研究課題
基盤研究(C)
若年性骨髄単球性白血病(juvenile myelomonocytic leukemia; JMML)は、主に5歳未満の小児に発症する予後不良な造血器腫瘍である。本研究では、予備的検討で確立したChIP-Seqの手法を利用し、H3K27ac、H3K36me3、H3K27me3、H3K4me3などの代表的なヒストン修飾に対するChIP-Seqを平行して行うことで、JMMLにおけるヒストン修飾の網羅的プロファイリングを行う。加えて、過去の研究で解析済みの全ゲノムシーケンス・RNAシーケンスなどの網羅的遺伝子情報との統合的な解析により、JMMLの分子学的発症メカニズムの全体像を明らかにする。
若年性骨髄単球性白血病(juvenile myelomonocytic leukemia; JMML)は、主に5歳未満の小児に発症する予後不良な造血器腫瘍である。唯一の根治療法は同種造血細胞移植であるが、一部の症例は無治療で長期生存することも知られており、予後を正確に予測するバイオマーカーに基づく最適医療(Precision Medicine)の実現が求められている。我々は、これまでの研究で網羅的遺伝子解析の技術を用いて遺伝子変異/遺伝子発現/遺伝子メチル化の各プロファイリングを行い、多くのJMMLの予後予測因子を明らかにした。本研究では、クロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)を用いてヒストン修飾の網羅的プロファイリングを行い、JMMLの疾患特異的なエンハンサー領域の同定およびこれまでに得られている網羅的ゲノム情報との統合解析を通じて、分子学的発症メカニズムの全体像を明らかにすることを目標としている。これまでに、24例のJMML臨床検体を用いてChIP-Seq解析を完了し、JMML特異的にH3K27acのヒストンマークが濃縮しているエンハンサー領域の候補を抽出した。さらに、2021年度にはSingle-cell RNA-seqの解析手法を確立し、少数例ではあるがJMML臨床検体での解析を実施した。2022年度には、さらにsingle-cell RNA-seqの解析検体を増やし、現在、すでに完了している他のゲノム解析結果(DNAシーケンス、RNAシーケンス、遺伝子メチル化解析)との統合解析を遂行中である。
2: おおむね順調に進展している
当初の計画に基づき、JMML臨床検体を用いたChiP-Seq解析を遂行できている。ChiP-Seqの解析に十分な保存細胞数が確保できた24例の解析を実行済である。さらに、single cell RNA-seqとの統合解析を進めている。
ChiP-Seq解析の結果を、これまでに実行済のゲノム解析(DNAシーケンス、RNAシーケンス、遺伝子メチル化解析)の結果と統合的な解析を行う。さらに、2021年度に確立したSingle-cell RNA-seqの解析手法を用いて、2022年度には解析検体を増加させており、さらなる統合ゲノム解析を推進する予定である。
すべて 2023 2022 2021
すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 5件、 査読あり 4件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)
Journal of Pediatric Hematology/Oncology
巻: 45 号: 4 ページ: e510-e513
10.1097/mph.0000000000002639
International Journal of Hematology
巻: - 号: 1 ページ: 125-130
10.1007/s12185-023-03571-5
Pediatr Blood Cancer
巻: 70 号: 2
10.1002/pbc.30126
Scientific Reports
巻: 12 号: 1 ページ: 14753-14753
10.1038/s41598-022-18733-4
Pediatrics International
巻: 64 号: 1
10.1111/ped.14929
巻: 115 号: 2 ページ: 263-268
10.1007/s12185-021-03248-x
Blood Advances
巻: 5 号: 24 ページ: 5507-5518
10.1182/bloodadvances.2021005080
巻: 63 号: 12 ページ: 1521-1523
10.1111/ped.14634
Pediatric Blood & Cancer
巻: 68 号: 10
10.1002/pbc.29201
npj Genomic Medicine
巻: 6 号: 1 ページ: 1-10
10.1038/s41525-021-00210-y
Leukemia.
巻: 35 号: 5 ページ: 1480-1484
10.1038/s41375-021-01171-y