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リアルタイム真菌種同定方法の開発とクリニカルメタゲノミクスへの応用

研究課題

研究課題/領域番号 21K08505
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分54030:感染症内科学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

元岡 大祐  大阪大学, 微生物病研究所, 講師 (10636830)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードメタゲノミクス / 真菌ゲノム解析 / メタゲノム / 真菌
研究開始時の研究の概要

本研究は、原因不明疾患の患者の臨床検体から網羅的かつ迅速な病原体の検出・同定を行い、感染症の原因を解明することを目的とする。本研究では、真菌感染症に焦点をあて、正確な真菌種同定方法を構築する。真菌配列データベースの構築とNGSを組み合わせることで、より高感度、正確、迅速かつ安価な病原体検出法を確立する。

研究成果の概要

メタゲノム解析法により原因不明疾患の患者の臨床検体から網羅的かつ迅速な病原体の検出・同定を行うクリニカルメタゲノミクスの精度、感度を向上させ、感染症の原因を解明することを目的とする。中でも菌類、特に真菌類の検出および正確な種同定は難しいとされているため、本研究ではゲノム情報を用いた正確な真菌種・株同定法を構築した。さらに、臨床検体への応用性について検討した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

新興・再興感染症は、いつどこで発生するか予想することは難しく、発生した場合に早期に診断、治療を行う体制を構築するかが重要である。その対策として、網羅的に病原体を探索できるメタゲノム解析法(クリニカルメタゲノミクス)は病原体に関する前情報が不要であり有用である。本研究では、真菌のrRNA全長を用いた種同定法を構築し、従来のITS1やITS2領域を使用した解析より正確かつ迅速な同定ができるようになった。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Fungal dysbiosis and decreased tear mucin at the conjunctiva in patients with conjunctival mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma2023

    • 著者名/発表者名
      Asao Kazunobu、Hashida Noriyasu、Motooka Daisuke、Tsukamoto Teruhisa、Nakamura Shota、Maruyama Kazuichi、Nishida Kohji
    • 雑誌名

      BMJ Open Ophthalmology

      巻: 8 号: 1 ページ: e001360-e001360

    • DOI

      10.1136/bmjophth-2023-001360

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Alteration of microbial composition in the skin and blood in vasculitis2023

    • 著者名/発表者名
      Miyata Ryujin、Miyabe Chie、Oki Hiroya、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Miyabe Yoshishige、Takenaka Yuko、Fukuya Yasuko、Yudo Kazuo、Ishiguro Naoko
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-023-42307-7

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Metagenomic analysis of diarrheal stools in Kolkata, India, indicates the possibility of subclinical infection of Vibrio cholerae O12022

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Eizo、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Miyoshi Shin-ichi、Chowdhury Goutam、Mukhopadhyay Asish K.、Dutta Shanta、Morita Daichi、Iida Tetsuya、Okamoto Keinosuke
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-022-24167-9

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Longitudinal alterations of the gut mycobiota and microbiota on COVID-19 severity2022

    • 著者名/発表者名
      Maeda Yuichi、Motooka Daisuke、Kawasaki Takahiro、Oki Hiroya、Noda Yoshimi、Adachi Yuichi、Niitsu Takayuki、Okamoto Shota、Tanaka Kentaro、Fukushima Kiyoharu、Amiya Saori、Hara Reina、Oguro-Igashira Eri、Matsuki Takanori、Hirata Haruhiko、Takeda Yoshito、Kida Hiroshi、Kumanogoh Atsushi、Nakamura Shota、Takeda Kiyoshi
    • 雑誌名

      BMC Infectious Diseases

      巻: 22 号: 1 ページ: 572-572

    • DOI

      10.1186/s12879-022-07358-7

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High production of egc2-related staphylococcal enterotoxins caused a food poisoning outbreak2021

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kaoru、Ono Hisaya K.、Wada Takayuki、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Nakamura Hiromi、Hu Dong-Liang
    • 雑誌名

      International Journal of Food Microbiology

      巻: 357 ページ: 109366-109366

    • DOI

      10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109366

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Benchmark of 16S rRNA gene amplicon sequencing using Japanese gut microbiome data from the V1-V2 and V3-V4 primer sets2021

    • 著者名/発表者名
      Kameoka Shoichiro、Motooka Daisuke、Watanabe Satoshi、Kubo Ryuichi、Jung Nicolas、Midorikawa Yuki、Shinozaki Natsuko O.、Sawai Yu、Takeda Aya K.、Nakamura Shota
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 22 号: 1

    • DOI

      10.1186/s12864-021-07746-4

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大阪大学微生物病研究所ゲノム解析室における研究支援と共生微生物研究2023

    • 著者名/発表者名
      元岡大祐
    • 学会等名
      第96回日本生化学学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Longitudinal alterations of the gut microbiota and mycobiota on COVID-19 severity2023

    • 著者名/発表者名
      元岡大祐、前田悠一、沖大也、田中健太郎、猪頭英里、平田陽彦、木田博、熊ノ郷淳、中村昇太、竹田潔
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 腸内細菌叢・真菌叢の変化と健康について2022

    • 著者名/発表者名
      元岡 大祐
    • 学会等名
      第4回COI学術交流会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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