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大規模分子動力学フレームワークの開発と複雑流体への応用

研究課題

研究課題/領域番号 21K11923
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分60100:計算科学関連
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

渡辺 宙志  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (50377777)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2025年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2024年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワード分子動力学法 / 非ニュートン流体 / 高分子 / SIMDベクトル化 / ドメイン固有言語 / DSL / 領域分割 / ロードインバランス / 並列化 / ロードバランシング / 計算物理 / 複雑流体 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / コード自動生成
研究開始時の研究の概要

「富岳」に代表されるように、我が国では大規模な計算資源を保有している一方、その計算能力を十全に活かすには高度な計算機科学の知識が要求され、計算科学との両立が困難であるという背景があった。本研究は、特に大規模分子動力学法に向けたフレームワークを構築することで、数値計算を実行する研究者が自分でコードを開発する環境を提供し、計算機科学と計算科学の分断を緩和しようとするものである。特に、並列計算機を扱うにあたって通信部分と計算部分の密結合を分離することで、研究者が本質的なプログラミングに集中し、研究成果へとつなげることを期待する。具体的な応用例として、高分子や気液混相流への適用を目指す。

研究実績の概要

複雑流体の例として、ビーズスプリングモデルにて高分子や両親媒性分子を表現したモデルを作成し、両親媒性分子が作る二重膜の揺らぎの解析、及び二原子分子からなる溶媒の気液共存領域及び粘性応答について調べた。溶媒中に両親媒性分子によって二重膜を形成させ、その揺らぎのフーリエスペクトルを調べることで、その二重膜の揺らぎが温度によって界面張力支配から弾性支配に変化することを見出した、これは水と油の界面に両親媒性分子によって単層膜を形成させた研究の発展となっており、単層膜と同様に温度によってクロスオーバーが見えること、さらに二重膜の方が弾性の影響が強く「硬い」膜であることが明らかとなった。これは生体膜においては弾性の影響が強いという観測事実と整合的でありつつ、条件次第では界面張力の影響も見えることを示唆する。二原子分子の気液共存計算では、原子をつなぐバネ定数が強くなるほど気液臨界点が高温にシフトすることがわかった。これはバネ定数が強くなることで、二原子分子が剛体に近づき、分子間相互作用のエネルギースケールが大きくなるからであると理解できる。粘性応答の研究では、二原子分子からなる液体にシアをかけることで、その応答に非線形が現れるかを調べた。これはせん断増粘現象など、非ニュートン流体的な振る舞いが簡単なモデルから再現されることを目指したものだが、分子の相互作用により粘性率は大きく変化したものの、その振る舞いはニュートン的であった。非ニュートン的な振る舞いを得るには、より長い分子を調べる、もしくは溶媒中に溶質が存在するような水溶液系を調べる必要があることがわかった。

現在までの達成度
現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

複雑流体を手軽にシミュレーションするフレームワークの開発は未完成であるものの、多くの複雑流体の振る舞いが非常に簡単なモデルから再現できること、さらにそれが大規模な計算によって初めて明らかにできることを見出した。

今後の研究の推進方策

今後は、より簡便に大規模かつ複雑な流体の計算を実行できる環境の構築を整備する。さらに、x86系やAArch64のみならず、MN-Coreのようなローカルメモリを持つアーキテクチャについて分子動力学法の実装がどうあるべきかについて調査を進め、コード生成システムを開発する。

報告書

(4件)
  • 2024 実施状況報告書
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (41件)
  • 研究データ

    (1件)

すべて 2025 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (34件)

  • [雑誌論文] Structural Changes and Percolation Transition in Networks after Aging Processes2025

    • 著者名/発表者名
      Sekikawa Ryuho、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 94 号: 4 ページ: 044004-044004

    • DOI

      10.7566/jpsj.94.044004

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Fluctuation of a Bilayer Composed by Amphipathic Molecules2024

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Shunta、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 93 号: 11 ページ: 114601-114601

    • DOI

      10.7566/jpsj.93.114601

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energy spectrum analysis on a red blood cell model2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Tetsuya、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 159 号: 23 ページ: 234119-234119

    • DOI

      10.1063/5.0169467

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Information Compression and Performance Evaluation of Tic-Tac-Toe’s Evaluation Function Using Singular Value Decomposition2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Naoya、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 92 号: 3 ページ: 034802-034802

    • DOI

      10.7566/jpsj.92.034802

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-monotonic behavior of the Binder parameter in discrete spin systems2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Hiroshi、Motoyama Yuichi、Morita Satoshi、Kawashima Naoki
    • 雑誌名

      Progress of Theoretical and Experimental Physics

      巻: 2023 号: 3

    • DOI

      10.1093/ptep/ptad022

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of surfactants on the elasticity of the liquid?liquid interface2023

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Shunta、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 158 号: 12 ページ: 124901-124901

    • DOI

      10.1063/5.0138733

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of polymers on the cavitating flow around a cylinder: A large-scale molecular dynamics analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Asano Yuta、Watanabe Hiroshi、Noguchi Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 155 号: 1 ページ: 014905-014905

    • DOI

      10.1063/5.0056988

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] クラシック音楽を学習した制限ボルツマンマシンの内部構造の解析2025

    • 著者名/発表者名
      小林睦巳, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2025年春季大会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルの非線形応答に関するスペクトル解析2024

    • 著者名/発表者名
      山本哲也, 渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算の時代における物性科学」
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 粒子モデルを用いた赤血球の座屈現象の解析2024

    • 著者名/発表者名
      山本哲也、渡辺宙志、野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会第79回年次大会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] ガイスターを題材とした不完全情報ゲームへの機械学習の適用2024

    • 著者名/発表者名
      湯瀬遼、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第79回年次大会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] スケールフリーネットワークのエイジング過程の解析2024

    • 著者名/発表者名
      関川龍宝、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第79回年次大会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 特異値分解を用いた制限ボルツマンマシンの重み分析2024

    • 著者名/発表者名
      宮下開地、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第79回年次大会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 粒子モデルを用いた赤血球の座屈現象の解析2024

    • 著者名/発表者名
      山本哲也
    • 学会等名
      ソフトマター若手研究会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 液液界面におけるRayleigh-Plateau不安定性の分子動力学的研究2024

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太
    • 学会等名
      ソフトマター若手研究会
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 液液界面におけるRayleigh-Plateau不安定性の分子動力学的研究2024

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太、渡辺宙志
    • 学会等名
      第38回数値流体力学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学法を用いたレイリー・プラトー不安定性の解析と流体理論との対応2024

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルの非線形応答に関するスペクトル解析2024

    • 著者名/発表者名
      山本哲也、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学法による二重膜のゆらぎの解析2023

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算の時代における物性科学」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルのエネルギースペクトル解析2023

    • 著者名/発表者名
      山本哲也, 渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算の時代における物性科学」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルの非平衡膜揺らぎに関するスペクトル解析2023

    • 著者名/発表者名
      山本哲也、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 二成分流体系におけるレイリー・プラトー不安定性の分子動力学シミュレーション2023

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Twitterネットワークにおける暗号通貨の情報伝播過程2023

    • 著者名/発表者名
      彌重由宇生, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 二成分流体系における Rayleigh-Plateau 不安定性の分子動力学法研究2023

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      第11回ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルの非平衡膜揺らぎに関するスペクトル解析2023

    • 著者名/発表者名
      山本哲也、渡辺宙志
    • 学会等名
      第11回ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤血球モデルのエネルギースペクトル解析2023

    • 著者名/発表者名
      山本哲也, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学法による二重膜のゆらぎの解析2023

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 効率的なロードバランスを実現する空間分割手法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      四辻捷, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる共沸現象の解析2022

    • 著者名/発表者名
      内藤翔太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 子動力学シミュレーションの並列化におけるロードインバランスの改善2022

    • 著者名/発表者名
      四辻捷, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学法による界面活性剤の自然長が与える影響の解析2022

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太, 渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる共沸現象の解析2022

    • 著者名/発表者名
      内藤翔太、渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学を用いた界面張力における自然長依存性の調査2022

    • 著者名/発表者名
      菊地駿太、渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションの並列化におけるロードインバランスの改善2022

    • 著者名/発表者名
      四辻捷 、渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] J1-J2 フラストレートイジング模型の非平衡緩和解析2022

    • 著者名/発表者名
      飯倉啓介、渡辺宙志
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] J1-J2フラストレートイジング模型の非平衡緩和解析2021

    • 著者名/発表者名
      飯倉啓介、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 複雑流体中におけるカルマン渦キャビテーションの分子動力学シミュレーション2021

    • 著者名/発表者名
      浅野優太、渡辺宙志、野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ポッツ対称性を持つスピン系のビンダー比の振る舞いと臨界指数2021

    • 著者名/発表者名
      渡辺宙志、本山裕一、森田悟史、川島直輝
    • 学会等名
      日本物理学会2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 機械学習による粒子間相互作用推定2021

    • 著者名/発表者名
      四辻捷、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 円柱周りのキャビテーション流れに対する高分子添加の影響2021

    • 著者名/発表者名
      浅野優太, 渡辺宙志, 野口博司
    • 学会等名
      流体力学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 特異値分解を用いた情報圧縮技術のゲーム理論への応用2021

    • 著者名/発表者名
      藤田直也、渡辺宙志
    • 学会等名
      日本物理学会2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

すべて 2026

  • Simulation data of the aging process in a network2026

    • 資金配分機関
      • 資金配分機関名
        日本学術振興会
      • e-Rad資金配分機関ID
        1025
      • Crossref Funder Registry資金配分機関ID

        https://doi.org/10.13039/501100001691

      • 体系的番号
        JP21K11923
      • プロジェクト名
        大規模分子動力学フレームワークの開発と複雑流体への応用
    • データの名称
      Simulation data of the aging process in a network
    • 掲載日
      2026-04-06
    • データの説明(抄録・要旨)
      Simulation data of the aging process in a network
    • データの分野
      人文・社会
    • データ種別
      シミュレーションデータ
    • 管理対象データの利活用・提供方針
      Creative Commons Attribution 4.0 International
    • アクセス種別
      公開
    • リポジトリ情報
      https://isspns-gitlab.issp.u-tokyo.ac.jp/kaityo256/aging_network_data
    • URI

      https://isspns-gitlab.issp.u-tokyo.ac.jp/kaityo256/aging_network_data

    • データ管理者情報
      • データ管理者情報種別
        データ管理者
      • データ管理者情報
        Supercomputer center, Materials Design and Characterization Laboratory
      • データ管理者情報種別
        データ管理機関
      • データ管理者情報
        The Institute for Solid State Physics (ISSP), The University of Tokyo
      • データ管理者情報種別
        データ管理者の連絡先
      • データ管理者情報
        datarepo*issp.u-tokyo.ac.jp (メールアドレスは「@」を「*」に置換しています。)
    • データNo.

      JP21K11923-2024-0001

    • 関連する報告書
      2024 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2026-04-14  

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