| 研究課題/領域番号 |
21K09314
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分56020:整形外科学関連
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| 研究機関 | 愛知県がんセンター(研究所) |
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研究代表者 |
真砂 勝泰 愛知県がんセンター(研究所), がん病態生理学分野, 研究員 (80338160)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2023年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円)
2022年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2021年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 融合遺伝子 / 次世代シーケンサー / 肉腫 / 肺 / 次世代シーケンス |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究は、実臨床に応用可能な、具体的には少量のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）切片から抽出したtotal RNAを用い、RACE法を原理としたAnchored multiplex PCR法によるライブラリー調整と次世代シーケンサーによる融合遺伝子解析のプラットフォームを用い、診断確定が困難であった円形・非円形肉腫症例における融合遺伝子のクローニングを目指します。
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| 研究実績の概要 |
2024年4月現在、当科のデータベースの過去10年間のコホートを用いて、胸部の紡錘形腫瘍の切除検体を選定した。選定した症例を組織別に新たにデータベースとして構築した。それらのデータベースを用い、診断未確定の原発及び転移を含めた切除標本の紡錘形腫瘍45症例を候補として絞り込みを行った。それらの候補症例うち、形態学的な診断及び免疫染色やFISHなどの検査によって確定診断に至らなかった16症例を特定し、それらのFFPE組織検体からRNAの抽出を行った。それらの検体を用いて、当初予定していたFusion Plex Sarcoma panelにてライブラリーを作成を行い、ライブラリーの精度を確認した後、サーモフィッシャー社のIon S5シーケンサーにてシーケンスを施行した。シーケンスデータは、独自のサーバーに構築済みであるArcherDX パイプラインにて解析を行い、その結果新規のALK融合遺伝子を有する症例を2例特定しえた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
一定期間、FusionPlexの国内での取扱が中断となり、解析キットの入手が困難となったため。
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| 今後の研究の推進方策 |
現在、次世代シーケンサーによる解析で特定し得た新規のALK融合遺伝子の配列に基づいたプライマーを作成し、ダイレクトシーケンスにて解析結果の確認を行うことを予定している。本結果は、国内学会で報告の後、英語論文として上梓する予定である。また、さらなる症例集積を行い、作成したプライマーを用いて、同配列を有する紡錘形腫瘍の有無をスクリーングにより併せて解析する予定である。
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