanaga Kentaro、Umeguchi Hitomi、Kawaguchi Atsushi、Sueoka‐Aragane Naoko
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 114 号: 3 ページ: 1045-1055

    • DOI

      10.1111/cas.15655

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test.2022

    • 著者名/発表者名
      1.Harada Y, Sato A, Araki M, Matsumoto S, Isaka Y, Sagae Y, Abe T, Aoyagi Y, Sueoka E, Okuno Y, Kimura S, Sueoka-Aragane N
    • 雑誌名

      Cell Oncol (Dordr)

      巻: 45 号: 1 ページ: 121-134

    • DOI

      10.1007/s13402-021-00656-3

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Heat Map Analysis, A New Integrated Pathway Scoring System for Cancer Genome Profiling.2023

    • 著者名/発表者名
      Nakashima C, Shiotsu Y, Harada Y, Katsuya H, Okuma E, Nishi M, Sato A, Nakamura H, Sueoka-Aragane N.
    • 学会等名
      AACR Annual Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cancer Pathway Index, A new analytical method for cancer genome profiling test2023

    • 著者名/発表者名
      Nakashima C, Shiotsu Y, Kosakai Y, Harada Y, Katsuya H, Nishi M, Sato A, Nakamura H, Sueoka-Aragaen N.
    • 学会等名
      The 82nd Annual meeting of the Japanese cancer association
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cancer Pathway Index - がんゲノムプロファイリング検査のためのパスウェイスコアリングシステム.2023

    • 著者名/発表者名
      中島千穂、小坂井康宏、塩津行正、原田陽平、勝屋弘雄、西正範、中村秀明、佐藤明美、荒金尚子
    • 学会等名
      第27回 日本がん分子標的治療学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Cancer Pathway Index, A new analytical method for cancer genome profiling test, Cancer Pathway Index -包括的がんゲノムプロファイリング検査のための新規解析手法2023

    • 著者名/発表者名
      中島千穂、小坂井康宏、塩津行正、原田陽平、勝屋弘雄、西正範、中村秀明、佐藤明美、荒金尚子
    • 学会等名
      第21回 日本臨床腫瘍学会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ctDNAを用いた網羅的遺伝子解析によるアファチニブ長期奏効予測因子の検討2022

    • 著者名/発表者名
      中村朝美、佐藤明美、中島千穂、岩永健太郎、井上周、荒金尚子
    • 学会等名
      第63回日本肺癌学会学術集会, 2022.12.1-12.3
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Liquid biopsyによる肺がんゲノムプロファイリングとEGFRチロシンキナーゼ阻害剤効果予測2022

    • 著者名/発表者名
      中島千穂、中村朝美、佐藤明美、荒金尚子.
    • 学会等名
      第63回日本肺癌学会学術集会, 2022.12.1-12.3
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 当院での胸部悪性腫瘍に対するがんゲノム検査の現状2022

    • 著者名/発表者名
      中島千穂、瀬戸香織、佐藤明美、中村秀明、梶原心、桑原雄紀、小宮奈津子、小楠真典、中村朝美、荒金尚子
    • 学会等名
      第89回日本呼吸器学会・日本結核 非結核性抗酸菌症学会・日本サルコイドーシス/肉芽腫性疾患学会 九州支部秋季学術講演会, 2022.
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] A phase 2 basket trial of combination therapy with trastuzumab and pertuzumab in patients with solid cancers harboring HER2 amplification (JUPITER trial)2021

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kudo, Toshio Kubo, Naoko Sueoka-Aragane, Sadakatsu Ikeda et al
    • 学会等名
      2021ASCO Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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